1795年，美國與英國就西班牙在北美的領土問題達成多項協定，在接下來的許多年中一直在發揮作用。然而，美國一些更有遠見的人并不滿足現狀。他們正在等待時機，以獲得更穩定的立足之地。早在1790年，美國就懷疑法蘭西王國可能占領墨西哥灣。那時傑斐遜正想方設法讓法蘭西王國幫助美國對抗西班牙，很擔心法蘭西王國洩露了自己的計劃。
傑斐遜（本圖為修複圖，禁止轉載）
傑斐遜說：“莫斯蒂伯爵埃倫·弗朗索瓦·埃利在美國表明，法蘭西王國會在美洲建立殖民地，直接将此事告訴了密西西比河沿岸的群眾，而且将密西西比河沿岸擷取的大量資訊提供給了法王路易十六。”該計劃被擱置了好幾年。直到1800年初，法蘭西共和國在美洲建立殖民地的傳言才在群眾中傳播，但沒有造成大騷亂。
路易十六（本圖為修複圖，禁止轉載）
1800年10月1日，西班牙将路易斯安那割讓給法蘭西共和國。這時美國駐倫敦、巴黎和馬德裡的公使才接到總統訓令，要盡量防止西班牙将領地割讓給法蘭西共和國。西班牙割讓路易斯安那給法蘭西共和國的條約早已簽定，一切為時已晚。該條約簽定後一直沒有對外公布，直到1802年春天，美國人才知道事情的真相。傑斐遜當時非常懊惱，因為他最清楚該地區對美國有多重要。原本屬于弱國的這塊風水寶地轉眼到了強國手中，傑斐遜有點兒寝食難安。
如果抛開總統身份，僅從個人的角度出發，傑斐遜大可不必如此躊躇滿志，并且可以避免聯邦主義者的猜疑和尖刻的指責。聯邦主義者說，傑斐遜更熱愛的是法蘭西共和國而不是美國。可是權衡兩國群眾之間的利益，想到以後兩國可能産生的沖突，傑斐遜純粹的愛國之情頓時顯現出來，對法蘭西人的同情瞬間化為無奈的遺憾。從國家利益考慮，法蘭西共和國已從“故友”變成“宿敵”。1802年4月18日，傑斐遜寫信給駐巴黎的羅伯特·R.利文斯頓說：
西班牙割讓路易斯安那和佛羅裡達給法蘭西共和國，對美國影響很大。國務卿已寫信向你詳細說明了該問題。我覺得此事關系重大，不禁向你再次提起，因為它使美國所有的政治關系發生了逆轉……普天之下隻有一個地方，誰擁有它誰就扼住了我們的咽喉，就是我們的宿敵，這個地方就是新奧爾良。法蘭西共和國和美國對這裡都很敏感，難以長期保持友好關系……如果法蘭西共和國占領新奧爾良，一切将不可挽回。我們現在要将目光放長遠一點，提前做出安排。法蘭西共和國占領新奧爾良之日，就是我們與英國聯合之時。英美兩國倘若聯手，其艦隊便可控制整個大西洋。
傑斐遜自願向英國抛出橄榄枝，别人聽來都不敢相信自己的耳朵。多少年來，傑斐遜都認為與英國交好是難以容忍的事情。傑斐遜十分認真地對待此事。他的信寫得情真意切，顯然是心潮澎湃時所寫。傑斐遜總能在失望中找到樂觀之處，在憤怒之時也不乏老練。他說：“盡管我們曾表明無意冒犯法蘭西共和國，也不會對他們造成威脅，但法蘭西督政府如果看出我們想與英國交好，後果難以設想。”像往常一樣，傑斐遜将希望寄托于時間。他說，法軍要想接管路易斯安那，就得先征服聖多明戈。傑斐遜自信地說，征服聖多明戈需要相當長的時間，還得消耗大量的兵力。傑斐遜希望利用這段時間再做一做法蘭西督政府的工作。
1802年10月，西班牙割讓新奧爾良的消息傳出幾個月後，西班牙駐新奧爾良總督就釋出了一項法令，取消了美國在該港口的存棧權，美國不得在新奧爾良港口存放貨物。真是“屋漏偏逢連夜雨，船遲又遇打頭風”，傑斐遜的希望一點點化為泡影。頓時，美國西部大地上的好戰者們怒火沖天。他們把槍挂在壁爐上方或放在門後面，随時做好開戰準備。他們極力主張直接向新奧爾良進軍，用武力解決一切問題。
19世紀初的新奧爾良（本圖為修複圖，禁止轉載）
傑斐遜感到惴惴不安，怕自己設想的計劃受到嚴重幹擾。傑斐遜認為戰争是萬不得已時才能采取的手段，但這種明顯的尚武精神或許有助于外交活動順利開展。傑斐遜也擔心擦槍走火的事情發生。在美國西部，人們陷入了愛國熱情無法自拔，很有可能會破壞傑斐遜的計劃。傑斐遜很同情這些憤怒的同胞們，對他們毫無怨言。
傑斐遜最煩惱的就是聯邦黨人。聯邦黨殘餘勢力看到傑斐遜與法蘭西共和國的沖突激化，覺得重新掌權的機會來了。他們不顧國家利益，大聲疾呼，要求立即開戰。1803年1月13日，傑斐遜描述了當時的情況：
群眾思想的騷動……達到了極端。西部大地上的群眾絕對沒有不良動機。為了能增加商業的利潤，住在港口的人們渴望戰争。國會議員中聯邦主義者的目标是伺機迫使美國參與戰争，擾亂美國的财政周轉。如果這個目的能夠達到，聯邦黨人就可乘機拉攏西部廣大群眾，與他們聯合起來，重新掌權。在西部，到處都是群眾簽了名的抗議書和請願書。
聯邦黨人早已衰敗，成為小的派系，而且内讧不斷，根本無法擊敗傑斐遜。全國上下都對傑斐遜充滿信心，而且國會中多數人都支援他。
在衆議院，約翰·倫道夫有點飛揚跋扈地上司着大多數人，不假思索地對傑斐遜言聽計從。1802年下半年，約翰·倫道夫帶領衆議院議員召開秘密會議，與聯邦黨人針鋒相對，給傑斐遜總統創造私人通信的機會，并就此進行立法。在1802年冬天的幾個星期内，所有公開和私下裡進行的工作對政府來說有百益而無一害。聯邦黨人表現出莫大的憤怒和熱情，想赢得西部群眾的支援。他們提出決議，旨在阻止事情和平解決，但衆議院多數議員否決了他們的提議。最後，整件事情都交給傑斐遜決定。衆議院又給傑斐遜提供了二百萬美元的資金，供他酌情使用。
當時傑斐遜的計劃是購買新奧爾良以及密西西比河以東的地區。傑斐遜更像是一個文明的商人，認為自己采用的方案更便宜、更明智、更人性化。他要購買的是這一片土地上的收費權，而不是要通過戰争去占領這裡并取得它的地役權。這二百萬美元要用于賄賂法蘭西共和國那些德高望重的立法者中一些有影響力的人，為下一步計劃鋪平道路，因為這些人像國王一樣擁有權力。
現代的美國地圖，白色部分為路易斯安那（本圖為修複圖，禁止轉載）
傑斐遜讓巴黎的羅伯特·R.利文斯頓率先行動起來，但這位公使在沒有了解傑斐遜的真實目的之前就表達了與傑斐遜截然不同的觀點。羅伯特·R.利文斯頓告訴法蘭西督政府，隻要航行權和存棧權不受幹涉，美國根本不在乎在密西西比河河口的鄰居是法蘭西共和國還是西班牙。後來羅伯特·R.利文斯頓改變自己的說法，就購買路易斯安那的問題展開談判。西部群眾和聯邦黨人對羅伯特·R.利文斯頓缺乏信心。為了讓他們安心，也為了在西部群眾和聯邦黨人面前展示自己的力量，傑斐遜特地選派了一位特使。傑斐遜總統用白紙黑字寫成的外交訓令明确提出了要完成的任務。這是一份難辦的差事，還存在一定的風險。詹姆斯·門羅弗吉尼亞州長的任期剛剛結束。
詹姆斯·門羅（本圖為修複圖，禁止轉載）
傑斐遜認為詹姆斯·門羅是最佳人選。1803年2月11日，傑斐遜任命詹姆斯·門羅為法蘭西特使。該任命很快得到國會的認可。聯邦黨人也提了不少反對意見。他們聲稱，法蘭西共和國出現财政困難，傑斐遜隻是想借此機會幫助自己政治上的朋友。詹姆斯·門羅與傑斐遜多次面談，充分了解了傑斐遜總統的計劃後，毅然動身去完成自己的使命，但沒帶任何書面檔案。很顯然，如果他的上司以後不承認自己的所作所為，詹姆斯·門羅空口無憑，隻能啞巴吃黃連有苦說不出。不過傑斐遜的朋友們一向對傑斐遜信任有加。
在購買領土的問題上，傑斐遜表現出精明的商業頭腦，讓商人們也引以為榮。傑斐遜寫信給皮埃爾·塞缪爾·杜邦·德·穆爾，敦促他做好一切準備工作，并提出了一些建議：“我們的處境十分不妙，我們的工作必須刻不容緩地進行。密西西比河是我們不可或缺的一部分，我們會毫不猶豫地冒着生命危險來維護它。”傑斐遜及時暗示了這是“最後的解決辦法”。傑斐遜補充道：“路易斯安那對我們非常重要，我們完全可以花些錢確定我們的購買萬無一失。我們是一個農業國家，不但缺錢而且還欠債。要想在未來十五年内分期償還這些債務，我們就要實行嚴格的經濟制度。
我們的原則是，無論做了什麼，我們都要立即付諸行動，絕不要做我們不能做、也不打算做的事。我已經計算了财力，我們的手頭并不寬裕。最近的經驗告訴我們，通過借貸也解決不了什麼問題。我們想購買的土地……是貧瘠的沙地……我們又不能把土地賣給個人來賺錢。隻有通過和平的方式，法蘭西共和國才能将這塊土地割讓給我們，我們的目标才能實作。”
猶太人和律師誰能更巧妙地讨價還價呢？一個非常貧窮的購買者很願意購買一件值得投資的東西時，絕對不會追求日後的回報，而且為了避免不和，一定會按時付款。除了價格上占便宜之外，賣方還會在交易中間接地獲得其他好處。或許交易的财産根本沒有市場，或許交易的背後可能有戰争的因素在作祟。盡管衆說紛纭，但若非碰巧歐洲政治發生了變化，詹姆斯·門羅不可能在談判中取得成功。
當時在法蘭西共和國，拿破侖·波拿巴以第一執政官的身份行使皇帝的權力，決心在北美大陸上建立殖民地。美國第一次提出購買領土的建議時，野心勃勃的拿破侖·波拿巴嗤之以鼻。詹姆斯·門羅本來想買通拿破侖·波拿巴身邊出謀劃策的人，讓他們去說服拿破侖·波拿巴放棄自己的想法。在美國西部，民族的憤怒已遍及阿勒格尼河兩岸，但若想以此威脅拿破侖·波拿巴這位歐洲的征服者，根本沒有多大用處。傑斐遜真是交了好運。詹姆斯·門羅到達法蘭西共和國時，在法蘭西北部城市亞眠，短暫的和平即将結束，大規模軍事行動一觸即發。拿破侖·波拿巴根本然顧不上在美洲建立殖民地。當時法蘭西共和國國庫空虛，财政難以維系戰時的開支，拿破侖·波拿巴急于出售這片土地。恰好美國派去的特使們也急着要購買。
根據傑斐遜的訓示，詹姆斯·門羅隻考慮購買新奧爾良和密西西比河以東的土地。拿破侖·波拿巴想要盡快出售可變賣的資産，馬上将錢弄到手。他暗示要高價賣掉路易斯安那的全部土地。雙方都渴望交易的時候，交易就能迅速達成。詹姆斯·門羅對傑斐遜的意圖把握得十分準确，是以他有恃無恐。過了幾天，詹姆斯·門羅和羅伯特·R.利文斯頓不再讨價還價，痛快地以六千萬裡弗赫法币購買了路易斯安那。另外約定，為了滿足法蘭西商人們各式各樣的要求，美國應額外再付二千萬裡弗赫法币。美國還要賦予法蘭西共和國和西班牙的船在新奧爾良港十二年的通行權。
購買路易斯安那（本圖為修複圖，禁止轉載）
幾位特使向國内報告了簽訂條約的情況，承認自己的行為已超出總統的訓令要求。他們謙卑地說，希望自己沒有犯錯誤。幾位特使的行為的确超出了總統訓令的字面要求，但沒有超越訓令的精神。詹姆斯·門羅很清楚，傑斐遜的願望終于實作了。聯邦黨人後來說，他們認為這次談判的代表們表現出色，購買路易斯安那可能帶來的任何好處都是談判代表們的功勞，與傑斐遜總統無關。這種詭辯明顯有失公允，充其量也隻能說傑斐遜總統的計劃取得了成功，幾位經辦人隻是依照傑斐遜的意願行事，所有的功過是非都應算在傑斐遜名下。
路易斯安那從法國到美國的移交儀式（本圖為修複圖，禁止轉載）
聯邦黨人開始吹毛求疵。他們并不需動多少腦筋，就能對整個交易過程及其細節提出強烈的反對意見。憲法中并沒有條款賦予總統購買外國領土的權力，也沒有賦予政府權力，讓政府迅速接受外國領土、将新領土作為新州并入聯邦的權力。将新奧爾良港的貿易特權授予西班牙和法蘭西共和國更是直接違背了憲法。路易斯安那的邊界在東部和西部都有争議，很可能需要戰争才能解決。西班牙反複強調，法蘭西共和國無權出售這片土地，而西班牙有權拒絕出售。這些批評完全正确。不論從哪個角度講，購買路易斯安那對美國具有不可估量的價值，再多的批評也顯得蒼白無力。反對意見恰恰給傑斐遜提供了許多實用的建議。路易斯安那的邊界的确存在争議。
這裡是蠻荒之地，多年來一直沒有明确的邊界，但也沒有引起嚴重的敵對行動。在這段時間内，美國日漸強大，西班牙卻不斷衰落，最終選擇了和平，對美國做出了讓步。後來，傑斐遜提議，政府應該提供獎金來吸引大量充滿活力而富有智慧的居民到路易斯安那。這裡的人口大量增加後，民族性格會逐漸形成。到那時，周邊不太聽話的鄰居便會安分守己。有人說，購買佛羅裡達要比購買路易斯安那更好一些。也有人說，難道不能再将佛羅裡達也買來嗎？
傑斐遜指出，美國對邊界提出的要求“将是與西班牙談判的主題，一旦西班牙處于戰争狀态，我們就可以一方面推波助瀾，一方面對其開出高價，利用大好時機，獲得佛羅裡達全部的土地……有人主張，要用路易斯安那或其中的一部分來交換佛羅裡達。我們可以不要佛羅裡達，但我們不能把密西西比河的一寸水域讓給任何一個國家，因為獨立航海權對我國的和平非常重要。如果得不到我們的同意，沒有我們的警察監督，絕不許任何國家的船進入波拖馬可河或特拉華”。
時間證明傑斐遜所說的一切都是事實。
人們估計，西班牙可能會拒絕向美國傳遞占有權，而傑斐遜并不想在這件事上小題大做。購買路易斯安那的條約一被國會準許，傑斐遜就“指令密西西比州州長和威爾金森帶着軍隊到新奧爾良，從法蘭西總督皮埃爾·克萊門特·洛薩手中接管路易斯安那。皮埃爾·克萊門特·洛薩如果願意執行拿破侖·波拿巴的指令，很可能指揮新奧爾良的志願軍向我們移交該地區的管轄權。如果他不願意移交，我們就直接占領，然後讓法蘭西督政府處理自己的事情，獲得西班牙的認可，并履行條約将新奧爾良移交給我們”。
美國疆域變更圖。路易斯安那購地案，令美國疆域倍增，圖中白色部分為路易斯安那
傑斐遜輕而易舉地推翻了從憲法的角度提出的反對意見。聯邦黨人理由充足，如果此時與聯邦黨人辯論，傑斐遜注定要失敗。這時，保持沉默并讓國會迅速投票決定是最好的辦法。事實上，也别無他法。傑斐遜認為：“憲法上的難題說得越少越好，……國會應該在沉默中做必要的事情。國會認為有必要做的任何事情，都盡可能少辯論，特别是在憲法面臨的難題方面更要少争論。”作為反對派的聯邦黨人試圖強行展開曠日持久的論戰，但收效甚微。
絕大多數官員不想聽長篇大論，隻是想表明他們下定決心要做的事情是明智的，隻是法律并不允許這樣做。聯邦黨人的演講毫無意義，隻提出了幾個要答複的問題。在參議院，勢力強大的共和黨人痛快地以二十四票贊成、七票反對的結果迅速準許了這項條約，超出既定通過票數十票。傑斐遜感到勝券在握。衆議院絕大多數議員是共和黨人。他們在約翰·倫道夫的堅強上司下，首先要做的事是撥款，然後由傑斐遜總統傳遞給領土所有國政府。當時衆議院給予傑斐遜和前西班牙國王一樣大的權力。傑斐遜認為很不合适，但沒有拒絕。
傑斐遜完成了一項重大的交易，與自己多年來倡導的重大原則以及共和黨的政治信仰背道而馳。從今以後，傑斐遜和他的追随者們在總統招待會上，将對喬治·華盛頓貴族氣派的儀式，對亞曆山大·漢密爾頓建立的美國銀行，以及對那些所謂的憲法自由解釋者和“君主主義者”們扭曲憲法的行為該做出怎樣的評價呢？這位來自共和黨的偉大總統喜歡高談闊論，其所作所為在本質上完全超越了憲法，細節上更與憲法背道而馳，超越了任何“獨裁主義者”。“君主主義者”們也隻敢夢想，不敢付諸行動。這些事實無可否認。在衆議院，約翰·倫道夫掌控絕大多數席位，竟然滑稽地試圖将《路易斯安那條約》與美國《聯邦憲章》相提并論。
顯而易見，傑斐遜完全抛棄了自己以前的理論。1800年8月，傑斐遜宣稱：“我們憲法的理論無疑是最明智、最好的。各州互相獨立，在一切對外事務上聯合為一體。”根據這個理論，“我們的政府可以簡化為一個非常簡單的組織，不用這麼大的開銷，隻需一些人做些簡單的服務工作即可。僅為外交的特定目的而設計一個簡單的聯盟原則，就再好不過的了。”然而，令人難以想象的是這筆交易與聯盟的原則大相徑庭，獲得的“财産”由聯邦共同管理，利益由各州共同分享。這樣一來，國内的利益在很大程度上得到了統一。