公元1227年的8月25日，一代天驕成吉思汗在親征西夏時去世，他在臨死前将汗位傳給了三子窩闊台，并且宣稱就算窩闊台隻有一個吃奶的孩子，都比其他人優先繼承汗位。而成吉思汗去世後，蒙古人正忙于攻打西夏，是以窩闊台并沒有直接登基，在窩闊台1229年登基之前的兩年，成吉思汗的幼子拖雷一直以監國的名義掌握着帝國的權力。
成吉思汗的畫像
在成吉思汗去世兩年之後，蒙古貴族們在克魯倫河畔舉行了庫裡勒台大會，想要推舉出大汗來繼承成吉思汗的事業。而參加這次大會的蒙古貴族中，有一部分想要反對成吉思汗的遺囑，他們認為應當恪守舊制，擁立幼子拖雷為新大汗。不過由于當時成吉思汗的長子術赤已死，作為二哥的察合台則堅決擁護窩闊台，并且帶頭向窩闊台行禮，于是窩闊台便成為了新的大汗。
而窩闊台之是以能順利成為大汗，他的二哥察合台可謂是功不可沒，是以窩闊台在登基之後，便一直和察合台保持着良好的關系，在成為大汗後仍然稱呼察合台為兄長，并且在一些決策上都會聽取察合台的意見。不過窩闊台畢竟是一位統治者，在面對一些威脅到自己權力的事務上，他仍然會堅決維護自己的“利益”。
窩闊台的畫像
在成吉思汗西征結束後，曾将花剌子模王國東部的土地賜予察合台，這塊位于中亞土地當時并沒有被稱呼為汗國，因為土地的所有權雖然屬于察合台，但是實際的權力卻牢牢掌握在窩闊台的手裡。窩闊台在登基之後，立即便開始積極控制中亞，聰明的窩闊台明白，兄長察合台的封地對于蒙古帝國來說非常重要，中亞富饒的河中地區可是為帝國提供可觀的稅收，而且那裡盛産的良馬，也是蒙古騎兵的必需品。
而窩闊台之是以能牢牢控制中亞的土地，還要從成吉思汗結束西征後的一個政策說起。公元1224年，成吉思汗結束西征後，便任命回回人牙老瓦赤為河中地區的總督，讓他管理河中地區的城鎮，
而牙老瓦赤也沒有辜負成吉思汗的信任，在他的治理下，河中地區開始從蒙古軍隊的破壞中漸漸恢複過來，牙老瓦赤也成為了河中地區權力最大的人。
河中地區的城鎮
是以在窩闊台登基之後，便立即和牙老瓦赤取得了聯系，聰明的牙老瓦赤也選擇向窩闊台效忠，他本人則成為了窩闊台統治中亞的代理人。而當時的察合台，一直和自己的手下生活在中亞東部的草原上，他隻能控制自己的軍隊，卻無法幹預河中地區的城鎮。不久之後，察合台便開始和牙老瓦赤發生沖突，在1238年的時候，布哈拉的制篩匠塔剌發動反抗蒙古人的起義，察合台見狀便派軍前去鎮壓，并且在平定起義之後，想要按照慣例對布哈拉進行屠城。
可是就在這個時候，牙老瓦赤卻站了出來，他反對察合台屠殺布哈拉居民，并且将此事報告給了窩闊台，結果窩闊台果斷的支援了牙老瓦赤，并且要求察合台不準屠城。這件事結束不久後，察合台便開始不斷針對牙老瓦赤，他曾未和牙老瓦赤商量，就将阿姆河北部的一片土地賞賜給自己的部下，
牙老瓦赤得知此事後，便再次上報窩闊台，結果窩闊台勃然大怒，并且對察合台提出了批評，察合台見狀也隻好認錯。
察合台的畫像
不過後來窩闊台為了安撫兄長察合台，還是将那塊土地賜予了察合台。不過這件事也使察合台和牙老瓦赤的沖突徹底激化，察合台開始遷怒于牙老瓦赤，而牙老瓦赤也并不相讓，甚至曾以窩闊台的名義來威脅察合台的大臣。
在窩闊台活着的時候，僅僅依靠一個牙老瓦赤，就牢牢控制了中亞的土地，是以曾有中亞的史學家認為窩闊台的這個方法非常高明。
公元1241年察合台去世後，為了防止支援察合台的貴族報複牙老瓦赤，窩闊台立即将牙老瓦赤召回到中原，并且任命牙老瓦赤的兒子擔任河中總督。牙老瓦赤前往中原後不久，窩闊台便去世了，而牙老瓦赤因為和另一位回回權臣奧都剌合蠻不和而被窩闊台的妻子乃馬真皇後排擠，直到貴由汗登基之後，牙老瓦赤才重新被重用。