在争國本中挫敗的萬曆皇帝受到了深深地傷害，他開始拒絕跟文官溝通、交流，不表揚、不批評、不升遷、也不任命空缺的官職。
退入深宮的萬曆，不知是不是反思了自己的失敗，他改變了政策。萬曆不再走到前台指手畫腳，而是委任内閣來控制處理朝政。這無形之中是強行将内閣放置在了整個文官集團的對立面。
文官集團也自然而然地把攻擊目的轉移到内閣身上，王錫爵與顧憲成的一段對話是這種情況的真實反映。
王錫爵（内閣首輔）：近有怪事，知之乎？内閣所是，外論必以為非。内閣所非，外論必以為是。
顧憲成（吏部郎中）：外間亦有怪事。外論所是，内閣必以為非。外論所非，内閣必以為是。
顧憲成像
萬曆二十一年，雙方的沖突爆發。顧憲成、趙南星借六年一度的京察，向内閣發難，目的就是搞掉王錫爵。然後通過會推，讓自己這一派的人入閣。前朝的吵鬧很快就驚動了萬曆皇帝，他明白文官們的目的，沒有猶豫幹淨利落地把顧憲成、趙南星一黨趕回了家。
這次鬥争也讓王錫爵心有餘悸，因為他知道一旦沒有了皇帝的支援，他根本不可能全身而退。是以他堅決要求緻仕，說白了也是想求自保。這就是内閣大臣們的尴尬，為求自保要麼結黨、要麼得到皇帝支援。結黨則皇帝忌憚要處理，投靠皇帝則被群臣攻擊，皇帝一旦撒手，下場悲慘。
而被迫緻仕的顧憲成自知無望東山再起，但他也不甘于失敗。一番總結之後他覺得這次鬥争失敗的原因是，組織性不好，沒能集中力量。于是他決定通過“結社”成立一個有組織的團體，這就是東林黨。
東林黨一誕生很快就吸納了大量朝廷官僚，朝廷其他官員面對日益強大的東林勢力，為了自保也被迫結黨。浙江籍組成浙黨、湖廣籍組成楚黨、山東籍組成齊黨等等。
至此朝堂的文官們基本都分屬了東林、浙、楚、齊等黨。這幾派互相鬥争，争奪的焦點就是内閣。既然大家所有的精力都投入到了鬥争中，那麼朝政自然得先放一放了，當然怠政這個大鍋得萬曆皇帝去背。
說明：因為黨争很多棘手的跨部門政務就非常難以處理，因為這是天然的鬥争工具。
萬曆二十九年的“妖書案”和三十四年的“梃擊案”，前因後果、是是非非到現在也說不清楚，原因并不是案件有多複雜，是當時的官員們就不想讓案件清楚。案子隻不過是他們鬥争的工具罷了。
不過這兩個案件的目的是很明顯的，就是為了倒閣。而内閣垮台後，誰受益最大？當時内閣中沒有東林的人，你說内閣如果垮台，誰受益最大？
萬曆雖然政治手腕一般，但是他也看得出其中的關聯，東林上台後必然對他進一步的逼淩。是以這兩場政治風波，萬曆都親自出面處理，目的隻有一個，迅速平息風波，并警告群臣不要借此鬧事。
萬曆雖然不能徹底降服文官集團，無法按自己的意願行事，但是保持平衡對他來說還是沒有問題的。他讓浙楚齊三黨進入内閣，然後讓内閣去抗衡東林。整個萬曆朝，東林勢力一直都無法進入内閣。
萬曆四十八年，随着萬曆、泰昌（萬曆兒子朱常洛的年号，他僅在位一個月）在一個月内的相繼駕崩，東林的機會來了。
明光宗 朱常洛 年号泰昌
東林首先利用光宗的暴疾而亡制造“紅丸案”攻擊内閣首輔方從哲。然後又發動“移宮案”，以光宗寵妃李選侍欲效法武則天為由，沖入後宮擡出了朱由校。以此擁立之功，東林控制了内閣，這是第一次的“衆正盈朝”。
紅丸案、移宮案的是是非非如同之前的妖書、梃擊一樣，現在也不太容易說清楚了。這裡我隻想說下“移宮案”裡東林的理由，“李選侍欲垂簾聽政效法武則天”。
皇朝發展到明朝，是特别地講究傳統、祖制的，前有正統年間的張太皇太後明确拒絕垂簾聽政，這就絕了後世皇太後們幹政的路。另一個方面，明朝從開國開始就嚴格限制外戚勢力，皇後、皇太後們的娘家人都隻有爵位而沒有實職，更别提組織勢力了。
李選侍不要說皇後，連貴妃都不是，憑什麼垂簾聽政？垂簾聽政是端坐在簾子後面就能号令天下的麼？如果是，萬曆還費幾十年的時間跟文官們鬥啥子呢？是以這就是東林為了奪權，扯的一個荒唐的理由。至少天啟皇帝看得很清楚。
登基的天啟皇帝朱由校，雖然年輕愛玩，但此時他并不想在後宮心無旁骛地琢磨木工活。他想成為真正的皇帝。實際上他也做到了，他爺爺窮其一生也未實作的意願。
天啟首先利用魏忠賢，将内廷裡偏向東林的太監王安（司禮監掌印太監）拿掉，進而掌控了内廷。但是外廷就沒那麼好搞了。不過東林黨自己給了天啟機會。
東林黨憑借“移宮案”掌控朝堂後，覺得朝廷裡的閑雜人等（非東林）還是太多。于是就揪着三大案（梃擊、紅丸、移宮）不放，開始了對非東林黨人的無差别攻擊。在天啟數次授意解釋下，也不罷手。
這麼下去，要不了多久整個朝堂就要被東林黨人完全控制。到時候他們是讓天子做傀儡還是輔佐天子成為明君，我想天啟是有認真想過的。
明熹宗 朱由校 年号天啟
意識到形勢不對的天啟授意魏忠賢，對付東林黨人。有人會說天啟是被魏忠賢蠱惑了，這也太高看魏忠賢的能力了。天啟對自己的老師孫承宗是相當尊敬和信任的（九千歲從來不敢在天啟面前說一句诋毀孫承宗的話），而孫承宗就是鐵杆的東林黨人。如果天啟真的是被魏忠賢蠱惑了，孫老師隻需要教育一番，魏忠賢就人頭落地了。
說明：天啟和孫承宗的關系從他對孫承宗的稱呼就可以看出，天啟登基後也沒有改變過對孫承宗的專有稱謂“吾師”。
說到太監，大家都會想到唐朝、明朝，因為這兩朝都權閹輩出的時代。同時不少人也疑惑為啥都是權閹，唐朝的能廢立皇帝，明朝的皇帝一個紙條就能搞定權閹？
這個問題實際不複雜，我們想想太監的權勢從哪裡來的就知道了。太監的權勢來源于皇帝，太監如果想壓制皇帝和朝廷的話，必須權力大于皇帝加文官集團。
唐朝太監厲害，是因為朝廷式微已經無法控制地方（被節度使控制）擷取支援，是以代替皇帝掌控禁軍的太監們就擁有了壓倒性的優勢，文官集團沒有反抗的能力。
而明朝地方大權還是被朝廷牢牢控制着，隻能控制京師的太監憑什麼控制朝廷呢？就算是挾持了皇帝又能如何？文官們難道還怕太監撕票不成？也先不是挾持了英宗還帶着數萬大軍麼？
領會聖意的魏忠賢就把被東林黨打得丢盔棄甲的非東林人士（主要是浙、楚、齊三黨）組織起來成立了閹黨，在擷取皇權加持後力量的對比就發生了變化，很快朝堂的東林人士就被清除幹淨。
實際閹黨并算不上一個正規的組織，他隻不過是非東林人士的一個松散聯盟。缺乏凝聚力，沒有統一的綱領，當共同的威脅消失後就會一盤散沙。但是這些缺點，在天啟眼中全是優點。
使用了正确的方法，比當年萬曆更加年輕的天啟就輕松地控制了整個朝堂。
朝廷暫時安靜了下來，此時的狀況有些類似嘉靖那個年代。内閣成了各派代表的聚會地，各派互相之間暗自角力，以博取聖眷。隻不過天啟不願意直接操弄文臣，而是把提繩放在自己的奴才魏忠賢手裡，自己去玩木工去了。
天啟的弟弟卻看不慣他哥哥的做法。天啟七年，22歲的天啟駕崩，信王朱由檢登基，改元崇祯。和嘉靖一樣以外藩的身份繼位，也自然染上和嘉靖一樣的性格猜忌、刻薄，但是他卻沒有嘉靖的聰明和理智。
崇祯首先就懷疑魏忠賢要謀害他自立或者另立皇帝，如果九千歲真有這個理想，在天啟将要駕崩時，就會“安排”朱由檢暴疾而亡或者不忍兄長寂寞，追随而去了。
其實崇祯就算是懷疑也無所謂，換人就行了，召回東林黨人也無所謂，畢竟一朝天子一朝臣。但是崇祯不該破壞平衡，他要把閹黨一網打盡。
事情的發展比崇祯預期得還要順利，首先九千歲根本就沒有能力去廢立皇帝，他正在祈求新皇帝眷顧（或者開恩給他一個養老機會）。其次九千歲的孝子孝孫們意識到新皇帝要換人，紛紛站出來要大義滅親（這也再次證明閹黨就不是一個黨），孤家寡人的九千歲很快就被崇祯賜死。
閹黨的快速瓦解，再次證明明朝的權閹在皇帝面前真的什麼也不是。回歸後的東林也順着崇祯的意思，開始對朝堂裡的閹黨開始大清洗。東林黨人紛紛還朝入閣，大明迎來了第二次“衆正盈朝”。
然而“衆正盈朝”的朝廷并未能如崇祯想象得那樣，煥然一新、蒸蒸日上，反而一派蕭條。為什麼會這樣？首先東林黨上台後以“與民争利”為由，取消了天啟朝下派的商稅、礦稅，讓朝廷的歲入銳減（後為了支付軍費在遼饷基礎上又加征剿饷、練饷，不過這三饷都是針對農戶的）。
其次對閹黨的大肆清洗，讓大量精于政務的官吏被問罪、斥退。短時間内朝廷沒有對應的人力儲備來替補，而且填補上的大多都是隻精于“理想”的東林人士。這樣就導緻朝廷政務處理的效率、成效大減。
說明：關于官僚的清洗舉個例子，當時薊遼督師王之臣下課的主要原因就是他是閹黨成員。這還沒完，滿桂是他的下屬，也被歸為閹黨，一并下課（在中軍都督府挂一個中軍佥書的閑職）。滿桂就是這麼離開遼東的。
而且清理完閹黨之後，新沖突也迅速爆發。崇祯即位的第二年，崇祯計劃增加内閣人手，崇祯心裡有屬意的人選，比如周廷儒（崇祯還跟吏部打過招呼）。結果朝廷會推在錢謙益的運作下入選名單的全是東林黨人。看着名單崇祯應該是有些明白，天啟為什麼要那麼嚴厲地打擊東林黨人。
于是東林黨受到了崇祯朝的第一次打擊，錢謙益免職返鄉，幾位東林黨人被降職。非東林黨的溫體仁、周延儒入閣。但是東林黨人就沒有和非東林黨合作的可能，黨争已不可避免。東林黨對溫體仁、周延儒二人發起了全方位的攻擊。
東林黨人政務不行、鬥争也不行。溫、周二人利用“己已之變”将東林黨拖下水。罪名就是袁崇煥殺毛文龍、私下議和是事先與内閣韓爌、李标、錢龍錫，兵部尚書王洽商議過的。
崇祯上任後就勵精圖治，希望能中興大明。然而登基沒多久就被後金打到北京城下，這對崇祯來說無異于莫大的諷刺。加之其性格的猜忌、刻薄，面對失敗以及東林黨人不怎麼合用、隻會空談的現實，崇祯自然将失敗的責任全部歸咎于東林黨。
崇祯就起了将東林黨全部罷斥的想法。剛愎、偏激的性格加上溫、周二人的挑撥，崇祯失去了冷靜，殘忍地處死了袁崇煥（斬首即可，卻千刀萬剮），錢龍錫、王洽下獄，韓爌、李标緻仕，罷黜了東林内閣，朝中的東林人士也大量被斥退。
從天啟即位到崇祯二年，十年不到的時間裡大明的朝堂經曆了四次大清洗，殘酷的鬥争，讓官員們個個噤若寒蟬，一門心思想着自保；清洗也導緻朝廷嚴重缺乏業務官僚，政務積壓嚴重。
這些回報出來就是朝廷的行政效率銳減，很多政策執行不了或者執行之後沒有效果。而剛愎的崇祯卻認為全是官員們的問題，動辄罷斥、處死。這就陷入了官員們更不敢做事，政務積壓更嚴重的惡性循環中。
朝廷已然僵化，加之此時軍事、經濟的雙重失敗，大明皇朝走到了終焉。崇祯十七年三月十九日，崇祯令皇後、嫔妃自盡，殺女兒們後于景山自缢，大明皇朝宣告終結。
說明：崇祯在自缢前，令成國公朱純臣護衛他的三個兒子（太子朱慈烺、永王朱慈炯和定王朱慈煥）南下南京。但是不幸的是出城之後他們也就沒有了消息。