火影中萬花筒寫輪眼左右眼的能力不一樣嗎？根據火影中的設定來說一部分持有萬花筒寫輪眼的角色左右眼的能力确實不一樣，例如佐助和帶土的，也有左右眼能力一樣的角色，例如止水，至于問題中描述的卡卡西和佐助的問題都是由于左右眼能力差距造成的，下面具體說明一下。
卡卡西和帶土萬花筒寫輪眼能力整體上屬于可見轉移能力，但是在使用範圍和功能有細微的差距。
火影中空間類型的技能可以說是大放異彩，其中帶土的萬花筒寫輪眼專屬技能神威就是代表性技能之一，為了讓劇情中神威戰鬥力表現更加精彩，岸本讓帶土的雙眼能力有細微的差異:
其中卡卡西得到的帶土萬花筒寫輪眼能夠在中遠距離上把特定目标轉移到異空間中，從術的覆寫範圍上來說要比帶土剩下的萬花筒寫輪眼要遠一些。無論是接近自己的釘子還是遠距離攻擊隊友的飛彈卡卡西在查克拉充足的情況下都能夠進行空間轉移。
而帶土持有的萬花筒寫輪眼在覆寫範圍上就沒有卡卡西那麼遠了，隻能轉移比較接近自己的物體，但是帶土的萬花筒寫輪眼也有自己的優勢能夠部分虛化自己的身體（實際上就是把自己的身體一部分轉移到神威自帶異空間裡邊），這個手段隻有帶土剩下的萬花筒寫輪眼能夠發動。
題目說為啥卡卡西不虛化自己的身體的原因就是這個:卡卡西得到的萬花筒寫輪眼在攻擊距離上與帶土的萬花筒寫輪眼相比攻擊距離有所延長，但是相對應地也失去了部分身體虛化的能力，這種情況應該是岸本為了戰鬥力平衡進行的設定。不讓神威持有者的能力過于逆天。
佐助的情況與卡卡西類似，左右眼能力有差異，本質上來說佐助兩隻寫輪眼釋放出來的都是天照，但是細節上有差異性。
宇智波一族的天照從屬性上來說屬于火遁的一種，從設定上來說天照隻有目标被消滅才會熄滅，但是實際上劇情中天照在實戰過程中存在很多不足，例如穿透性較差，能夠讓目标利用特殊手段擺脫等等；
岸本為了彌補天照技能的缺陷就設計出了加具土命能夠讓天照産生實體形态的變化以強化其實體毀傷效果。
這樣一來佐助兩隻萬花筒寫輪眼在能力上就有了差別:一隻是隻能釋放天照無法讓天照産生形态變化，同時也無法控制天照熄滅（節省查克拉）。
另外一隻即能夠發動天照，還能夠讓其産生形态變化控制其熄滅（也就是所謂的加具土命）。
但是萬花筒寫輪眼有一個設定比較有意思就是使用次數太多會導緻失明，是以佐助在更新成永恒萬花筒寫輪眼之前是比較注意節省萬花筒寫輪眼使用次數的，理想狀态下直接使用加具土命即可。
但是佐助在是在過程中還是喜歡用一隻萬花筒寫輪眼發動天照，另外一隻控制其形态變化。這個特點一直到打輝夜的階段也是這樣，佐助的兩隻萬花筒寫輪眼都能夠發動天照。
差別在于其中一隻能夠讓天照産生形态變化加強實體毀傷效果而另一隻無法控制天照産生形态變化。
具體使用哪一種會根據對手強弱和能力特點進行選擇，同時為了避免過度消耗導緻萬花筒寫輪眼失明無法使用加具土命，佐助在戰鬥中一般會利用那一隻無法讓天照産生形态變化的先發動天照，另外一隻在控制天照産生形态變化。
除了部分宇智波一族成員萬花筒寫輪眼左右眼能力有所不同以外，還有能力無差别的角色，宇智波止水就是代表性的一位。
宇智波止水的别天神應該就屬于劇情中出現過的左右眼能力沒差異的代表性角色了，從火影忍者公式書的設定來說止水左右眼釋放的别天神都是一樣的，隻不過由于柱間細胞的作用會縮短其技能釋放以後的冷卻時間。
至于網上出現的關于止水萬花筒寫輪眼左右眼能力差異性的讨論在劇情中并沒有比較突出的證據能夠證明這些假設，無論是團藏，止水還是鼬在使用止水别天神能力上當過程基本是大同小異。别天神的作用依舊是屬于其原本設定中的範疇。
最後總結一下，個人認為按照火影中的設定來看宇智波一族中萬花筒寫輪眼持有者左右眼的能力并不都是左右眼有差異的情況，也有類似于宇智波止水這種左右眼基本能力完全一緻的例子。
其他角色萬花筒寫輪眼即使左右眼能力有差異性但是基本能力都是一樣的，帶土和卡卡西是神威能力的進一步衍生運用，佐助的也是如此，基于天照的能力根據實際情況産生不同的變化，分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言讨論。