在曆史上滿蒙聯姻非常頻繁，尤以科爾沁部與清朝的聯姻次數最高，光在入關前清廷與科爾沁部的聯姻就高達33次，從皇太極時期的“崇德五宮”的構成上，有三位是來自科爾沁部的女子，可見來自科爾沁部的女子成為這一時期清廷後宮的核心，顯示了清廷與科爾沁蒙古緊密關系。《聖武記·國朝綏服蒙古記一》記載：“科爾沁從龍佐命，世為肺附，與國休戚。孝端文皇後、孝莊文皇後、孝惠章皇後皆科爾沁女，故世祖當草創初，沖齡踐阼，中外帖然，系蒙古外戚扈戴之力。”
但是清（後金）之是以能收服科爾沁蒙古，使其能成為清（後金）治下的藩部決不僅僅靠聯姻，聯姻隻是使清朝和科爾沁蒙古的關系更加緊密。清朝和科爾沁蒙古的關系是這樣的：對抗—以清（後金）為主導的同盟—清（後金）的臣屬。要注意清廷與科爾沁的關系中，清（後金）是始終處于強勢地位，這就不是靠嫁女人能得到的結果了。之是以科爾沁蒙古會投向清廷，一方面是由于懾于清（後金）武力，再加上清廷統治者恩威并用。另一方面，現實威脅不得不讓科爾沁蒙古尋求清廷的庇護。
努爾哈赤自萬曆十一年（1583年）十三副铠甲創業以來，逐漸統一女真部落，在統一過程中，就不可避免地将兵鋒指向了那些原本向科爾沁蒙古進貢的女真部，由于傷害到了科爾沁蒙古的利益，于是在萬曆二十一年（1593年），以科爾沁蒙古為首的九部聯軍3萬人進攻建州女真，結果被努爾哈赤打得大敗虧輸，“是戰也，殺其兵四千，獲馬三千匹，盔甲千副，滿洲自此威名大震”，這就是古勒山之戰。但是，努爾哈赤卻并未趁勝擴大戰果繼續攻擊科爾沁部，反而主動修好，科爾沁部也感于努爾哈赤大度，懾于建州女真的實力，不願與努爾哈赤對陣，雙方開始友好交往。《滿洲實錄·卷二》記載：“甲午年，蒙古科爾沁部明安貝勒、喀爾喀部勞薩貝勒始遣使往來。于是蒙古各部長遣使往來不絕。”
愛新覺羅·努爾哈赤
當然，這并不意味着科爾沁蒙古完全倒向努爾哈赤，就在萬曆三十六年（1608），努爾哈赤派其長子褚英攻打烏拉部的時候，科爾沁左翼貝勒翁果岱（《清武錄》為甕剛岱）還試圖幫助烏拉部，結果估計建州女真兵的表現過于兇悍，看着似乎打不過，便直接撤兵了。《清太祖武皇帝實錄》記載：“時兀喇布占太與蒙古廓兒沁（科爾沁）甕剛岱貝勒合兵，出兀喇城約二十裡，遙見我兵之勢難敵，遂回。”
是以，在古勒山戰役之後，清（後金）和科爾沁蒙古确實是相安無事的。真正讓科爾沁尋求清（後金）的幫助的事件還是因為另外一個草原強權的崛起，蒙古大汗的繼承者察哈爾部林丹汗不甘心隻當名義上的共主，一心想統一漠南蒙古，但是林丹汗卻無縱橫捭阖的智略，“虎憨為人無遠略”，一味地使用武力攻打漠南蒙古諸部，讓漠南蒙古備受威脅，科爾沁蒙古為了自保，必須尋找一個可靠的盟友，而緊鄰的清（後金）對科爾沁蒙古來說正是一個不錯的選擇。
正是在這一時期（萬曆四十年至四十三年），科爾沁左翼蒙古和清（後金）關系迅速升溫，雙方聯姻不斷。萬曆四十年（1612年），努爾哈赤娶明安貝勒之女為妻。萬曆四十三年（1615年），努爾哈赤又娶科爾沁孔果爾貝勒為妻。萬曆四十二年（1614年），皇太極娶科爾沁莽古思貝勒之女為妻。而努爾哈赤也非常重視與科爾沁蒙古的友好，經常以賞賜、大宴的形式聯絡感情，可謂是揮金如土。《滿文老檔》記載：“大英明汗念蒙古明安貝勒遠道而來，加以款待，每日小宴，隔日大宴，留住三十日，賜以人四十戶、甲四十副及綢緞布匹等物至足，送至三十裡外，路宿一夜。”
愛新覺羅·皇太極
科爾沁左翼倒向清（後金），并且所獲頗豐，随着努爾哈赤在遼東戰場的節節勝利，威望大增，對備受察哈爾部威脅科爾沁右翼也産生了影響，科爾沁台吉奧巴遂決定與後金修好，共同對付察哈爾部林丹汗的威脅，雙方在天命九年歃血為盟，至此清（後金）與科爾沁部的同盟正式完成。
在天命十年（1625年）十一月，努爾哈赤接到科爾沁受到察哈爾部攻擊的消息，命貝勒莽古爾泰、皇太極等人率精兵5000增援，察哈爾兵未敢與清（後金）交戰，退走。林丹汗的不戰而退更堅定了科爾沁蒙古倒向清（後金）的決心。雙方又于天命十一年（1626年）四月，再次盟誓，有所不同的是此次清（後金）是以盟主的身份出現的，努爾哈赤賜奧巴台吉土謝圖汗之号，對科爾沁蒙古的拉攏在努爾哈赤一代初步完成。
對清（後金）來說拉攏科爾沁蒙古的意義十分重大。首先、在漠南蒙古勢力中科爾沁蒙古的實力僅次于察哈爾部和内喀爾喀五部，在與察哈爾部的沖突無法調和時，拉攏科爾沁部無疑是最優選擇，要知道郭爾羅斯、杜爾伯特等部都是科爾沁部衍生出來的，如若科爾沁部能夠歸順，那麼也能加快其他部的歸順程序。其次、與科爾沁部交好，也使得清（後金）能專心對付察哈爾部和明朝，避免腹背受敵的局面。
天命十一年（1626年）八月，努爾哈赤駕崩，皇太極繼位，是為清太宗。此人青出于藍而勝于藍，從其後的行為看，皇太極并不滿足隻做漠南蒙古的盟主。天聰二年（1628年）九月，皇太極召集蒙古諸貝勒會兵攻打察哈爾部，“各率所部兵前來會集于所約之地”，可能是努爾哈赤時代統戰工作做得太好，使科爾沁部未意識到自己身份正在悄然發生變化，竟然不服從皇太極的指令，私自出兵劫掠，不與大軍會合，惹得皇太極震怒不已。《滿文老檔》記載：“科爾沁諸貝勒不至，土謝圖汗、哈坦巴圖魯、滿珠習禮率其兵啟行，不與我軍合，自行劫掠，掠畢再來與我軍合等語。汗大怒，複遣希福往，令土謝圖額驸務必來會。”
當然，雖然沒有科爾沁的參與，清（後金）軍仍然獲得了勝利，但皇太極對土謝圖汗奧巴顯然很是不滿，立即寫信曆數奧巴十大罪過，而後奧巴入朝賠罪了事。
在此事後，皇太極決定要以法制化手段加強對蒙古各部的管控。天聰三年（1629年）正月，皇太極下诏，指令“科爾沁、敖漢、奈曼、喀爾喀、喀喇沁五部落，令悉遵我朝制度”。三月，令國舅阿什達爾漢申定軍令，确定有關蒙古各貝勒的事務以及遲到、單獨行動的相關處罰措施。
至此，科爾沁部再也不敢擅作主張，就在同年十月，皇太極親率大軍進攻明朝，科爾沁部奧巴不敢再怠慢，帶領部族23名台吉跟随皇太極參戰。
天聰六年（1632年）四月，皇太極第二次攻打察哈爾部，奧巴積極響應，出兵最多，受到皇太極的熱烈嘉獎。《清太宗實錄》記載：“今爾等所率兵，多寡不齊，遲速亦異。惟土謝圖額驸率來軍士甚多，又不惜所蓄馬匹，散給部衆，疾馳來會，足見立心誠慤，憂樂相同，朕甚嘉之。”
至此，科爾沁部已經完全臣服于清朝，接受了清朝的管理。與此同時，皇太極又逐漸推進盟旗制度，科爾沁部被拆部編旗，設為5個劄薩克，确立了清朝的絕對管控地位。
至此，在清太祖努爾哈赤和清太宗皇太極的恩威并施的運作下，科爾沁部成為了清朝管控下的行政區劃，所謂“科爾沁以列朝外戚，荷國恩獨厚，列内劄克二十四部之首”，終清一世，忠心耿耿，再無反心。