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1932年，在日本陆军高层的支持下，东京日本陆军军医学校内设立了以石井四郎为首的防疫研究室，开始了细菌战的研究，即731成立的前期。
后来是由日本陆军部命令石井四郎组建的秘密部队。其是专门研究和制造战场杀生性极强，扭转战场态势的细菌武器。鼠疫人体感染实验，高寒冻伤实验，人畜杂交实验，毒气研究实验，人与动物换血实验，人体肢体构造互换实验，成人及婴儿活体解刨这些拿活人做实验灭绝人性的暴行就是石井四郎和731部队反人类的暴行，其暴行简直罄竹难书。
细菌制造：731部队研究制造了鼠疫、伤寒、霍乱、炭疽、斑疹伤寒等数十种传染病菌，先是在抓来的受害人进行病菌注射研究感染结果以及传染情况，让后在我国各地投放，据统计导致了我国几十万的军民的惨烈伤亡。
人体解刨：最为掺无人道的就是人体解刨，在无麻醉的情况下就进行手术。受害人在意识清醒的状态下眼睁睁的看着自己的内脏一样一样的被摘除。肉体上不断的要忍受着痛苦的折磨，精神上还要等待死亡倒计时的恐惧。
人畜杂交实验：731部队士兵强迫受害人与其牲畜性交，受害人与马匹或其他动物交配，研究所谓劣等民族的优化办法。简直就是丧尽天良，违背道德伦理的罪行。
人体肢体互换实验：二战的战场上日本兵大量的伤亡以及断手断脚让731部队萌生了肢体再造的医学研究及实验。把大量受害人的手脚砍掉，在进行手术拼接，以此为战争中失去手脚的日本兵肢体拼接康复进行研究。据记载有的受害人手脚砍掉后，手接到大腿的位置，而小腿被接到手臂的位置，手段极其残忍。
人与动物换血实验：731部队士兵将抓来的受害人进行筛选，将筛选出体格健壮的被害人，进行捆绑抽出被害人身体大部分的血液然后在其体内注射动物血液进行研究。往往被害人因为身体排异反应会在及其痛苦的情况下死去。
饥饿死亡实验：受害人被单独关押，在没有任何食物的供给下直到死亡，而整个死亡的过程会被731部队的士兵清楚的记录下来。不仅只有饿死的，还有每天只给水喝不给食物，以及每天只给面包不给水喝的受害人死亡过程都被一一记录研究。
母婴梅毒传播研究感染实验：强迫被害人和梅毒感染者性交，致其怀孕或直接注射病毒进入体内导致病毒感染，其后在进行活体解刨将婴儿从体内取出进行研究。
活人脱水研究实验：被害人被捆绑固定好后送入高温热风的房间中，直到被害人脱水致死。
毒气研究实验：将动物和人关押在一起，用毒气进行毒杀，并记录动物和人死亡的过程的数据。
据不完全统计731部队实验杀害的人就多达几千乃至上万条生命，而这支犯下反人类罪行的部队相关人员战后并没有得到应有的审判和惩罚。然而，石井四郎本人还成为美国德特里克堡军事基地的顾问。私底下日本和美国达成了某方面的协议，因此日本的裕仁 、石井四郎等人逃脱了绞刑架，但逃脱不了人类历史上留下了泯灭人性反人类罪行的一页。