新疆位于我國的西北地區，這裡自古以來就是我國的領土。早在漢朝的時候，我國就在新疆設立了專門管理新疆各少數民族事務的機構—西域都護府，在此後的曆朝曆代，也一直都沒有放棄對新疆的管轄。
清朝末年，浩罕國阿古柏和沙俄趁着新疆爆發戰亂，侵占了新疆的大部分地區。清末重臣左宗棠後來自己籌措軍糧，出兵剿滅了阿古柏勢力，将沙俄從新疆伊犁地區驅逐了出去，收複了新疆。民國時期，雖然中央政府變更過快，無力管轄新疆地區，但是新疆曆任上司人都很聰明，一直都沒有讓新疆分裂出祖國。
解放戰争末期，在各方人士的努力下，新疆警備區司令陶峙嶽率領駐紮在新疆的國民黨軍部隊起義，改編為解放軍22兵團，新疆三區革命民族軍則改編為中國人民解放軍第五軍。新疆和平解放之後，王震率領第一野戰軍第一兵團第二軍，第六軍進駐新疆。新疆剛解放的時候，當時駐紮在新疆的部隊有幾十萬，這些部隊的糧食都要從青海，甘肅等地運輸，為了減輕運輸壓力，也為了減輕當地老百姓的負擔。1950年1月，駐新疆的解放軍部隊開始把主要精力投入到生産建設中，當年就實作了糧食的大部分自給，食用油和蔬菜的全部自給。
1954年10月，為了鞏固國防，也為了部隊能夠在新疆長期紮根下去，中央政府指令駐新疆的中國人民解放軍第一兵團第二軍，第六軍大部，第22兵團全部，第五軍大部，集體改編為“中國人民解放軍新疆軍區新疆生産建設兵團”，其使命是勞武結合，屯墾戍邊，受新疆軍區和新疆分局的雙重上司。
在新中國剛建立的時候，當時中國剛經曆過幾十年的内戰，很多地方人口稀少，生産力低下，成立了很多新疆生産建設兵團，如内蒙古生産建設兵團，雲南生産建設兵團，黑龍江生産建設兵團等。但是後來由于時代發展的需要，這些兵團都先後撤銷，唯獨新疆生産建設兵團保留了下來。
時至今日，新疆生産建設兵團已經發展成為了擁有14個師100多個團2200多個連隊320萬人的規模。值得一提的是，很多不了解新疆生産建設兵團的人都認為該兵團的師就是軍隊裡的師，其實不是，新疆生産建設兵團的師大部分是縣級市，如石河子市是兵團第八師，阿拉爾市是兵團第一師。不過新疆生産兵團的各個城市又不能完全等同于内地的城市，兵團的各個師承擔着穩固國防，促進邊境長治久安的特殊使命。