魏晉南北朝是士族門閥居于最高統治地位的時期。士族制度是在兩漢官僚地主勢力不斷膨脹的基礎上形成的，這種制度使士族成為封建統治階級中穩定的最上層，獨享各種封建的特權。這就決定了士族制度一旦形成後，所帶來的極大的寄生性和腐朽性。西晉門閥政治的極端腐敗，最集中地展現了這一點。
士族制度形成的背後有着強大的經濟、政治、軍事等各方面的基礎，是以這種制度要想被打破是非常不容易的。唯一能打破的隻有大規模地重新洗牌。而南北朝時期反複的農民起義則恰好地滿足了這一點，再加上士族内部的權力鬥争，這一政治制度得以在南北朝開始衰落。
門閥遭受農民戰争以及其他反對勢力的打擊而趨向衰落，大體上可分為三個時期。第一個時期是在西晉末年各族人民大起義的打擊下。士族統治的西晉王朝被摧毀。在這場激烈的階級鬥争中，大批高門包括司馬氏皇室在内，被起義軍或少數民族酋帥所消滅，除一部分士族南逃之外，留在北方的高門士族，無論在經濟和政治上都遭受一次沉重的打擊。
石勒、王彌農民起義軍在鎮壓高門士族時，不免會濫殺無辜，但其主要鋒芒還是針對門閥統治的。同時，起義軍在攻城略地中所殺戮的士族官僚，不計其數。
經過西晉末年各族人民大起義的沖擊，使北方的高門士族勢力一度削弱，因而十六國政權盡管存在着差異，但除前涼和前燕政權特殊外，其他各政權雖在不同程度上利用過士族，甚至有的還企圖恢複士族制度，但各個政權最高統治集團的決策人物，大多數都是出身少數民族酋帥和漢族庶族地主階層。
東晉末年孫恩、徐道覆起義，給予高門士族第二次嚴重打擊。西晉政權被推翻後，北方士族大量南逃，東晉王朝是在南北士族相結合的基礎上建立的，因而形成門閥政治的極盛時期。東晉孫恩、徐道覆起義向東晉政權發起猛烈沖擊，一方面，給予以王、謝為首的中央士族當權派以沉重打擊，導緻士族所掌握的北府兵權轉入庶族出身的劉裕手中；另一方面，促使士族内部沖突加深而爆發了内戰（桓楚政權）。
從另一方面講，劉裕集團同桓玄集團之間的鬥争，實質上是庶族地主同士族地主之間的鬥争。劉裕鎮壓徐道覆、盧循起義後，于東晉元熙二年（公元420年）代晉，建立起宋朝。庶族地主劉裕起兵的勝利和他爬上皇帝的寶座，使士族在政治上的壟斷權被沖破一道缺口。雖然曆經整個南朝，士族在政治經濟上還有較大的勢力，特别是社會地位一直還很高，然而寒門庶族地主也不斷地擁進最高統治層，并逐漸控制着實權。
庶族同士族的鬥争早在西晉時就開始了，但庶族地主同高門士族有緊密的聯系，多為其僚屬或門生故吏，二者同樣壓迫剝削，沒有根本的利害沖突，常常聯合起來鎮壓各族人民的反抗。這種鬥争要取得勝利，必須依靠人民群衆大規模的階級鬥争削弱士族勢力後才有可能實作。劉裕集團正是在農民戰争削弱士族勢力後登上政治舞台的。
北魏末年各族人民大起義，給予高門士族第三次嚴重打擊。北方高門士族勢力曾一度遭受打擊後，十六國後期又逐漸複蘇，在北魏統一北方和穩定政局的過程中，高門士族起了重要作用。如北魏明元帝拓跋嗣（公元409一424年））、太武帝拓跋焘（公元424—452年）用士族崔浩，"言聽計從，甯廓區夏"。魏孝文帝使高門李沖"總理朝務"，"委以台司之寄"。
北魏末年，各族人民大起義，對最高士族集團的打擊，其勢如摧枯拉朽。北魏宗室以及高門士族集團在經濟、政治、軍事上都受到嚴重的打擊。當葛榮率領河北數十萬義軍南下，兵鋒直指京都時，爾朱榮乘中央士族當權派勢力的削弱，北魏軍事主力被義軍摧毀，以及義軍南進給魏廷所造成的威脅，于武泰元年（公元 528年）四月舉兵向洛陽，在河陰（今河南孟津縣東）發動了一場大屠殺，史稱"河陰之變"。"河陰之變"的實質是一場地方酋帥實力派反對中央士族當權派的鬥争，盡管濫殺了一部分無辜，但它對高門士族無疑是一次嚴重打擊，為後來高歡、宇文泰上台以及進行政治革新開辟了道路，因而在客觀上具有積極意義。
北魏末年各族人民大起義揭開了各類社會沖突爆發的序幕，在各族人民起義的緻命打擊下，北魏最高統治集團之間以及中央士族當權派與地方酋帥實力派之間展開了激烈的鬥争，這些鬥争削弱了北魏最高士族門閥集團腐朽勢力。在政治上屬于新興庶族地主的代北懷朔和武川兩大豪強酋帥集團，在鎮壓各族人民起義和翦除爾朱氏勢力的鬥争中乘機崛起。東魏北齊和西魏北周政權從形式上看，是由統一轉向分裂，其實曆史在繼續前進。由高氏和字文氏控制的兩個新政權，其最高層決策人物，主要是代北豪強酋帥庶族地主，而原來居最高統治地位的士族高門降到了次要地位，進而帶來了一系列經濟、政治、軍事改革措施，産生了深遠的曆史影響。
以北魏末年各族人民大起義為轉機，庶族地主開始興起，并掌握了最高軍政大權，高門士族進一步走向衰落，進而在官員的铨選上發生了重大變化。
隋統一全國後，雖曾一度實行九品中正制，但因高門士族日趨沒落，寒門庶族地主勢力上升，九品中正制已不适應統治階級内部權利再配置設定的需要，結果是"潛愬紛纭"，而被罷除。最終，九品中正制被科舉制所代替，乃是寒門庶族地主興起後，為了加強中央集權，取消高門士族的政治特權，擴大封建政權的階級基礎而采取的措施。它揭開了我國封建社會選舉史上新的一頁，反映了封建統治階級中庶族地主和高門十族地位的升降變化。這種變化的出現，歸根到底，主要是農民戰争打擊了腐朽的門閥集團的結果。