1949年的中國發生了翻天覆地的變化，在這一年，新中國建立，全國大部分地區都被解放，就連蔣介石最後的落腳點台灣都有大批的地下黨。早在日
本侵略者占據台灣時期，中國共産黨就在台灣設立有自己的黨支部。
1945年日本投降之後，中共中央立即向原日本人占據的台灣地區，派遣了大批幹部，進行革命根據地的建設。曾參加過紅軍長征、擔任過八路軍野戰政治部敵工部長、時年37歲的蔡孝乾，便以中共台灣省工作委員會書記的身份，被派往了台灣，籌建中共在台灣省的組織。蔡孝乾也是唯一參加過紅軍長征的台灣人，對台灣當地的情況十分熟悉。
蔡孝乾雖然後來叛變了，但是在到台灣的前幾年，還是做了不少成績的。1946年，蔡孝乾便被派到台灣，主持地下工作。到台灣後，蔡孝乾在台灣組織了多次學生運動和農民運動，給國民黨當局施壓了很大的壓力。
1948年底，蔣介石接連遭受各種打擊，軍事慘敗，币制改革和經濟管制失效，國統區對他的反對聲音也越來越大，在這種情況下，蔣介石不得不為自己考慮退路，那就是退到台灣島。其實在1948年6月，蔣介石的長子蔣經國就建議做撤退台灣的準備，但當時蔣介石沒有在意，一直到1948年底，局勢變得十分惡化，蔣介石才考慮到台灣。
1948年12月29日，蔣介石為了安撫台灣群眾，将台灣牢牢控制在自己的手裡，指令自己的心腹陳誠擔任台灣省主席。12月30日，蔣介石又任命自己的長子蔣經國擔任台灣省黨部主任委員。
當時在台灣還有一員國民黨的名将，此人就是孫立人。孫立人雖然在抗戰期間立下過赫赫戰功，但是在内戰開始後不久，就被排擠到了台灣練兵，一直處于閑置的狀态。由一個握有重兵，大權在手的封疆大吏，到到任一個空有其名，遠離戰場的地方，孫立人的心情變得很低落，不過練兵也是拿他的拿手好戲，他很快就來到了台灣。
1947年10月，孫立人在台灣鳳山成立了陸軍訓練司令部，來台灣之前，孫立人聯絡新一軍幾十名稅警總團時就跟他的老幹部，還挑選了400多名教導總隊畢業的學生作為示範教官，他的這一做法，直接把新一軍的骨幹抽光了，導緻新一軍的戰鬥力大大降低。
孫立人負責訓練的新兵主要是從台灣征召的年輕學生，還有從大陸逃到台灣的零散部隊，以及從上海，廣州，北平，武漢招來的7000多名青年，為了吸引大家參軍，孫立人還将鳳山練兵的過程拍成了紀錄片，然後放到戲劇裡一起播放，一些年輕的學生看到了鳳山練兵的紀錄片，都被吸引過去參軍了。
孫立人練兵十分嚴格，孫立人在自己的辦公室門口挂着一面鏡子，官兵有事見他，必須先整理着裝，然後喊報告才能見他。在短短幾年的時間裡，孫立人就在鳳山訓練了46萬名官兵，這些人後來大都被派到國内各個戰場，也是蔣介石能夠在台灣立足的保障。
蔣介石在人民解放軍百萬雄獅渡長江後不久，決定去台灣，但卻一直住在台灣海峽中流的澎湖群島，并沒有到達台灣本島。一直到5月21日，陳誠，蔣鼎文，渝鴻鈞三人親自去拜谒蔣介石，蔣介石才準備去台灣本島。5月26日，蔣介石趕赴台灣，他乘坐的美齡号飛機在上空繞了很長時間，并沒有去陳誠控制的台北，而是去了孫立人控制的高雄市。
蔣介石之是以去孫立人這裡，是因為當時台灣島内地下黨鬧得比較厲害，蔡孝乾在島内發展了數量衆多的群衆，蔣介石知道孫立人的才能，知道有孫立人，自己的安全是有保障的。到達高雄後，孫立人率領訓練營的官兵親自去迎接。
到達高雄之後，蔣介石不敢下飛機，孫立人親自上飛機請他。蔣介石見到孫立人後第一句話就問：“我在此地安全嗎？”孫立人回答：“有我在，不用怕！”蔣介石這才在長子蔣經國的攙扶下，戰戰兢兢地走了下來，為了安撫孫立人，蔣介石立刻在一張紙條上寫下“新台币20萬，蔣中正。”孫立人後來蔣介石這邊錢全部沖了軍費。
蔣介石到台灣後，蔣介石立刻讓長子蔣經國重新國民黨的特務系統，并重建軍隊的政工制度，蔣經國還兼任國防部政治部主任，進一步控制軍隊。當時島内的政治環境十分緊張，再加上當時台灣地下黨負責人蔡孝乾被捕後叛變，導緻台灣地下黨幾乎全軍覆沒，蔣介石又穩定了台灣的局勢。
蔣介石到台灣之後，還幹了一件事，那就是土地改革。蔣介石規定，一是限定租額，除掉種子、肥料等成本費25%，餘下收成的75%由地主和佃農平分，也就是佃農等穩獲全年收成的37.5%，這就是著名的“三七五減租”。二是對地主随意解雇佃農進行了限制，規定租期不得少于6年，在這6年裡，佃農完全取得土地使用權，每年交地主37.5%地租即可。
蔣介石還頒布二是對地主随意解雇佃農進行了限制，規定租期不得少于6年，在這6年裡，佃農完全取得土地使用權，每年交地主37.5%地租即可。這一系列做法緩和的社會沖突，也壓縮了台灣地下黨的生存空間。
除此之外，蔣介石還大規模清洗軍隊将領，有些将領隻要表現得有一點不忠誠，就會被排斥在外，孫立人就是一個典型的例子。孫立人雖然在蔣介石到達台灣初期立下了大功，但是卻很傲慢，不僅抵制蔣經國的政工制度，還排斥其他的部隊。
上海解放前，湯恩伯率領殘兵敗将潰守台灣地區，接待的任務就落到了孫立人的肩膀上，但是孫立人卻不肯将訓練營空出來，讓給湯恩伯殘部居住。蔣介石責孫立人自私，孫立人講道：“我自私？你才自私，誰不知道湯恩伯的部隊是您的嫡系部隊，如果共産黨打過來，您能往哪裡去？隻能往太平洋裡跳！”蔣介石聽後臉色大變，不是侍衛長俞濟時出來打圓場。當時的場面一定不可控制。
另外，孫立人的過于清廉也引起了其他将領的不滿，最後蔣介石随便找了一個罪名将其軟禁起來。在這一系列的措施下，蔣介石将台灣黨政軍憲特系統又牢牢地控制在了自己的手中，将台灣的局勢穩定下來。