明朝可能是信仰道教的皇帝最多的一朝了，雖然開國皇帝朱元璋曾經當過和尚，更偏愛佛教，但從明成祖朱棣開始情況就變了。傳說在朱棣擊敗建文帝奪得皇位的戰争中數次得到過真武大帝的幫助，比如在扭轉局勢的白溝河之戰中，眼看朱棣就要落敗，突然狂風四起，他适時率精兵乘風縱火，反敗為勝擊潰了李景隆一部。事後他宣稱此乃真武大帝顯靈，自己就是欽定的天子。是以，朱棣坐上皇位後就投桃報李供奉道家神明，還斥巨資大興土木，在道家聖地武當山修了宮觀。
此後的皇帝是一個比一個癡迷道教，尤其是嘉靖和萬曆兩個，他倆整日在皇宮請道士做法、煉丹，修煉長生之術，竟然十幾年不上朝理政，崇祯與他們相比完全是勵精圖治的好皇帝。不過崇祯一開始也很虔誠地信奉道教，到了後面眼看國家逐漸崩潰，他終于心态爆炸，在兩個人的忽悠下開始信奉天主教，這兩個人就是徐光啟、湯若望。
天主教在中國的傳播要從明中期以後算起，在這之前基督教一度在中國流行過，但朱元璋建國之後，禁止了一切“邪教”傳播，甚至連佛教道教都受到限制。明中期以後，随着海禁松弛和海外貿易逐漸繁榮，許多西方傳教士随着商人來到了中國，到了天啟年間，天主教已經在中國發展了大約一萬三千教徒，其中有不少是朝廷高官，崇祯帝身邊自然也有，那就是徐光啟。
徐光啟除了是天主教徒外，還是個科學家，在崇祯時期官至禮部尚書兼東閣大學士。在明清戰事焦灼的情況下，他力請仿制西洋火炮，造出好多門威力巨大的紅夷大炮，此炮一出，當場打得八旗兵哭爹喊娘，連努爾哈赤都在紅夷大炮下吃了敗仗。不僅是造炮，當時欽天監官員測日蝕不準，搞得崇祯帝很生氣，也是徐光啟推薦意大利傳教士龍華民、德國傳教士湯若望等人進宮，改用西洋曆法測算日食、月食，讓崇祯大開眼界，遂令徐光啟監督制定新曆。天主教有這麼多人才，崇祯自然相當倚重，愛屋及烏之下，對天主教也産生了好感。
不過有一個問題，天主教規定信徒隻能信奉天主，不能拜其他偶像，這就與佛教、道教産生了沖突。當時宮中可是有不少佛像，徐光啟、湯若望等人便整天給崇祯洗腦，佛像就是魔鬼，要把宮内供奉諸銅佛像盡行毀碎。據《烈皇小識》記載，天主殿前有一個大青石幢，還有一個大石池，于是崇祯就把許多佛像取來，在幢上撞碎佛頭佛手足，扔到池子裡，邀請諸信徒前來參觀，然後架上爐子把諸佛像全部熔化。
随着崇祯對天主教信仰越來越深，宮裡佛像就越來越少。崇祯十二年（1639），楊嗣昌要外出督師平寇，找崇祯要錢練兵籌饷，這時候朝廷是真沒錢了，怎麼辦？崇祯幹脆一不做二不休，不僅把宮中一些金銀銅器熔掉鑄錢，還把金銀銅佛也一并熔了做軍饷，而剩下無價值的泥佛就撤到宮外，堆在寺院裡。
倒黴的不隻是佛像，在明朝不停地丢城失地，國事日漸艱難情況下，崇祯對道教也失望了，既然不能挽救大明王朝，那要這神明何用？于是崇祯又開始撤毀道教神像。由于玉皇殿中的神像巨大，幾個人上前都推不倒，隻能數人用繩子将神像套住，一起用力拉倒，這尊永樂時期建造的神像在被供奉二百年後又被拉下了神座。
崇祯帝如此踐踏佛教道教，宮中那些信佛、道者雖然明面上不敢多說，但心裡早有不滿，開始暗中搞一些小動作。崇祯十三年（1640），田妃所生的皇五子朱慈煥病重，愛子心切的崇祯帝前去探望，小皇子忽然指着空中說，九蓮菩薩就在那裡站着。九蓮菩薩就是崇祯帝的曾祖母，其在世時在宮中設過九蓮座，是以被稱謂九蓮菩薩。她借皇五子之口開始數落崇祯帝的罪行，比如毀三寶佛、苛求武清侯捐銀助饷，還說如果崇祯帝再不改弦更張，就會“盡傷諸子”。這可謂一出絕戶計，吓得崇祯趕緊把移出宮外的佛像再挪回來，還準備用道号追谥為“孺孝悼靈王玄機慈應真君”，結果禮科給事中李昌趕緊死谏回去，“萬萬不能崇邪教以亵聖号啊”，無奈之下，崇祯把“真君”兩字去掉了，改為“宣顯慈應悼靈王”。
問題是，面對風雨飄搖的局勢和日益破碎的山河，崇祯一心祈求哪位神靈來拯救自己的江山是沒有用的，佛、道、天主的神明終究隻是寄托，隻能讓宮中人心更加浮躁，崇祯末期頻頻流傳出靈異事件原因就是如此。而在供奉神明無用後，他又開始頻繁地更改宮殿名、官職名，或者對大臣動辄打殺，最終使得人心惶惶，加速了明王朝的滅亡。