在給使用者推薦虛拟桌面時，往往會介紹到應用程式的部署、管理問題。而針對不同的提供商都有不同的解決方法：
CITRIX:
直接植入虛拟桌面OS Base Image之中（适合通用軟體類）
Citrix XenApp:應用程式動态傳遞
優點：
1、可動态按使用者需求傳遞應用，
傳遞方式：1、應用共享方式（占用伺服器資源）
2、脫機（流）應用方式（可選占用用戶端、伺服器資源,其實還是依賴OS層）
3、VM模式（把應用安裝于VMs之上，并把桌面傳遞，類似虛拟桌面，從來沒有用過此方案）
2、可保證資料高安全性
3、保證應用程式與後端伺服器高速連接配接
4、跨平台通路支援
不足之處：
1、伺服器資源成本提高（實體、虛拟伺服器）
2、管理及維護成本提高
3、依賴于終端服務，且許可及軟體本身成本
4、部署、管理複雜度較高
5、某些特殊應用程式支援有限
VMWARE：
VMware ThinApp:應用程式動态傳遞
1、可動态按使用者需求傳遞應用
傳遞方式：1、脫機、完全與OS隔離（流）應用方式，僅占用用戶端資源。
2、可保證資料高安全性（借助虛拟桌面資料安全控制）
3、保證應用程式與後端伺服器高速連接配接（借助虛拟桌面與後端伺服器的高速連接配接）
4、跨平台通路支援（借助虛拟桌面對用戶端平台的支援）
5、易部署及管理
6、無需額外高配伺服器資源
7、無需終端服務許可及軟體本身成本
8、可把打包好應用程式運作在USB存儲之上
1、某些特殊應用程式支援有限