1948年9月，東北野戰軍以迅雷不及掩耳之勢包圍了錦州，發起了遼沈戰役，人民解放軍已經在東北戰場上拉開了大決戰的序幕。此時，國民黨在東北地區隻剩下長春、沈陽、錦州三個戰略據點。錦州是溝通關内關外的咽喉，如果失守，東北就完了。為解錦州之圍，蔣介石決定沈陽主力部隊出兵遼西，但東北“剿總”總司令衛立煌反對這一計劃。于是，蔣介石特地指令參謀總長顧祝同與衛立煌同機飛往沈陽，監督其執行。
飛行途中，衛立煌建議先飛到錦州，與守将範漢傑商讨作戰計劃。但飛到錦州上空時，顧祝同見到解放軍正在炮擊錦州機場，擔心降落後無法再起飛，就拒絕了衛立煌的建議，直接飛到沈陽。
在沈陽，衛立煌為了說服顧祝同改變由沈陽出兵支援錦州的指令，特意在家中設宴招待，并授意廖耀湘提出一個從營口海上撤退的方案。
但不管兩人如何陳述理由，顧祝同就是一句話：“總統的指令，不能違背。”
事實上，這樣一句話也正是顧祝同的“升官之道”。
顧祝同出生在江蘇漣水一個貧苦家庭，父親是個教書先生，母親早早地去世，繼母極度尖酸刻薄，動不動就對他非打即罵，不給飯吃。七歲時，顧祝同入私塾讀書，後來又考入縣立高小。他雖然很頑皮，但天資聰穎，學習成績一直很好。
在九歲那年，顧祝同一度因為實在忍受不了繼母的野蠻虐待，跑了出來，投靠雙目失明算命為生的堂叔顧南田。顧南田并不是天生的瞎子，而是年輕時因尋花問柳與人結怨，被仇家用石灰揉瞎了雙眼。成了瞎子的顧南田學上了算命，便以在四鄉八裡為人蔔卦算命度日。顧瞎子年輕時過于荒唐，最終落得孤身到老，是以對顧祝同的投靠極為上心。
在顧瞎子身邊，顧祝同學會了算命的全套術語，背得滾瓜爛熟，也心領神會。
這一技之長也成為了後來因善于察言觀色而發迹的法寶。
1910年初，17歲的顧祝同進入江蘇陸軍國小，開始了軍旅生涯，1917年進入保定陸軍軍官學校。在參加孫中山上司的護法戰争中，顧祝同經人介紹，結識了時任孫中山大學營參謀長兼粵軍第二軍參謀長的蔣介石。在
簡短的交談中，顧祝同就獲得了蔣介石的好感。
是以當黃埔軍校開辦後，蔣介石便将其調到身邊擔任教官。
在蔣介石面前，顧祝同是絕對服從。蔣軍裡有個傳說，顧祝同的同鄉宗族觀念很強。1924年，他在黃埔軍校當教官時，每逢發饷，他要和黃埔軍校的同鄉小兄弟到酒店吃喝一頓。有一次由于喝多了，顧祝同早晨上操時慌慌張張沒戴軍帽，軍衣也不整齊。
蔣介石大怒，叫他跪在大家面前，以示懲戒。
蔣介石訓話完後，就離開了操場，顧祝同一直跪在那裡。
第二天早上，蔣介石正要訓話，見顧祝同還跪在那裡。問跪的是什麼人，為什麼跪着？教官忙向蔣介石報告。蔣介石恍然大悟，上前把顧祝同扶起來，拉他到校長室休息。顧祝同雙膝紅腫，蔣介石親自用毛巾為他熱敷。吃飯時和顧祝同一起進餐，顧祝同感動得雙膝跪倒在蔣介石面前。自那時起，顧祝同幾乎年年更新。
屢打敗仗照樣升官，顧祝同的“官運”雖然讓人羨慕，但大家也都暗自“歎服”：“都是因為顧墨三服從心好。”在國民黨内部，顧祝同屬于何應欽派系，但在一些關鍵問題上，他也總能妥善處理、應付蔣介石與何應欽的沖突。
就連何應欽都佩服地說：“顧墨三太百依百順了。”
西安事變發生後，顧祝同跟劉峙都被何應欽任命為總指揮，奉命率部隊向西安進軍。顧祝同一面接受了何應欽授予的職位，一面對宋子文、宋美齡兄妹的意見滿口贊許。可以說是對兩頭都做到了“服從”了。相比之下，劉峙表現得非常積極。是以，西安事變和平解決後，顧祝同繼續升官，地位開始超出劉峙。
在反共方面，顧祝同更是完全秉承蔣介石的旨意行事。他與新四軍軍長葉挺時保定軍校同期同學，私交很好。起初蔣介石指使顧祝同盡力拉攏葉挺，希望葉挺脫離共産黨的上司，但這一套沒有奏效。蔣介石又指使他設法軟禁葉挺，也沒能成功。于是，蔣介石就下令顧祝同用武力消滅新四軍。
在全國抗戰的大氛圍下，顧祝同甘願冒天下之大不韪，悍然發動皖南事變。
到1948年5月，國民黨軍隊在華東戰場面對陳毅、粟裕指揮的華東野戰軍，連吃敗仗，損兵折将。當蔣介石麾下王牌整編74師全軍覆沒，師長張靈甫命殒孟良崮後，參謀總長陳誠在衆怒之下被迫下台，繼任的正是顧祝同。
當然，顧祝同的上任也無法改變國民黨兵敗山倒的頹勢。三大戰役後，蔣介石集團到了奔潰的邊緣。蔣介石被迫下野，但仍對軍權死死不放，而代替他在台前掌管軍權的，又是顧祝同。
用陳誠收拾台灣以留退路，以顧祝同支撐危局以求進路，充分表現了老蔣對顧祝同的信任。
顧祝同雖然替老蔣在前面扛着，但他心裡明白，國民黨早就沒有阻止解放軍渡江的力量了，是以
他早早就把自己的家眷和财産搬到了台灣，私下裡對自己的親信唉聲歎氣說：“家裡的東西已經搬完了，連一床棉被都沒有留下。”
自己的後路安排好了，顧祝同對于蔣介石個人處境的安排，也極為周到。1949年11月29日晚上，劉鄧大軍先頭部隊直逼重慶時，顧祝同唯恐機場丢失，使蔣介石無法逃脫，竟坐在“美齡号”座機上親自指揮機場警衛部隊作困獸鬥，硬等到蔣介石于次日淩晨匆匆趕來，一起逃往成都。
成都解放前夕，顧祝同登上台灣派來接他的飛機，倉皇逃離。1950年1月，顧祝同還被蔣介石派到雲南蒙自，想解救國民黨第8軍和第26軍殘部，布置滇西遊擊戰，但是沒有結果。3月初，他陪蔣經國飛到西昌，與胡宗南做最後掙紮的計劃。
3月2日，顧祝同在西昌支援召開他在大陸的最後一次會議，決定固守西昌，建立滇西根據地，作為将來反攻的橋頭堡。但會議還沒結束，顧祝同就接到解放軍已向西昌進軍的消息，隻
得匆匆結束會議，與蔣經國趕緊往機場跑
，準備飛往蒙自。
飛機剛要起飛，胡宗南匆匆趕到，連呼“不能起飛！不能起飛！”。
原來，剛剛傳來消息，蒙自機場的官兵已經起義。胡宗南要是晚來一步，顧祝同和蔣經國就可能送上門成為解放軍的俘虜了。慌亂之下，顧祝同決定飛往海口，之後便到了台灣。此後，整整三十六年，他再也沒有能重回故土。
顧祝同逃到台灣後，驚魂未定，又聽到一個壞消息：
老對手陳誠為了把他逐出台灣，施用“借刀殺人”計
，向蔣介石建議說，“大陸已無中樞機構，應該派一個資深要員回大陸主持大計才好。顧總長德高望重，老成謀國，堪擔此大任。”顧祝同聽到這一消息，恨得咬牙切齒，但表面上卻仍不動聲色，暗自苦思脫身之計。
他讓自己的老婆找到蔣介石身邊最親信的人，哭訴說：
“顧總長年近花甲，多年征戰操勞，已日感體力難支，大陸已是共産黨的天下，殘存國軍已無立錐之地，若再受颠沛流離之苦，此命休矣。”
蔣介石也不想要這樣進階别官員成為解放軍的俘虜，于是讓顧祝同找一個人代替他去大陸指揮殘存在滇緬邊境的國民黨軍隊。最終，國民黨陸軍副總司令湯堯代替顧祝同去了大陸，被解放軍生擒在雲南紅河東岸的深山密林之中。
湯堯
顧祝同逃到台灣之初，除了國民黨軍隊“參謀總長”與“陸軍總司令”外，還代理了僞“國防部長”一職。但很快，蔣介石決定不顧尚在美國的“代總統”李宗仁，自行恢複職位，陳誠繼續擔任新的權力核心中的重要人物。
顧祝同的三個職位分别被周至柔、孫立人和郭寄峤取代。
當蔣介石的全部重心轉移到培養蔣經國接班，延續其蔣家王朝時，即便親信入顧祝同，也要靠邊站了。
被免職後，顧祝同心情很不好，成天郁郁寡歡，把自己關在家裡，說是要好好思過。蔣介石知道後，打電話安慰他，要他到外邊去走走，不要太為難自己。從那以後，顧祝同的心情慢慢好起來。他偶爾到過去的下屬或朋友那裡坐坐，聊聊天。遇到天氣好，就到台北附近有名的風景名勝處看看。
此時，國民黨高層許多人要求追究顧祝同戰敗的責任，蔣介石親自出面為他“說情”，加上他平時人緣還算比較好，這事也就不了了之了。
為了安撫顧祝同，蔣介石安排他擔任自己的“戰略顧問委員會”副主任委員。
這是蔣介石專門為安排落魄老将們而設立的機構，主任委員就是顧祝同的老長官何應欽。但這個委員會裡的人也分三六九等，譬如同為副主任委員的白崇禧，政治和生活方面的待遇，都遠不如顧祝同。
這樣沒有實權的日子過了幾年或，1959年，年近七旬的顧祝同居然又迎來了自己政治上的起色。蔣介石一門心思為蔣經國接班鋪路，本就是路人皆知的事，但老蔣既要裡子又要面子，擔心落得“過河拆橋”的曆史罵名。于是，他又提拔一些過去大陸時期的心腹重臣，讓他們處于比較重要的職位上。
于是，老臣中最聽話的顧祝同又迎來了屬于他的機會，被委任為國民黨最高決策機構的秘書長。這個機構主要成員都是黨政機關首腦，由蔣介石親自主持會議，國民黨的重要決策全都出自這個機構。顧祝同連任秘書長長達八年之久，成為國民黨政壇的常青樹。
1967年2月，年事已高的顧祝同主動讓賢，向蔣介石推薦蔣經國的親信黃少谷繼任自己的職位。到蔣介石去世，蔣經國順利接班後，顧祝同更是辭去了一切公職。離開權力中心的顧祝同，把剩餘精力全部放在了尊孔讀經上。
一些知情者為此在私下譏諷說：“顧墨三年輕時花天酒地，死到臨頭又變成一個假道學先生了，真是可笑！”
顧祝同早年在私生活上确實有些放蕩
，但他跟那個尋花問柳的瞎子堂叔不同，不用擔心會因為得罪仇家而招緻不測，因為他很多時候都是手握大權的人。在他發迹之前，曾在家人的做主下，娶了原配夫人楊氏，為他生了一兒一女。但自從發迹後，顧祝同便把家裡的糟糠之妻抛諸腦後。
在擔任第三師師長時，顧祝同又娶了一個夫人許文蓉，是蘇州有名的大家閨秀，琴棋書畫樣樣精通，被人譽為風流才女。顧祝同專門為許文蓉在上海購置了大别墅，為了讨好許文蓉，更是将楊氏所生的一雙兒女接到上海，交由她撫養。
可憐的楊氏夫人，自從顧祝同有了新歡後，原本就難再見他一面，但好在有兒女在身邊陪伴，倒也能緩解一些寂寞之情。可就這點寄托，都被顧祝同無情剝奪了。自從兒女被接走後，偌大一座宅院就隻剩下楊氏一人。
時隔不久，楊氏突然死于一場神秘的大火
。
原配夫人死後，許文蓉就順理成章被扶正了。但即便有這樣一個如花似玉的嬌妻陪伴左右，顧祝同仍改不了偷香竊玉的習慣。抗戰期間，顧祝同就任第三戰區司令長官，在皖南一個小城屯溪看上了一個平劇演員史文卿。
這個史文卿原本在蘇州唱戲，是第三戰區副司令長官上官雲相看上了把她接到屯溪。史文卿在屯溪一炮而紅，很快就成了達官貴人追捧的寵兒。顧祝同為了得到史文卿費盡心思，他讓軍機處在屯溪街上貼告示，禁止所有将士進入劇場。這樣一來就算是咋了史文卿的飯碗。沒過多久，史文卿便乖乖自投羅網，成了顧長官的籠中之鳥。
當時的國民黨進階将領，大都有一個毛病，每到一地都娶一個漂亮女人，他們戲稱為“抗戰夫人”。
但國民黨軍隊的抗戰能力卻實在有限，很難在一個地方待得長久。隻要部隊一撤退，他們也就拍拍屁股走人，丢下那些可憐的女人自生自滅。史文卿也沒能逃脫“抗戰夫人”的命運。
顧祝同逃到台灣時已經是年近花甲了，随着年歲仍不斷增長，也就沒那精力再幹那些浪蕩事了。
誰知他搖身一變，又擺出“道學先生”的樣子，大談禮義廉恥。
在這一點上，顧祝同倒是跟他終身追随的老蔣頗有些相似之處。
在大陸時，顧祝同就是一個極重鄉土觀念的人，到了台灣後再也無法踏足故鄉，他還是時常會思念不已。1973年5月，80歲的顧祝同與老長官何應欽一起，興緻勃勃地參訪了金門與澎湖諸島。在金門時，顧祝同高舉着高倍望遠鏡，對着大陸方向，凝視了足足有十分鐘。原本還談笑風生的顧祝同，一下子變得沉默寡言。
他大概想竭力從高倍望遠鏡中，能窺視到家鄉漣水的一草一木吧！隻可惜，那是不可能的了。自從他選擇跟着蔣介石，站在人民對立面那一刻起，就應該想到有朝一日會有這樣的下場了。
顧祝同、何應欽、白崇禧
顧祝同的晚年生活很有規律，每天早睡早起，一直保持散步的習慣。閑暇時，顧祝同還熱衷于養花。平時除了偶爾還是會思念故鄉外，基本上都保持很好的心态。是以，顧祝同很長壽。
1985年8月的一天，顧祝同突然感覺到渾身不舒服，經醫生診斷為高血壓。醫生叮囑他注意休息，但他自認為身體很好，不把醫生的話當一回事，第二天便早早起來到花市去賞花。當天晚上，顧祝同看報時突然倒在地上，不省人事。送到醫院後被診斷為腦部微血管栓塞。從那以後，顧祝同便住進了醫院，卧床不起，吐字不清。1987年1月17日，顧祝同在醫院病逝，終年95歲。