在争国本中挫败的万历皇帝受到了深深地伤害，他开始拒绝跟文官沟通、交流，不表扬、不批评、不升迁、也不任命空缺的官职。
退入深宫的万历，不知是不是反思了自己的失败，他改变了策略。万历不再走到前台指手画脚，而是委任内阁来控制处理朝政。这无形之中是强行将内阁放置在了整个文官集团的对立面。
文官集团也自然而然地把攻击目的转移到内阁身上，王锡爵与顾宪成的一段对话是这种情况的真实反映。
王锡爵（内阁首辅）：近有怪事，知之乎？内阁所是，外论必以为非。内阁所非，外论必以为是。
顾宪成（吏部郎中）：外间亦有怪事。外论所是，内阁必以为非。外论所非，内阁必以为是。
顾宪成像
万历二十一年，双方的矛盾爆发。顾宪成、赵南星借六年一度的京察，向内阁发难，目的就是搞掉王锡爵。然后通过会推，让自己这一派的人入阁。前朝的吵闹很快就惊动了万历皇帝，他明白文官们的目的，没有犹豫干净利落地把顾宪成、赵南星一党赶回了家。
这次斗争也让王锡爵心有余悸，因为他知道一旦没有了皇帝的支持，他根本不可能全身而退。所以他坚决要求致仕，说白了也是想求自保。这就是内阁大臣们的尴尬，为求自保要么结党、要么得到皇帝支持。结党则皇帝忌惮要处理，投靠皇帝则被群臣攻击，皇帝一旦撒手，下场悲惨。
而被迫致仕的顾宪成自知无望东山再起，但他也不甘于失败。一番总结之后他觉得这次斗争失败的原因是，组织性不好，没能集中力量。于是他决定通过“结社”成立一个有组织的团体，这就是东林党。
东林党一诞生很快就吸纳了大量朝廷官僚，朝廷其他官员面对日益强大的东林势力，为了自保也被迫结党。浙江籍组成浙党、湖广籍组成楚党、山东籍组成齐党等等。
至此朝堂的文官们基本都分属了东林、浙、楚、齐等党。这几派互相斗争，争夺的焦点就是内阁。既然大家所有的精力都投入到了斗争中，那么朝政自然得先放一放了，当然怠政这个大锅得万历皇帝去背。
说明：因为党争很多棘手的跨部门政务就非常难以处理，因为这是天然的斗争工具。
万历二十九年的“妖书案”和三十四年的“梃击案”，前因后果、是是非非到现在也说不清楚，原因并不是案件有多复杂，是当时的官员们就不想让案件清楚。案子只不过是他们斗争的工具罢了。
不过这两个案件的目的是很明显的，就是为了倒阁。而内阁垮台后，谁受益最大？当时内阁中没有东林的人，你说内阁如果垮台，谁受益最大？
万历虽然政治手腕一般，但是他也看得出其中的关联，东林上台后必然对他进一步的逼凌。所以这两场政治风波，万历都亲自出面处理，目的只有一个，迅速平息风波，并警告群臣不要借此闹事。
万历虽然不能彻底降服文官集团，无法按自己的意愿行事，但是保持平衡对他来说还是没有问题的。他让浙楚齐三党进入内阁，然后让内阁去抗衡东林。整个万历朝，东林势力一直都无法进入内阁。
万历四十八年，随着万历、泰昌（万历儿子朱常洛的年号，他仅在位一个月）在一个月内的相继驾崩，东林的机会来了。
明光宗 朱常洛 年号泰昌
东林首先利用光宗的暴疾而亡制造“红丸案”攻击内阁首辅方从哲。然后又发动“移宫案”，以光宗宠妃李选侍欲效法武则天为由，冲入后宫抬出了朱由校。以此拥立之功，东林控制了内阁，这是第一次的“众正盈朝”。
红丸案、移宫案的是是非非如同之前的妖书、梃击一样，现在也不太容易说清楚了。这里我只想说下“移宫案”里东林的理由，“李选侍欲垂帘听政效法武则天”。
皇朝发展到明朝，是特别地讲究传统、祖制的，前有正统年间的张太皇太后明确拒绝垂帘听政，这就绝了后世皇太后们干政的路。另一个方面，明朝从开国开始就严格限制外戚势力，皇后、皇太后们的娘家人都只有爵位而没有实职，更别提组织势力了。
李选侍不要说皇后，连贵妃都不是，凭什么垂帘听政？垂帘听政是端坐在帘子后面就能号令天下的么？如果是，万历还费几十年的时间跟文官们斗啥子呢？所以这就是东林为了夺权，扯的一个荒唐的理由。至少天启皇帝看得很清楚。
登基的天启皇帝朱由校，虽然年轻爱玩，但此时他并不想在后宫心无旁骛地琢磨木工活。他想成为真正的皇帝。实际上他也做到了，他爷爷穷其一生也未实现的意愿。
天启首先利用魏忠贤，将内廷里偏向东林的太监王安（司礼监掌印太监）拿掉，从而掌控了内廷。但是外廷就没那么好搞了。不过东林党自己给了天启机会。
东林党凭借“移宫案”掌控朝堂后，觉得朝廷里的闲杂人等（非东林）还是太多。于是就揪着三大案（梃击、红丸、移宫）不放，开始了对非东林党人的无差别攻击。在天启数次授意解释下，也不罢手。
这么下去，要不了多久整个朝堂就要被东林党人完全控制。到时候他们是让天子做傀儡还是辅佐天子成为明君，我想天启是有认真想过的。
明熹宗 朱由校 年号天启
意识到形势不对的天启授意魏忠贤，对付东林党人。有人会说天启是被魏忠贤蛊惑了，这也太高看魏忠贤的能力了。天启对自己的老师孙承宗是相当尊敬和信任的（九千岁从来不敢在天启面前说一句诋毁孙承宗的话），而孙承宗就是铁杆的东林党人。如果天启真的是被魏忠贤蛊惑了，孙老师只需要教育一番，魏忠贤就人头落地了。
说明：天启和孙承宗的关系从他对孙承宗的称呼就可以看出，天启登基后也没有改变过对孙承宗的专有称谓“吾师”。
说到太监，大家都会想到唐朝、明朝，因为这两朝都权阉辈出的时代。同时不少人也疑惑为啥都是权阉，唐朝的能废立皇帝，明朝的皇帝一个纸条就能搞定权阉？
这个问题实际不复杂，我们想想太监的权势从哪里来的就知道了。太监的权势来源于皇帝，太监如果想压制皇帝和朝廷的话，必须权力大于皇帝加文官集团。
唐朝太监厉害，是因为朝廷式微已经无法控制地方（被节度使控制）获取支持，所以代替皇帝掌控禁军的太监们就拥有了压倒性的优势，文官集团没有反抗的能力。
而明朝地方大权还是被朝廷牢牢控制着，只能控制京师的太监凭什么控制朝廷呢？就算是挟持了皇帝又能如何？文官们难道还怕太监撕票不成？也先不是挟持了英宗还带着数万大军么？
领会圣意的魏忠贤就把被东林党打得丢盔弃甲的非东林人士（主要是浙、楚、齐三党）组织起来成立了阉党，在获取皇权加持后力量的对比就发生了变化，很快朝堂的东林人士就被清除干净。
实际阉党并算不上一个正规的组织，他只不过是非东林人士的一个松散联盟。缺乏凝聚力，没有统一的纲领，当共同的威胁消失后就会一盘散沙。但是这些缺点，在天启眼中全是优点。
使用了正确的方法，比当年万历更加年轻的天启就轻松地控制了整个朝堂。
朝廷暂时安静了下来，此时的状况有些类似嘉靖那个年代。内阁成了各派代表的聚会地，各派互相之间暗自角力，以博取圣眷。只不过天启不愿意直接操弄文臣，而是把提绳放在自己的奴才魏忠贤手里，自己去玩木工去了。
天启的弟弟却看不惯他哥哥的做法。天启七年，22岁的天启驾崩，信王朱由检登基，改元崇祯。和嘉靖一样以外藩的身份继位，也自然染上和嘉靖一样的性格猜忌、刻薄，但是他却没有嘉靖的聪明和理智。
崇祯首先就怀疑魏忠贤要谋害他自立或者另立皇帝，如果九千岁真有这个理想，在天启将要驾崩时，就会“安排”朱由检暴疾而亡或者不忍兄长寂寞，追随而去了。
其实崇祯就算是怀疑也无所谓，换人就行了，召回东林党人也无所谓，毕竟一朝天子一朝臣。但是崇祯不该破坏平衡，他要把阉党一网打尽。
事情的发展比崇祯预期得还要顺利，首先九千岁根本就没有能力去废立皇帝，他正在祈求新皇帝眷顾（或者开恩给他一个养老机会）。其次九千岁的孝子孝孙们意识到新皇帝要换人，纷纷站出来要大义灭亲（这也再次证明阉党就不是一个党），孤家寡人的九千岁很快就被崇祯赐死。
阉党的快速瓦解，再次证明明朝的权阉在皇帝面前真的什么也不是。回归后的东林也顺着崇祯的意思，开始对朝堂里的阉党开始大清洗。东林党人纷纷还朝入阁，大明迎来了第二次“众正盈朝”。
然而“众正盈朝”的朝廷并未能如崇祯想象得那样，焕然一新、蒸蒸日上，反而一派萧条。为什么会这样？首先东林党上台后以“与民争利”为由，取消了天启朝下派的商税、矿税，让朝廷的岁入锐减（后为了支付军费在辽饷基础上又加征剿饷、练饷，不过这三饷都是针对农户的）。
其次对阉党的大肆清洗，让大量精于政务的官吏被问罪、斥退。短时间内朝廷没有对应的人力储备来替补，而且填补上的大多都是只精于“理想”的东林人士。这样就导致朝廷政务处理的效率、成效大减。
说明：关于官僚的清洗举个例子，当时蓟辽督师王之臣下课的主要原因就是他是阉党成员。这还没完，满桂是他的下属，也被归为阉党，一并下课（在中军都督府挂一个中军佥书的闲职）。满桂就是这么离开辽东的。
而且清理完阉党之后，新冲突也迅速爆发。崇祯即位的第二年，崇祯计划增加内阁人手，崇祯心里有属意的人选，比如周廷儒（崇祯还跟吏部打过招呼）。结果朝廷会推在钱谦益的运作下入选名单的全是东林党人。看着名单崇祯应该是有些明白，天启为什么要那么严厉地打击东林党人。
于是东林党受到了崇祯朝的第一次打击，钱谦益免职返乡，几位东林党人被降职。非东林党的温体仁、周延儒入阁。但是东林党人就没有和非东林党合作的可能，党争已不可避免。东林党对温体仁、周延儒二人发起了全方位的攻击。
东林党人政务不行、斗争也不行。温、周二人利用“己已之变”将东林党拖下水。罪名就是袁崇焕杀毛文龙、私下议和是事先与内阁韩爌、李标、钱龙锡，兵部尚书王洽商议过的。
崇祯上任后就励精图治，希望能中兴大明。然而登基没多久就被后金打到北京城下，这对崇祯来说无异于莫大的讽刺。加之其性格的猜忌、刻薄，面对失败以及东林党人不怎么合用、只会空谈的现实，崇祯自然将失败的责任全部归咎于东林党。
崇祯就起了将东林党全部罢斥的想法。刚愎、偏激的性格加上温、周二人的挑拨，崇祯失去了冷静，残忍地处死了袁崇焕（斩首即可，却千刀万剐），钱龙锡、王洽下狱，韩爌、李标致仕，罢黜了东林内阁，朝中的东林人士也大量被斥退。
从天启即位到崇祯二年，十年不到的时间里大明的朝堂经历了四次大清洗，残酷的斗争，让官员们个个噤若寒蝉，一门心思想着自保；清洗也导致朝廷严重缺乏业务官僚，政务积压严重。
这些反馈出来就是朝廷的行政效率锐减，很多政策执行不了或者执行之后没有效果。而刚愎的崇祯却认为全是官员们的问题，动辄罢斥、处死。这就陷入了官员们更不敢做事，政务积压更严重的恶性循环中。
朝廷已然僵化，加之此时军事、经济的双重失败，大明皇朝走到了终焉。崇祯十七年三月十九日，崇祯令皇后、嫔妃自尽，杀女儿们后于景山自缢，大明皇朝宣告终结。
说明：崇祯在自缢前，令成国公朱纯臣护卫他的三个儿子（太子朱慈烺、永王朱慈炯和定王朱慈焕）南下南京。但是不幸的是出城之后他们也就没有了消息。