15世紀至17世紀，在經濟利益和政治利益的雙重驅使下，歐洲的船隊開始遠洋探索，殖民主義與自由貿易随着新航路的開辟而出現。1619年，荷蘭殖民者占領印尼雅加達地區，将其更名為巴達維亞。
因為缺乏勞動力，荷蘭殖民當局在南洋各地誘騙華人遷入，其中很多來自福建、廣東等地的人民。
勇于開拓的天性和勤勞的習慣使得華人在當地迅速發展，經濟地位逐漸鞏固。這種日益增加的影響，被認為是威脅到了殖民者的統治。于是17世紀末，殖民當局先後頒發針對華人的移民禁令。此後日益苛刻，除了當局認為的“有用的人才”，剩下的一概遣返。
到了1740年，制糖業的衰退，華人大量失業，影響到社會穩定。由于警方抓獲的罪犯大多是“烏衫袴之唐人”，殖民當局竟然下令凡是穿黑衣黑褲的華人一律抓起來，流放到錫蘭等地做苦力。
當時有傳言說上船的苦力會被投入大海，這事得到一些從海上逃生的華人的證明。為求自保，不願意坐以待斃的部分華人在黃班等人的帶領下逃往城外，準備自衛。
然而因為叛徒林楚的出賣，10月9日，殖民當局對仍在城内的華人進行了搜捕和屠殺，老弱婦孺亦不能逃脫毒手。屠殺持續一周，單9日至12日短短幾天内，巴達維亞全城内華人被害萬餘，隻有150餘人僥幸逃走，财産損失無法估計。而城外華人終因力量懸殊攻城失敗，不得已退走中爪哇，戰鬥持續到1743年。
《中華民族拓殖南洋史》記載：“……老幼婦孺，皆膏荷人斧钺。血流所被，河水為赤，殺戮至二十二日（農曆）始告停止。死者萬餘人，所謂紅河之役是也。”
也有考據說事發地附近有河名為紅溪，因而又稱“紅溪慘案”。
就連殖民當局，後來也不得不承認“這是巴達維亞城、也許是全世界人類所遭遇的最恐怖的事情”。
慘案發生後，荷蘭政府及殖民者擔心清政府會采取報複行動，影響到荷蘭和中國之間通商經濟利益，于是一面派專使前往中國，一面将當時的荷蘭東印度公司總督AdriaanValckenier撤職下獄。
同時福建總督策楞、提督王郡得到訊息，向乾隆上奏的折子裡有“被害漢人久居番地，自棄王化，今被戕殺多人，事屬可傷，實則孽由自作。”等等言語，顯見在當時的官僚政府中，仍然将華僑視為化外之民。
康熙五十六年（1717年）曾诏谕華僑回國，予以大赦；雍正元年（1723年）也允許百姓出國貿易，但要保證回國，即所謂“寬宥之恩”。既然華僑“自棄王化”，被屠殺就是“孽由自作”。
當時的皇帝、最好标榜文治武功的乾隆，他的态度是什麼呢？
經過漫長的讨論之後，朝廷上下的意見是被害的華僑都是抛棄祖國的罪人，不值得為他們讨還公道。
“既彼土地生，實與番民無異……聖朝無需責備。”“天朝棄民，不惜背祖宗廬墓，出洋謀利，朝廷概不聞問。”意思是，他們活該。
彼時正值所謂的乾隆盛世，應該是有能力保護僑民的。嚣張如荷蘭、西班牙，都對中國有所畏懼。然而清朝既然視華僑為棄民，自然也談不上保護。
實際上，清政府對于兇手，一句譴責的話都沒有。
那時候有兩種意見，一派認為荷蘭人好殺戮，“恐嗣後擾及商船，請禁止南洋商販，俾知畏懼”，請求禁止貿易；反對意見則認為禁止海外貿易影響财政收入——當時的南洋貿易主要由皇帝與大商人勢力壟斷。
諷刺的是，争論雙方隻膠着于禁不禁與荷蘭人的貿易，沒有人關心那一萬多個被殺害的僑民。