史書中，赤壁之戰與南郡之戰時，周瑜和程普分别是左都督和右都督。随即就有人認為周瑜與程普這兩個人完全平級，不存在誰為主誰為次的問題。然而，戰争是極為殘酷的，若這兩個人完全平級，則在激烈的戰鬥中各自為戰，就很容易被敵人擊敗。在真正進行軍事指揮時，其實還是要分出上級和下級的，這樣才有利于獲勝。那麼，周瑜與程普這兩個人究竟誰是上級呢？
在《三國志·魯肅傳》中有這樣一句話“（孫權）遂任瑜以行事，以肅為贊軍校尉，助畫方略”。也就是說孫權指令周瑜來處理前線戰事，進行全盤指揮，承擔主要責任，魯肅擔任贊軍校尉，給周瑜出謀劃策，承擔次要責任。
《三國志·宗室傳》中關于孫皎的段落，有這樣的記載：孫權想讓孫皎和呂蒙“為左右部大督”。對此，呂蒙很不滿意，表示“昔周瑜、程普為左右部督，共攻江陵”并且“事決于瑜”。由此來看，南郡之戰時，周瑜負責總指揮及決策，隻是程普“自恃久将，且俱是督，随共不睦”罷了。
《江表傳》中則說程普“頗以年長，數陵辱（即淩辱）瑜”，而周瑜則“折節容下，終不與校（即不計較）”，顯然“下”指的是程普，那麼周瑜就是“上”了。這又是一條關于周瑜是上級，程普是下級的記載。
此外，黃蓋、甘甯、呂蒙有了計策也是率先向周瑜禀報，并且由周瑜做出決策。周瑜在赤壁之戰前向孫權做出了針對曹軍弊端的詳細的分析。赤壁之戰後，曹操不服輸，宣稱“孤燒船自退，橫使周瑜虛獲此名”。孫權“既即尊位，請會百官，歸功周瑜”。
而程普呢？就目前存在的史書來看，程普在赤壁之戰前沒有向孫權進行過任何有關曹軍的分析，“話語權”實在有些低。在南郡之戰時，程普依仗自己是老将，與周瑜鬧别扭，“話語權”多了些，但依舊被旁人認為他在關鍵的戰争中顯擺老資曆，不識大體，不如周瑜氣量寬宏，不如周瑜級别高。後人分析周瑜花了一年多的時間攻下南郡的原因時，程普這個“豬隊友”是免不了要被提一下的（當然，程普不服周瑜，但周瑜依舊是總指揮）。魏吳雙方的最高首領（曹操和孫權）在讨論赤壁之戰時也拿周瑜來說事兒，沒提程普。
由此可見，赤壁之戰及緊随而來的南郡之戰時，周瑜應該是上級。