明朝在二百多年的曆史中，共誕生了16位皇帝，這16位皇帝中，有13位皇帝埋葬在了明十三陵中，這其中包括明朝的末代皇帝崇祯。雖然崇祯在李自成攻破都城後選擇了自殺身亡，但李自成為了安撫城中百姓，給百姓留下一個好印象，是以選擇厚葬崇祯，将他埋葬在了明十三陵中。
但明朝的16個皇帝中，有3個皇帝沒有葬入明十三陵。
第二位是大明的開國皇帝朱元璋，朱元璋是在南方起義的，他先滅掉南方的張士誠、陳友諒等勢力後，然後北上滅掉了元朝。但是雖然元朝滅亡了，北部的蒙古勢力依然強大，朱元璋為了避免蒙古的騷然，加上自己的根基在南方，是以他選擇在南方的南京建都。
由于都城在南京，朱元璋也一直生活在南京，是以他死後也自然會埋葬在南京的皇陵。朱元璋去世後，朱棣奪取了朱允炆的皇位，但朱棣的封地在北方，他的勢力範圍也在北方，是以他為了維護自身的皇位，遷都北京，之後明朝的都城一直在北京，後世的明朝皇帝也就會埋葬于北京的皇陵之中。
第二位皇帝是建文帝朱允炆，因為他在朱棣攻破都城後，就此下落不明，找不到他的屍體，也不知道他是死是活，是以自然無法将他葬入明十三陵中。建文帝是大明的第二位皇帝，由于他上台後實行了激進的削藩政策，這引發了燕王朱棣的不滿，是以他以清君側的名義起兵造反，發動了靖難之役。
建文帝是皇帝，朱棣隻是一個藩王，綜合下來建文帝的實力要遠強于朱棣，但由于朱允炆昏招頻出，敗光了他的優勢。首先是他激進的削藩政策，導緻諸王都不滿他，是以朱棣造反後，都不願出兵幫助建文帝。其次朱元璋在世時，對功臣的大肆屠殺，導緻建文帝無良将可用，再加上建文帝用人不善，最終使他輸給了朱棣。
朱棣攻破南京城後，并沒有急于進入皇宮去追殺建文帝，而是先去追拿齊泰、黃子澄等人，這個時候皇宮之内燃起了大火，建文帝也在大火燃燒中消失了。建文帝是死是活，沒有人知道，他的下落，也沒有人知道，他的生死也就成了一個曆史謎團，是以他就成了未能埋葬于明十三陵的大明皇帝之一了。
第三位皇帝是明代宗朱祁钰。朱祁钰是明英宗朱祁鎮的弟弟，他本來沒有機會做皇帝，但是祁鎮在二十多歲的時候，由于他的寵臣王振得罪了瓦剌，導緻兩國爆發了戰事，血氣方剛的朱祁鎮在王振的慫恿下決定禦駕親征。他為了打消朝中大臣的顧慮，安排了弟弟朱祁钰替他監國。
朱祁鎮自身沒有打仗才能，王振也是一草囊飯袋，是以二人雖然率領着大明數十萬精銳軍隊，但卻慘敗給了瓦剌，王振被殺，朱祁鎮被俘。大勝明軍後，瓦剌軍隊再接再厲，一直打到了明軍都城，大明為了避免出現亡國之禍，同時也為了避免瓦剌以朱祁鎮為籌碼要挾大明，是以他們扶持朱祁钰做了皇帝。
在朱祁钰的帶領下，大明抵禦住了瓦剌軍隊的進攻。朱祁鎮成了瓦剌的俘虜，但由于敲詐不了大明，瓦剌見無利可圖，而殺了他可能會給自己帶來禍患，是以他們主動放了朱祁鎮。時隔一年後朱祁鎮再次回到大明，一切都發生了天翻地覆的變化，他的皇位成了朱祁钰的皇位，他的臣子也成了朱祁钰的臣子。
朱祁钰害怕朱祁鎮奪取皇位，将他軟禁了起來。
朱祁鎮被朱祁钰軟禁了8年多時間，這期間朱祁钰将自己的兒子改立成了太子，但他的兒子沒多久就病逝了，這使得他病重後沒有人接替他的位置，是以一些投機的大臣乘機将朱祁鎮放了出來，并扶持他重新登上了皇帝。朱祁鎮再次當上皇帝後，就将朱祁钰貶低為了親王，半年後朱祁钰病逝。
朱祁钰的皇帝身份一直不被朱祁鎮承認，再加上他死的時候的身份是親王，而皇位上坐的是朱祁鎮，是以他終被以親王的身份安葬。由于他是以親王身份厚葬的，自然就不會葬入帝王的陵墓明十三陵。