明朝在二百多年的历史中，共诞生了16位皇帝，这16位皇帝中，有13位皇帝埋葬在了明十三陵中，这其中包括明朝的末代皇帝崇祯。虽然崇祯在李自成攻破都城后选择了自杀身亡，但李自成为了安抚城中百姓，给百姓留下一个好印象，所以选择厚葬崇祯，将他埋葬在了明十三陵中。
但明朝的16个皇帝中，有3个皇帝没有葬入明十三陵。
第二位是大明的开国皇帝朱元璋，朱元璋是在南方起义的，他先灭掉南方的张士诚、陈友谅等势力后，然后北上灭掉了元朝。但是虽然元朝灭亡了，北部的蒙古势力依然强大，朱元璋为了避免蒙古的骚然，加上自己的根基在南方，所以他选择在南方的南京建都。
由于都城在南京，朱元璋也一直生活在南京，所以他死后也自然会埋葬在南京的皇陵。朱元璋去世后，朱棣夺取了朱允炆的皇位，但朱棣的封地在北方，他的势力范围也在北方，所以他为了维护自身的皇位，迁都北京，之后明朝的都城一直在北京，后世的明朝皇帝也就会埋葬于北京的皇陵之中。
第二位皇帝是建文帝朱允炆，因为他在朱棣攻破都城后，就此下落不明，找不到他的尸体，也不知道他是死是活，所以自然无法将他葬入明十三陵中。建文帝是大明的第二位皇帝，由于他上台后实行了激进的削藩政策，这引发了燕王朱棣的不满，所以他以清君侧的名义起兵造反，发动了靖难之役。
建文帝是皇帝，朱棣只是一个藩王，综合下来建文帝的实力要远强于朱棣，但由于朱允炆昏招频出，败光了他的优势。首先是他激进的削藩政策，导致诸王都不满他，所以朱棣造反后，都不愿出兵帮助建文帝。其次朱元璋在世时，对功臣的大肆屠杀，导致建文帝无良将可用，再加上建文帝用人不善，最终使他输给了朱棣。
朱棣攻破南京城后，并没有急于进入皇宫去追杀建文帝，而是先去追拿齐泰、黄子澄等人，这个时候皇宫之内燃起了大火，建文帝也在大火燃烧中消失了。建文帝是死是活，没有人知道，他的下落，也没有人知道，他的生死也就成了一个历史谜团，所以他就成了未能埋葬于明十三陵的大明皇帝之一了。
第三位皇帝是明代宗朱祁钰。朱祁钰是明英宗朱祁镇的弟弟，他本来没有机会做皇帝，但是祁镇在二十多岁的时候，由于他的宠臣王振得罪了瓦剌，导致两国爆发了战事，血气方刚的朱祁镇在王振的怂恿下决定御驾亲征。他为了打消朝中大臣的顾虑，安排了弟弟朱祁钰替他监国。
朱祁镇自身没有打仗才能，王振也是一草囊饭袋，所以二人虽然率领着大明数十万精锐军队，但却惨败给了瓦剌，王振被杀，朱祁镇被俘。大胜明军后，瓦剌军队再接再厉，一直打到了明军都城，大明为了避免出现亡国之祸，同时也为了避免瓦剌以朱祁镇为筹码要挟大明，所以他们扶持朱祁钰做了皇帝。
在朱祁钰的带领下，大明抵御住了瓦剌军队的进攻。朱祁镇成了瓦剌的俘虏，但由于敲诈不了大明，瓦剌见无利可图，而杀了他可能会给自己带来祸患，所以他们主动放了朱祁镇。时隔一年后朱祁镇再次回到大明，一切都发生了天翻地覆的变化，他的皇位成了朱祁钰的皇位，他的臣子也成了朱祁钰的臣子。
朱祁钰害怕朱祁镇夺取皇位，将他软禁了起来。
朱祁镇被朱祁钰软禁了8年多时间，这期间朱祁钰将自己的儿子改立成了太子，但他的儿子没多久就病逝了，这使得他病重后没有人接替他的位置，所以一些投机的大臣乘机将朱祁镇放了出来，并扶持他重新登上了皇帝。朱祁镇再次当上皇帝后，就将朱祁钰贬低为了亲王，半年后朱祁钰病逝。
朱祁钰的皇帝身份一直不被朱祁镇承认，再加上他死的时候的身份是亲王，而皇位上坐的是朱祁镇，所以他终被以亲王的身份安葬。由于他是以亲王身份厚葬的，自然就不会葬入帝王的陵墓明十三陵。