大家都知道在合金系列中《合金彈頭3》可以說是巅峰之作，而合金3結束後，對于下一代的合金系列更是滿懷期待，但是接下來出的《合金彈頭4》和《合金彈頭5》在劇情上并沒有承接三代，導緻很多玩家在劇情上不是很滿意。
于是SNK在2006年釋出了《合金彈頭》系列的第八部作品《合金彈頭6》，這一部的遊戲劇情是承接了《合金彈頭3》中的劇情，吸引了無數玩家。
在六代中還新增了兩名隊員拉爾夫·瓊斯和克拉克·史迪爾，這兩人都是來自同一個傭兵團，還是相識已久的戰友，在加入主角的小隊前還打過格鬥比賽。除了這些合金六也增加了很多特殊武器和載具。
玩過合金6的玩家對這些内容估計都知道，是以這次我們就主要來說一下合金6的劇情。
合金6的情節是在合金3之後，本來主角們扔掉槍械後，本應就結束了，但是一顆來自外太空的隕石砸到了地球上。其實這并不是隕石，而是一艘外星人的飛船，被稱為入侵者也被叫做金星人。是來獵殺火星人的，因為它們得知火星人最厲害的武器火星之根毀滅了，是以入侵者在得知這個消息後就對火星人發動了進攻。
火星人由于沒有了自己的火星之根，對這些入侵者是一點辦法都沒有，無奈的它們隻能再次找到摩登提出合作。但是摩登被火星人坑了那麼多次，怎麼可能再和它們合作呢，于是火星人給了摩登一個不得不合作的理由，那就是如果火星人被消滅了，那麼入侵者會放過地球嗎，摩登一想也是，就答應了合作，幫助火星人複活火星之根。
另一邊正規軍的情報部門一直收到一些難以置信的消息，未知不明飛行物體，外星人，大型生物的目擊情報等等，所幸這裡沒有出現什麼人員的被害報告。不過正規軍害怕這又是摩登和火星人搞出來的，是以就加緊了情報的收集，終于在某天情報部送來了決定性的資訊，那就是摩登的叛軍們在收集兵器并建起了村落，就潛伏在山嶽地帶。但是并沒有發現摩登本人的蹤影，就連這些叛軍收集兵器建村落的目的是什麼也不知道，為了搞清楚這件事的真相，正規軍又把主角小隊派了出去并且還給了他們兩個新的隊員拉爾夫和克拉克。
主角們在集結後就向山區進發了，在這裡主角們首先遇到了叛軍們駕駛着一輛非常先進的挖掘機進行作業，叛軍們看到主角後也是駕駛着挖掘機向主角進行攻擊，不過最後還是倒在了主角們的手中。
擊敗挖掘機後主角們繼續前進，在打敗了一輛大型火箭戰車後，主角們終于見到了摩登還有火星人，果不其然摩登又和火星人搞在了一起，就在這時火星人趁主角們一個不注意就把主角給綁了起來。
正在主角想辦法脫困時，突然來了一群其他的外星生物也就是入侵者把火星人給抓走當口糧吃了，不過這些入侵者并沒有對主角和摩登下手，在抓到火星人後就飛走了。
我們的主角們在詢問完摩登後也把事情給搞清楚了，原來摩登聯合火星人并不是想在地球上搞事情，而是想擊敗這些入侵者，保衛地球的安全。既然事情都弄清楚了，那就聯合起來一起反擊入侵者吧，就這樣主角的小隊、摩根的反叛軍和火星人就一起向入侵者的基地進發了。
說起來也奇怪，正規軍好像對這些事一點也不上心，就派出了主角這一支小隊，剩下的武器什麼的都是反叛軍提供的。這就感覺正規軍是在明目張膽的劃水啊，你們覺得呢？
我們回歸正題，主角一行人在擊敗一個有着人工大腦的大型機器人和海蟲後最終來到了入侵者的隐藏基地，一個地底洞穴。
在這裡他們碰到了正在沉睡的入侵者首領也叫入侵者皇後，隻要把皇後給消滅掉那麼入侵者就可以宣布涼涼了，于是主角們聯合叛軍趁着皇後還沒醒來的時候将其摧毀了。
但是讓誰也沒想到的是，入侵者皇後并沒有死，它出來後直接将裡面所有的叛軍給殺掉了，最後隻剩下主角們和入侵者皇後單挑。最終經過一場艱難的鬥争後，把入侵者皇後給打入了地底。
不過入侵者掉下後發生了爆炸，威力巨大的沖擊波将主角給震了下去。在關鍵時刻摩登駕駛着火星人送給自己的飛船把主角給救了上來。
在這裡再說一下如果在第四關選擇往下走的路線，那麼最後打敗完入侵者皇後之後，是火星之根将主角給救了上來，有着兩個不同的結局。
到了這裡《合金彈頭6》的劇情也就結束了，而且在這一代的合金中戰鬥系統還增加了武器庫可以儲存兩種特殊武器，在操作方式上也新增了武器切換鍵，能讓武器庫裡面的兩種特殊武器進行切換使用。
《合金彈頭6》是SNK時刻三年推出的作品，也是合金系列十周年的紀念作品。而且在畫面和遊戲品質上得到了相當的提升，也讓該作品的口碑有了不錯的反響。