该研究所的受害者是挑战天主教信条的学者、军事领导人和传教士。
1542年7月21日，教皇保罗三世在他的著作《Licet ab inicio》（从一开始）中建立了一个中央法官法院，拥有无限的权利。几个世纪以来，这场大火一直在整个基督教欧洲燃烧，但现在与异端的斗争已经达到了前所未有的程度。女巫审判，庞大的间谍活动，他们揭露异教徒，从而获得慷慨的奖励，秘密监狱 - 罗马的宗教法庭制度与西班牙的宗教裁判官制度非常相似。审讯人员使用的酷刑工具残忍得惊人。
扬-胡特 （1369-1415）
作为捷克宗教改革的思想家，他发表演讲批评封建领主和天主教会（特别是赦免制度）。在当时，这是一种闻所未闻的粗鲁行为。Jan-Huth还改变了捷克语的拼写规则，写了几首歌，受到好评。Huth的影响力正在增长。1409年，教皇出版了一本关于捷克牧师的书。他的布道被禁止，但扬-胡特并不急于放弃，而是继续他的工作。1414年，他被召到康斯坦茨会议，以确保他的完全安全。然而，在他到达后不久，这位思想家就被逮捕并被指控犯有异端邪说。
他没有放弃自己的信仰。1415年7月6日，扬-胡特在火柱上被烧死。他死后，胡塞武装战争在今天的波希米亚爆发，杀害了传教士和天主教徒的追随者。
圣女贞德 （1412-1431）
这位法国妇女在战斗中激励了数千名士兵，但未能逃脱宗教司法法院的迫害。她因异端罪受审，并作为战俘被关押在英国监狱。法官们设置了一个狡猾的陷阱，让圣母尽快被判刑。例如，她被要求在审判期间背诵祈祷文。阅读中最轻微的犹豫或错误都可以被解释为对异端的忏悔。女孩坚持在忏悔时背诵祈祷文。
在一次会面中，让娜说出了她所听到的圣人的名字，描述了她的幻想，并预言了英国的军事失败。从她的证词来看，这些指控很快就被捏造了。由于担心被引渡到英国人，琼撤回了她的证词，并承诺返回教堂。在这种情况下，在火柱上烧死被无期徒刑所取代。然而，在监禁期间，珍妮特再次穿上男装。珍妮特被逐出教会。法官决定将达克移交给世俗司法，1431年5月30日，她被烧死在火柱上。
乔丹诺·布鲁诺（1548-1600）
这位意大利哲学家是由威尼斯贵族乔瓦尼·莫切尼戈（Giovanni Mochenigo）报道的，他由布鲁诺（Bruno）教导。这些谴责表明，布鲁诺称耶稣为巫师，并否认基本的基督教信仰。这位哲学家最初被囚禁在威尼斯，但当地的宗教法庭害怕完成自己的审判：他太有名了。他被送到罗马，在那里他被监禁了六年。没有什么能迫使他放弃信仰。
1600年2月9日，教会骑士团法院宣布该学者为异教徒。2月17日，他在罗马的一个中央广场被烧死。成千上万的人观看了处决。值得注意的是，布鲁诺的死刑判决没有提到他所捍卫的太阳世界的系统。这位科学家被处决主要是因为他的异端邪说，这与基督教教义相矛盾。
伽利略·伽利略（1564-1642）
伽利略-加利利对科学的贡献怎么估计都不过分。他创立了实验物理学，并为经典力学奠定了基础。唉，这位科学家对世界秩序的看法把他交到了宗教司法法院的手中。这位"好人"向教皇托勒米和哥白尼推荐了伽利略的书《关于世界两大体系的对话》。教皇乌尔班八世从其中一个角色中认出了自己，并感到愤怒。这位学者被传唤到罗马接受审判：尽管他年事已高，健康状况不佳，但他推迟审判的请求被拒绝了。
伽利略在监狱里失明了。历史学家仍在争论他是否受到酷刑。經過三個月的試煉後，他放棄了他的信仰，這救了他的命。他被软禁在家，并受到宗教司法研究所的监视，直到他去世。
亚历山德罗·卡利奥斯特罗（1743-1795）
这位著名的神秘主义者花了他一生的大部分时间都在寻找治愈他生命的良方。他向朋友们介绍自己是一个"伟人"，并散布关于他的令人难以置信的谣言。据说卡格利斯特罗能够将铅变成黄金，并与死者的灵魂交谈。此外，亚历山德罗据说能够治愈重病患者。他还以治疗师的身份访问了圣彼得堡，但神秘主义在当时的贵族中并没有很高的需求。
卡廖斯特罗在欧洲四处游荡，直到1789年回到罗马。几乎在抵达时，他就因共济会的指控而被捕。在审判期间，卡格利斯特罗的所有欺诈交易都被曝光。顺便说一句，是他的妻子作证反对他。这位"伟大的炼金术士"被判处解雇，但在悔改后被减为终身监禁。在监狱服刑四年后，亚历山德罗去世了。