InnoDB存儲引擎是開源的，這意味着你可以獲得其源代碼，并檢視内部的具體實作。任何時候，WHY都比WHAT重要。通過研究源代碼，可以更好地了解資料庫是如何工作的，進而知道如何使資料庫更好地為你工作。如果你有一定的程式設計能力，則完全可以對InnoDB存儲引擎進行擴充，開發出新的功能子產品來更好地支援你的資料庫應用。
InnoDB存儲引擎的源代碼被包含在MySQL資料庫的源代碼中，在MySQL的官方網站連結為：http：//www.mysql.com/downloads/mysql/。下載下傳MySQL資料庫的源代碼即可。 這裡有不同作業系統下的源代碼可供下載下傳，一般隻需下載下傳Generic Linux的版本即可。通過MySQL官網首頁的Download連結，可以迅速地找到GA版本的下載下傳。但是，如果想要下載下傳目前正在開發的MySQL版本，可能在官網找了很久都找不到連結。這時，隻要把下載下傳的連結從www換到dev即可：如http：//dev.mysql.com/downloads/mysql，在這裡可以找到開發中的MySQL版本的源代碼了。單擊“Download”下載下傳标簽後可以進入下載下傳頁面。當然，如果你有mysql.com賬戶，可以進行登入。MySQL官方提供了大量的鏡像用來分流下載下傳，你可以根據所在的位置選擇下載下傳速度最快的位址，中國使用者一般可以在“Asia”這裡的鏡像下載下傳。
下載下傳的檔案是tar.gz結尾的檔案，可以通過Linux的tar指令、Windows的WinRAR工具來進行解壓，解壓後得到一個檔案夾，這裡面就包含了MySQL資料庫的所有源代碼。所有存儲引擎的源代碼都被放在storage的檔案夾下，其源代碼結構如圖所示。
可以看到，所有存儲引擎的源代碼都在這裡。檔案夾名一般就是存儲引擎的名稱，如archive、blackhole、csv、fedorated、heap、ibmdb2i、myisam、innobase。從MySQL 5.5版本開始，InnoDB Plugin已經作為預設的InnoDB存儲引擎版本；而在MySQL 5.1的源代碼中，應該可以看到兩個版本的InnoDB存儲引擎源代碼。可以看到有innobase和innodb_plugin兩個檔案夾：innobase檔案夾是舊的InnoDB存儲引擎的源代碼；innodb_plugin檔案夾是InnoDB Plugin存儲引擎的源代碼。如果你想将InnoDB Plugin直接靜态編譯到MySQL資料庫中，那麼需要删除innobase檔案夾，再将innodb_plugin檔案夾重命名為innobase。
進入InnoDB存儲引擎的源代碼檔案夾,可以看到源代碼結構 :
下面介紹一些主要檔案夾内源代碼的具體作用：
btr：B+樹的實作。
buf：緩沖池的實作，包括LRU算法、Flush重新整理算法等。
dict：InnoDB存儲引擎記憶體資料字典的實作。
dyn：InnoDB存儲引擎動态數組的實作。
fil：InnoDB存儲引擎中檔案資料結構以及對于檔案的一些操作。
fsp：你可以了解為file space，即對InnoDB存儲引擎實體檔案的管理，如頁、區、段等。
ha：雜湊演算法的實作。
handler：繼承于MySQL的handler，插件式存儲引擎的實作。
ibuf：插入緩沖的實作。
include：InnoDB将頭檔案（.h，.ic）都統一放在這個檔案夾下。
lock：InnoDB存儲引擎鎖的實作，如S鎖、X鎖以及定義鎖的一系列算法。
log：日志緩沖和重組日志檔案的實作。對重組日志感興趣的，應該好好閱讀該源代碼。
mem：輔助緩沖池的實作，用來申請一些資料結構的記憶體。
mtr：事務的底層實作。
os：封裝一些對于作業系統的操作。
page：頁的實作。
row：對于各種類型行資料的操作。
srv：對于InnoDB存儲引擎參數的設計。
sync：InnoDB存儲引擎互斥量（Mutex）的實作。
thr：InnoDB儲存引擎封裝的可移植的線程庫。
trx：事務的實作。
ut：工具類。
在Windows平台下，可以通過Visual Studion 2003、2005和2008開發工具對MySQL的源代碼進行編譯和調試。在此之前，需要預先安裝如下的工具：
CMake：可以從http：//www.cmake.org下載下傳。
bison：可以從http：//gnuwin32.sourceforge.net/packages/bison.htm下載下傳。
安裝之後，還需要通過configure.js這個指令進行配置：
C：\workdir＞win\configure.js options
option比較重要的選項如下所示。
WITH_INNOBASE_STORAGE_ENGINE：支援InnoDB存儲引擎。
WITH_PARTITION_STORAGE_ENGINE：分區支援。
WITH_ARCHIVE_STORAGE_ENGINE：支援Archive存儲引擎。
WITH_BLACKHOLE_STORAGE_ENGINE：支援Blackhole存儲引擎。
WITH_EXAMPLE_STORAGE_ENGINE：支援Example存儲引擎，這個存儲引擎是展示給開發人員的，你可以從這個存儲引擎開始建構自己的存儲引擎。
WITH_FEDERATED_STORAGE_ENGINE：支援Federated存儲引擎。
WITH_NDBCLUSTER_STORAGE_ENGINE：支援NDB Cluster存儲引擎。
如果隻是比較關心InnoDB存儲引擎，可以這樣進行設定，如圖所示。
之後，可以根據你使用的是Visual Studio 2005還是Visual Studio 2008，在win檔案下運作build-vsx.bat檔案來生成Visual Studio的工程檔案。build-vs8.bat表示Visual Studio 2005，build-vs8_x64.bat表示需要編譯64位的MySQL資料庫。如我們需要在32位的作業系統下使用Visual Studio 2008進行調試工作，則可以使用如下指令：
D：\Project\mysql-5.5.5-m3＞win\build-vs9.bat
這樣就生成了MySQL.sln的工程檔案，打開這個工程檔案并将mysqld這個項目設定為預設的啟動項，就可以進行MySQL的編譯和調試了。
之後的編譯、斷點的設定和調試，與在Visual Studio下操作一般的程式沒有什麼差別。
Linux下的調試，通常使用Eclipse。其他一些類Unix作業系統，如Solaris、FreeBSD、MAC，同樣可以使用Eclipse進行調試。
到http：//www.eclipse.org/downloads/下載下傳并安裝Eclipse IDE for C/C++Developers。
解壓MySQL源代碼到指定目錄，如解壓到/root/workspace/mysql-5.5.5-m3，
運作如下指令産生Make檔案（Eclipse會使用産生的這些Make檔案）：[root mysql-5.5.5-m3]#BUILD/compile-amd64-debug-max-no-ndb-c,BUILD下有很多compile檔案，你可以選擇你所需要的檔案。編譯的平台是64位的Linux系統，并且希望可以進行Debug調試，是以選擇了compile-amd64-debug-max-no-ndb檔案。注意-c選項，這個選項隻生産Make檔案，不進行編譯。
接着打開Eclipse，建立一個C++的項目。給項目取個名稱，如這裡的項目名為mysql_5_5_5，并選擇一個空的項目。選擇Finish按鈕後，可以看到新産生的一個空項目。
之後選擇左邊的Project Explorer，右擊項目mysql_5_5_5，選擇建立檔案夾，将檔案夾/root/workspace/mysql-5.5.5-m3導入工程中。
導入檔案夾後，再右擊項目名mysql_5_5_5，選擇項目屬性，在C/C++Build選項這裡進行設定，需要将Build directory選擇為源代碼所在路徑。 編譯配置完後，程式就會自動開始執行編譯工作了。
上述的這個過程隻是編譯的過程，換句話說，編譯完後就産生了mysqld這樣的執行檔案。如果想要進行調試，還需要在Debug這裡進行如下的配置。 另外如果需要配置一些額外的參數，需要切換到Arguments選項。
之後就可以設定斷點，進行調試工作了，這和一般的程式并沒有什麼不同。