長期以來，曆史學為人們提供一種經驗的借鑒。但是，曆史學并非那麼靠得住，也并非都對所有的現象研究得很透徹。即便到了現在，曆史學的困境依然存在，也始終讓人們無可奈何。
很多曆史學的理論建築在考古學上的，甚至很多理論都沒有考古學作為依據，直接進行邏輯推導就形成了，其實并不是事實，也不是什麼真實的曆史還原。考古學發掘并不全面，有很多古墓沒有發掘，而出土文物又不是非常豐富，隻是根據出土文物來推斷，難免會錯誤百出，如果加上史料記載，似乎可以還原一定的曆史原貌。隻是，所謂的史料也往往靠不住，經過曆代傳播，已經有很多錯訛之處，不是原原本本的曆史文獻了。在這樣錯誤的文獻基礎上搞研究，難免會陷入困境。隻要出土一些新的文物和典籍，就會對現有的曆史研究形成一定的打擊，或者能夠推翻一些現有史料的章節定論。馬王堆漢墓出土的《易》和今本《易經》有很大的不同，同樣出土的帛書《老子》和現有通行版本的《老子》也有一些不同。張家山漢簡《引書》與《老子》有一定的淵源，同樣出土的漢簡《蓋廬》與現存的《越絕書》以及已佚的《伍子胥》之間也有淵源關系。根據很多新出土文物和史料的研究，會發現以前已經成為定論的曆史學理論會被改寫，甚至會被推翻。《周禮》的成書時間似乎要比人們判時間提前，《易經》的成書時間應該是戰國中期而不是戰國晚期或西漢前期，《吳越春秋》和《日書》比照之下，可能包含了更早的内容。也就是說，考古學的新發現會讓曆史學陷入尴尬的境地。但曆史學并非隻是裹足不前，而是一個開放的系統，不斷進化，不斷發展，要是固步自封，隻會陷入困境。
長期以來，曆史學受到哲學和經濟學影響比較大，以至于成了哲學和經濟學的附庸。對立統一的理論被應用到曆史學中，讓曆史學變成了哲學思辨，而不是純粹的客觀事實。根據推斷建立起來的曆史學理論往往靠不住，而對立統一的原則又表現得那麼無懈可擊，于是，人們隻能在這種理論之下去建立曆史學架構，而且要以這種架構來總結新理論，生出很多新的學問來。其實，從大的曆史發展觀來看，哲學思辨沒有什麼壞處，但從小的曆史事件研究方面來看，哲學對立統一的理論似乎就有些捉襟見肘了。小的曆史事件并非都是那麼理性的，有的受了個人情感的左右，當然也就不能用哲學觀念來推導了。人性的發展并非都是理性的，而是充滿了感性的各種可能，而那些随機産生的曆史事件也不是可以預測的。如果按照“事後諸葛亮”式的判斷，就很可能陷入誤區。也就是說，曆史定論并不一定可靠，畢竟根據哲學判斷的曆史學終歸不是純粹的曆史學，而是哲學和曆史學的變種，裡面充滿了一些邏輯詭辯，讓人們防不勝防。經濟學也是如此，長期支配着曆史學的發展。人們或許受了太多哲學和經濟學的影響，認為經濟是基礎，曆史才是上層建築。以至于，人們研究曆史上的時候總是先研究經濟學，認為把當時的經濟學研究透徹了，就會知道曆史事件發生的規律，當然也就從經濟學出發，研究曆史事件和經濟之間的關系。當然，并不能說曆史事件和經濟沒有關系，而是有着大層面的關系，具體到曆史事件本身，就和經濟學關系不是很大了。試想，一個皇帝的決策是不是處處考慮經濟學？那時候有經濟學嗎？即便皇帝做決定要考慮一下國庫财政問題，也不是事事都要考慮财政問題的。要是那樣，就沒有宋徽宗時期的國庫虧空，也就沒有乾隆時期的國庫虧空了。經濟學和曆史學有聯系，但不是曆史學本身。曆史要靠出土文物作為證據，以文獻作為佐證來研究，要是什麼曆史事件都要先考慮當時的經濟發展，還要人為地和當時經濟挂鈎，就一定會出現研究的偏差，進入困境而不能自拔了。
還有進化論的影響。曆史學家總是受制于進化論的影響，以為現代一定勝過古代，今人一定要比古人好。其實，進化論隻是一種生物進化假說，并不一定是事實。或者說，進化論符合了對立統一的觀念，才被引入進來。而進化論本身也有很多缺陷，并非是完美無缺的，當然也不可能指導曆史學研究，甚至不能當做曆史學研究的參考。今人一定比古人厲害，而古代很多朝代的人是不知道進化論的，甚至會有曆史倒退的現象出現，而皇帝們進化了多少代之後，還是沒多大出息，基本上都在維護封建體制，循環不已。文明發展了，曆史并不一定發展很快，甚至會裹足不前。而曆史學研究大多隻是進行了進化論般規律性的圖解，而看不到豐富的曆史現象，是以缺乏真正能夠籠罩全局的新思路，也缺乏有真正突破性的文獻發現。
曆史學當然不能隻是研究帝王将相，應該研究當時的經濟、政治、文化、農業、手工業、民生等，但不能被這些東西左右，而是有自己開放的認知系統，不斷豐富和完善的研究體系，不輕易下定論，也不總是在疑古和信古之間徘徊，應該以事實為根據，找到疑問的破解方法，同時不乏想象和邏輯推導，重視考古發現，哪怕新的考古發現修正了以往的曆史研究，也要大膽承認，向前發展。畢竟，曆史學就是一門不斷證明，又不斷被證僞的過程。現在的曆史學家已經推翻了很多前代曆史學家的定論，而後代的曆史學家很可能會推翻現在曆史學家的定論，就在這種不斷鼎故革新的發展中，曆史學才會獲得新生。依附于别的學科，或者被一些意識形态所主導，始終都會誤入歧途，在困境中掙紮了。