首先，从宋史来看，第一，岳飞被捕并不是自己有谋反的嫌疑，而是张宪被诬告谋反，岳飞作证。但之后就被诬告跟张宪谋反一事有关，而且是谋反主谋，但是并没有实际的证据。当时就有很多人给岳飞作证，但这些人大多数都被搞了。第二，貌似秦相爷独相以后，想杀谁杀谁。
刚开始想搞韩世忠，就是因为韩世忠忤逆秦相爷，而之前的政治对手一个个都被整得很惨，跟是秦桧杀的没啥区别。第三，岳飞与秦相爷的矛盾就是战与和，在大将都跟金国死磕的时候，秦相爷已经想好了双方议和的国界在哪里。岳飞最后一次北伐，被12道金字牌召回之前有很大的战果，但是为了你能召回岳飞，先把北伐队友刘琦和张俊召回了，岳飞孤立无援，孤军奋战肯定不能继续作战。但是在北伐过程中，岳飞还能腾出手支援友军，可见其对这次北伐信心十足。
但这也正是秦相爷忌惮的。北伐成功了，功劳都是武将的，废了好多脑细胞想出来的和议计划就泡汤了，不但老脸没了，乌纱都可能没了，相爷政敌不是一般的多。第四，岳飞被杀的时间跟议和的时间基本一致。和议的大政策一定，四月就交兵权，八月被罢免官职，十月张宪被告谋反，岳飞父子和张宪被捕，十一月和议成，而在之前的十月份，宋金双方还有交战记录，十二月被杀。可以推测，岳飞被杀肯定与和议谈判有关系。以上时间是宋史高宗本纪的记载。
第五，四月到八月间，岳飞还以枢密副使的官职干了些事情，泪雨春痕的回答中引用了邓广铭先生的说法，辞掉枢密副使以后就回了庐山，而泪雨推测是为了联系岳家军。个人感觉，以岳飞的政治觉悟，他不太可能主动联系岳家军。但是从军队角度来说，原领导去中央任职，四个月的时间足以让他们认清形势了，中央就是要收兵权，有刘光世前车之鉴。
去庐山为了联系岳家军，应该是泪雨的脑洞，史书聪明如秦相爷及其爪牙都没有找到证据，最后是秦相爷无奈给监狱传了小纸条，先弄死再说。有这样的脑洞，可能是他忽略了宋史中岳飞事母至孝的描写。而且他并没有解释为什么岳飞前两次回庐山都没事，因为每次到庐山之前，岳飞都会交兵权，第三次就有事了；也没有解释为什么岳飞被杀和和议的过程时间这么凑巧。
第六，关于泪雨推测军制改革，其实是秦相爷毁掉南宋部分进攻能力的阴谋以达到和议的目的。一个正常的皇帝，一个正常的宰相，不可能因为要调整军队建设同时毁掉军队战斗力的，况且外有强敌。逻辑说不通，有哪个强人可以跟答主解释一下，而且在和议的节点上这么干，好像是为了跟金人示好？对两宋军制不了解就不多说了。