在上個世紀的第一年即農曆庚子年，英俄德法日美奧意等八國組成聯軍以鎮壓義和團之名行瓜分與掠奪中國之實。八國聯軍的暴行和庚子賠款使本已多災多難的中國在世紀之交再一次遭受沉重打擊，社會發展嚴重滞後，加大了與世界先進文明之間的距離。
由于1894年清朝甲午戰争戰敗，與日本簽訂《馬關條約》，除了巨額賠款，更向日本開放通航通商，各國工業品、傳教士借機大量湧入，對中國傳統的手工經濟形成沖擊。1897年11月1日山東省曹州府钜野縣發生曹州教案，雖未查明兇手，但1897年11月14日德軍借此強占膠州灣，俄羅斯、英國、法國和日本等列強亦随即武裝争奪殖民地，驅逐當地清朝官員并大肆傳播中國基督教以鞏固殖民地，清政府未能作出有效反制。
義和團最初是發源于山東的民間秘密組織，活躍于山東、直隸（今河北）一帶，帶有迷信色彩，相信降神附體、刀槍不入。它的活動方式是設立神壇拳廠，通過練習拳棒、傳授武藝、散發傳單等形式組織群衆，進行反清活動，并逐漸發展壯大。
1898年梅花拳拳師趙三多首次提出“扶清滅洋”的口号。1899年10月17日，朱紅燈率團民在山東省西北的平原縣發生民教沖突，平原知縣蔣楷前去彈壓，18日在森羅殿與前來彈壓的清軍七百人交戰，激戰數小時，擊斃擊傷清軍十餘人，民團首次開始自稱為“義和團”。在義和團興起的過程中，曾提出“扶清滅洋”口号，
如何對待“義和團”，清政府曾存在兩種意見，慈禧太後曾“連召王大臣等入見，咨衆論”。“持戰議甚堅”者以總理各國事務衙門的載漪為首，且人數衆多；持反對者有吏部侍郎許景澄、太常寺卿袁昶等人，他們認為“釁不可開，殺使臣，悖公法”。
清廷自鴉片戰争戰敗之後，在多次對外戰争中又接連失利，屢屢割地賠款，列強紛在中國強租港灣、劃分勢力範圍，為此慈禧太後的憤怒情緒日漸增長。
掌握大權的慈禧太後一改過去對洋務運動與戊戌變法的開放态度，信任閉塞愚昧的守舊大臣，竟聽信毓賢之言，相信團民能“神靈附體”、“刀槍不入”、“槍炮不傷”，欲借助義和團之力排外；她派軍機大臣剛毅往涿州視察，剛毅回奏稱：“天降義和團，以滅洋人”。這些落後因素為清政府控制和利用義和團提供了條件。在部分朝廷親貴支援下，義和團開始以“扶清滅洋”為口号，盲目排外，對洋人、洋教、輪船、鐵路等統統排斥。随後又大舉進京勤王，到處殺害外國人及中國的基督徒，燒教堂、拆電線、毀鐵路，搗毀一切外國來的東西，對任何使用“洋物”的中國人都冠以“二鬼子”的稱呼，抓住就殺，表達對外國侵略者的憤怒，打擊西方列強在華的氣焰。
到了1900年夏，随着中國的半殖民地化和民族危機的加深，義和團逐漸把矛頭指向外來侵略者，勢力擴充至華北、東北各省，已經控制了京津地區。東交民巷的各國大使館多次要求“加強保護使館”，并借此要求在北京駐軍。清廷要求各使館人員暫離京回避，各國不允。義和團及官軍（主要為榮祿手下之甘軍）開始圍攻使館區，使館對外通訊斷絕。日本駐清使館書記杉山彬被剛調入京的清兵甘軍所殺，開腹剖心并遭馬蹄踏屍。德駐華公使克林德代表各國去清廷總理府衙門要求保護使館區的情況下途中被清軍神機營軍官恩海伏擊殺死。
眼見清政府無法控制局勢，西方列強決定派兵鎮壓。6月10日，英、俄、德、法、日、美、奧、意等八國軍隊，在天津組織了一支2,000多人、由英國海軍中将西摩爾擔任司令的聯軍，準備沿京津鐵路，經廊坊進攻北京。
西摩爾曾參加第二次鴉片戰争，看不起中國軍隊的戰鬥力，加之聯軍中不少人認為從天津到北京有鐵路之便，對一支擁有槍炮的軍隊來說，很難遇到抵抗。西摩爾甚至對部下說：“這是一趟十分順利的行軍，當天晚上就可以到達北京，與北京公使共進晚餐。”然而，義和團破壞沿線鐵路，并在廊坊一帶伏擊，八國聯軍死傷多人，被迫撤回天津，暫停由鐵路進犯北京。
随後，列強艦隊在付出慘重代價後攻占大沽口炮台并進犯天津。與此同時，慈禧太後在聽到“密報”稱列強“勒令皇太後歸政”消息後，立即于6月21日，以光緒帝的名義公布《宣戰诏書》，号召全國軍民抵抗英國、美利堅、法蘭西、德意志、意大利、日本、俄國、奧匈帝國、西班牙、比利時、荷蘭等十一國。同時，還懸賞捕殺洋人：“殺一洋人賞五十兩、洋婦四十兩、洋孩三十兩”。宣戰诏書曰：“與其苟且圖存，贻羞萬古；孰若大張撻伐，一決雌雄。”
八國聯軍7月14日破天津，直隸總督裕祿兵敗自殺。11日破張家灣防線，主帥李秉衡自殺；8月15日，八國聯軍攻進北京。15日淩晨，慈禧太後、光緒皇帝率部分親貴大臣倉促逃離北京，先逃至懷來縣，又輾轉逃亡至大同、太原，最後來到西安；在西安，太後以皇帝名義下诏罪己，召慶親王奕劻和兩廣總督李鴻章與聯軍議和。途徑太原逃到西安。在逃亡途中，慈禧下令剿殺義和團，并請求八國聯軍“助剿”，義和團最終覆滅。
八國聯軍攻占北京後，便撕下文明的面具，對義和團及抵抗的清軍進行了殘酷的報複與屠殺，并特許軍隊公開搶劫三日，其後更繼以私人搶動，大規模的燒殺、擄掠和奸淫活動，緻使北京城遭到了空前的摧殘和蹂躏。偌大的北京城，成為八國聯軍燒殺掠奪的樂園。搶劫活動一直持續到八國聯軍撤出北京才停止，長達一年之多。
經過八國聯軍大規模的搶劫，北京自元明以來之積蓄，上自典章文物，下至國寶奇珍，掃地遂盡，所失已數十萬萬不止，“其詳數将永遠不能查出，但為數必極重大無疑。”
以撰寫世界遊記而著稱的貝野·羅蒂，在北京淪陷兩個月後奉命前來為《費加羅報》報道中國見聞。他走進了北京城，眼前出現的仍是一片廢墟：“幾個褴褛的乞丐，戰栗在藍色的破衣之下；幾條瘦狗，食着死屍，如我們在路上領教過的一樣……經炮彈、機關槍光臨過的北京，留下的僅有頹垣敗瓦而已……一切皆頹坍了，但歐洲人的國旗，飄揚在各處牆上。”他來到天壇，“這個往昔莊嚴肅穆的地方，現在任由野蠻人的馬隊馳騁。英國人派的攻打中國的上萬名印度兵，在那裡紮營。他們的馬，蹂躏着一切。草地上全是馬糞。一個大理石的香爐，往昔是祭神時燒香用的，現在被英國人當作燒瘟牛之處……”他對此感慨地說，這是“北京的末日”。
此後聯軍陸續增兵至十萬，由京津出兵，分攻山海關、保定、正定等地，甚至進入山西境内。同時，俄國單獨調集步兵、騎兵十七萬，分六路進占南滿洲，企圖并吞東三省。
翌年（1901年）正月，清廷懲治“拳亂”罪首：端親王載漪、輔國公載瀾發配新疆；莊親王載勳、右都禦史英年、刑部尚書趙舒翹等人勒令自盡；時任山西巡撫毓賢、禮部尚書啟秀等人處斬。四月，派醇親王載沣任頭等專使大臣，赴德謝罪；同時改“總理各國事務衙門”為“外務部”。
1901年9月7日，清政府被迫簽訂《辛醜條約》，這個條約是中國近代史上賠款數額最大、主權喪失最嚴重的不平等條約，從此，中國完全陷入半殖民地半封疆社會的深淵。慈禧太後對列強沒有把她作為“禍首”來懲辦，感激涕零，保證今後要“量中華之物力，結與國之歡心”。
《辛醜條約》規定，中國須賠款白銀4.5億兩白銀，分39年還清，年息4厘，本息折合9.8億兩以上，以海關稅、部分地區的常關稅和鹽稅作抵押，史稱庚子賠款。從此清政府的财政自主權與經濟發展受到最嚴重的侵蝕，而列強不僅趁機大發利市，還靠截留關稅鹽稅要挾中國内政。得款最多的俄羅斯，其外交部長拉姆斯多夫公開宣稱這是曆史上少有的最夠本的戰争。