康熙收複台彭後，雖設府置縣，但一度禁止内地人入台，雍正時逐漸開放。乾隆中期以後，因禁令廢除，入台的人越來越多，台灣也由此得到進一步開發。
一、天地會的壯大，林爽文的崛起
渡海入台的人，主要是福建、廣東人，而且大多來自漳州、泉州、惠州、潮州等地。這些人曆經千辛萬苦，才在台灣安定下來。為保護來之不易的生命财産，他們以宗親、地緣關系為紐帶，聚集到一起，互相幫助。與此同時，各種秘密社會組織也開始蔓延，尤其是天地會，提出的口号（入了此會，大家幫助，不受人欺負）非常有号召力，迅速發展壯大。
組織、幫會、集團一旦多起來，各種紛争也會随之而來。是以，當時的台灣就有不少集團，為了利益而時常發生武力沖突。地方官吏起初還會出面治理，後來見多了，要麼不過問，要不就是敷衍了事，是以，幫會沖突成了常有之事。幫會勢力經過一段時間的競争，有些被兼并，有些被打散，最後，天地會脫穎而出。
台灣又因遠隔重洋，與大清朝廷的關系可謂天高皇帝遠，清廷派來的官吏各個貪得無厭，百姓水深火熱，吏治十分糟糕，官民沖突時有不斷。當時，就有人形容台灣府的官吏：
“貪婪之吏，以宦為賈；舞文弄墨，剝民脂膏；三年報罷，滿載而歸。”
台灣本地人見官吏如此貪婪，自然對其恨之入骨，他們紛紛加入天地會。許多貧困以及不滿社會現實的群眾也不斷入會，以至天地會的影響力從台灣擴散到長江以南，甚至大清各地。這時的天地會，已經成了一股不容忽視的反清抗貪的力量，引起了朝廷的關注。
乾隆五十一年夏，朝廷下令解散天地會，到處搜羅會員，并采用激烈手段：
“衙役等從中勒索，無論好人歹人，紛紛亂拏，以緻各村莊俱被滋擾。”
清廷的行為，直接導緻天地會首領林爽文揭竿而起。林爽文是福建人，十七歲歲時随父親移居台灣，早年給别人當過馬夫，還擔任過衙門捕快。他為人豪爽，喜歡結交各路英雄，後經人介紹加入天地會，很快便成為天地會的北路首領。
乾隆五十一年十一月二十五日，林爽文等首先起兵，兩天後追随者兩千多人，前來抓捕的清兵也被他們一舉消滅。事已至此，林爽文開了弓，就沒有回頭箭。二十八日夜，林爽文率領部衆攻打彰化，勢如破竹，殺死知府孫景燧、同知長庚等數十官吏。接着，林爽文被部下公推為盟主。
二十九日，林爽文以縣衙為盟主大元帥府，豎立旗号，建元“順天”，并任命了元帥、副元帥、将軍、軍師、節度使、知縣、同知等官。
取彰化後，林爽文下令不許損壞百姓财産，規定“失一賠二，焚茅賠瓦”。由于林爽文軍旗幟鮮明，紀律嚴明而且“開獄放囚”，很快就得到百姓支援。所到之處，群衆積極響應，造成很大聲勢。為進一步鞏固勢力，林爽文分兵攻打淡水、諸羅、鹿仔等地。僅僅幾天，除台南外，全台盡歸林爽文。
二、乾隆點将，跨海平定林爽文
乾隆最初得知消息後，以為隻是一般的械鬥，沒有大動幹戈，隻是派閩浙總督常青處理此事。常青派往台灣的清軍，很快就被打敗，沒有發揮任何平叛的作用。
後來，乾隆了解到前線的真實情形，才開始重視起來，他一邊将清軍逃跑的将領就地正法，以正軍威；一邊指令常青赴台督師，李侍堯協同作戰。
常青是靠鑽營平步青雲，并沒有軍事指揮才能，而且懦弱無能，這次遇上林爽文，他不僅沒有完成任務，反而讓局面惡化。
乾隆五十二年，鑒于常青師老而無功，乾隆以福康安為平台大将軍，海蘭察為參贊大臣，率領滿洲侍衛赴台取代常青。同時，乾隆抽調四川、貴州、湖廣數萬清軍赴福建待命，還指令戶部“于鄰近福建各省撥銀三百萬兩，迅速解往閩省備用。”
乾隆訓示福康安，讓他想辦法招撫良民，獎勵“義民”。所謂“義民”，就是擁護清軍反對林爽文的百姓。這一招，在康熙年間平息朱一貴叛亂時曾收到很好效果，乾隆故技重施，要求籠絡“義民”，以減少平叛阻力。
十一月，福康安抵台後，與林爽文大戰于八卦山。林爽文敗走，林軍第一重鎮彰化被清軍占領。由于清軍人數衆多，裝備精良，加上用利益籠絡“義民”，福康安進軍十分順利，很快就打到諸羅。福康安與海蘭察分兵攻打，林爽文率軍“阻溪自固，在山梁屯紮，見官兵将至，四面圍裹，不下萬餘。”
清軍憑借人數優勢，“搶上山梁”。林爽文不敵，被迫逃往大裡杙，他命人修築土城高壘、設定炮台，内置木栅兩層，沿溪設定關卡，以抵抗清軍。此時，林爽文既無糧草供應也無援軍支援，力量遠不及清軍。
福康安窮追不舍，行至丁台莊，雙方萬箭齊發，互有死傷。後來，福康安又指令手下分兩路攻打，以分散敵軍兵力。林爽文不敵，帶着妻兒逃往集集，又遭遇“四川屯番”的弘曆，随後逃到小半天（今南投），竄入埔裡社山中。
福康安派兵入山抓捕，并下令百姓協助搜查林爽文有獎。第二年正月初五，林爽文逃到老衢崎時被當地人抓住，獻給清軍。福康安平定林爽文的北路軍後，又揮師南下，平定莊大田的勢力。二月初，随着莊大田兵敗被擒，林爽文的叛亂宣告徹底結束。
福康安、海蘭察等人大功告成之後，受到乾隆賞賜。林爽文等人被押送至京城，經大學士、軍機大臣會審，于乾隆五十三年按律處死。
秋媚說：林爽文的叛亂，有深刻的環境因素。遊民雜居的特殊背景為天地會提供壯大的土壤，清廷官吏與百姓的糾紛醞釀着火苗，乾隆一紙解散令，鄭爽文等揭竿起。但是，朝廷可以調動大量資源，占據絕對優勢，是以乾隆很快就能平定林爽文。