新中国成立后，一直没有对国民党战犯进行审判，蒋介石集团虽然败退台湾，解放军准备武力解放台湾，解放战争还没有结束。 周恩来认为：“哪有一个国家战争还没有结束就处理战犯的？” 其次，战争给百姓造成严重损失，群众对战争罪犯的愤恨情绪没有消除，如果对战犯进行审判，一定会有人被判处死刑。所以，中央决定对这批人暂时不判不杀。
1956年初，随着“争取用和平方式解放台湾”战略方针的出台，如何处理国内战犯问题就被提上日程。经过几年的关押与改造，大多数战犯已经有不同程度的悔改，愿意重新做人。 同时，百姓对于战犯的愤恨已经逐渐淡薄。于是，1957年1月29日，公安部将一份《处理在押病残战犯》的报告，送到了中央和毛主席的手里。毛主席提笔批示到： 不但这些人应当处理，其他战犯凡犯罪较轻表现较好的，都应考虑判决释放。请公安部将所有战犯都审查一下，定一个处理方案送中央审阅。
公安部在报告中提到的战犯，指的是解放战争中被俘的国内战犯，共有997名，分为三类：第一类是伪满洲国战争罪犯61人，以末代皇帝溥仪为首。 第二类是伪蒙政府和伪蒙军战争罪犯10名。 第三类是国民党战争罪犯，占比最多，共有926人，是在解放战争中俘获或在新中国成立后逮捕的犯有严重战争罪行的国民战犯，涉及到国民党军队、政府、党部和特务人员。
1957年1月30日，周恩来在政协工作报告中提出：“政协会后，可放十几个战犯看看”的意见。这是最早提出释放战犯的意见，中共中央非常重视，开专题讨论会，对各方面情况作了分析和研究，认为初步具备了释放一批战犯的条件。为慎重行事，征求各民主党派和无党派人士征求意见，3月14日，又在北京召开了政协扩大会议，会上，周恩来根据毛主席主张对国内战犯“一个不杀”的原则，他说： 杀他们是容易的，杀了他们不能再起积极作用，只能起消极作用，对台湾产生消极影响，使他们觉得战犯的下场总是要杀的，增加了恐慌，这不符合我们的政策。 释放战犯的问题很快达成共识，同时，不能一次性全部都放了，要分批释放。先放少数，试一试，看有没有效果，循序渐进。” 放他们出去，允许他们来去自由，愿意去台湾的可以去台湾，愿意去香港的可以去香港，想回来，我们照样欢迎，保证不跟他们绝交。
根据毛主席的指示，公安部拟出了关于《处理在押蒋介石集团战争罪犯》的方案，把国民党战犯分成四类，当时在押的国民党战犯是871名。
按首要战犯、罪行较重和严重的战犯、罪行轻微的战犯、罪行较轻微的战犯排列。第一、第二类中的部分，加上第三、第四类的全部，大约有500多人。分别在1957年底、1958年和1959年上半年宽大处理，予以释放。首要战犯由处理战犯领导小组审查决定的，标准是国民党中将师长、军长、副军长、兵团司令、省主席、省党部书记长及特务中的重要分子。首要战犯共65人：
方靖、孔庆桂、文强、王耀武、王陵基、王靖宇、王泽浚、王凌云、王秉钺、米文和、刘嘉树、刘镇湘、孙渡、孙楚、宋希濂、宋瑞珂、宋清轩、杜聿明、李仙洲、李以劻、李汉章、李九思、李益智、李帆群、李佩青、李猷龙、范汉杰、罗历戎、庞镜塘、牟中珩、周振强、周养浩、胡临聪、严翊、张文鸿、沈鹏、沈蕴存、陈金城、陈长捷、陈士章、郑庭笈、卢浚泉、何文鼎、林伟俦、岳烛远、马励武、马瑛、莫德宏、高建白、徐远举、郭旭、康泽、黄维、黄淑、梁培璜、曹天戈、曾扩情、章微寒、庄村夫、汤尧、杨文瑔、杨光钰、廖耀湘、廖宗泽、韩浚
1959年8月24日，毛主席致信刘少奇，信中说： 今年是国庆十年纪念，是否可以赦免一批（不是“大赦”，而是古时所谓的“曲赦”，即局部的赦免）确实改恶从善的战犯及一般正在服刑的刑事罪犯。如办此事，离国庆只有三十几天时间，是否来得（及）审查清楚？或者不赶国庆，在秋天办理即可，但仍用国庆十年的名义。此事是否可行，亦请召集有关同志商议一下。
1959年9月17日，刘少奇发布特赦令，其中和战犯有关的：蒋介石集团和伪满洲国的战争罪犯，关押已满10年，确实改恶从善的，予以释放；
“特赦令”一公布，在北京功德林关押的战犯，欣喜若狂，无比激动。 这里原来是一座叫功德林的庙宇。清朝末年，被改建成为一座监狱。新中国成立后，这座监狱被公安部接管，成为关押和改造国民党战犯的一座监狱。 1956年，200名原国民党高级将领，全部集中到功德林战犯管理所。
12月4日，在北京、抚顺、济南、西安等战犯管理所召开特赦释放大会，共有33名被战犯被特赦，其中有30人属于国民党战犯，他们是： 杜聿明、王耀武、曾扩情、郑庭笈、宋希濂、陈长捷、周振强、卢浚泉、杨伯涛、邱行湘、赵金鹏、杜聚政、周震东、叶杰强、唐曦、白玉昆、贺敏、孟昭楹、廖缉清、杨怀丰、曹钟麟、徐以智、郑肇麟、刘化南、罗祖良、李宝善、陈启銮、董世理、王中安、蔡射受。
1959年12月14日，中南海西花厅国务院总理周恩来的家中，迎来了11位身穿蓝色制服的客人，他们是第一批特赦的战犯代表，除了溥仪之外，其余10人全部都是原国民党高级将领。
国民党东北保安长官司令部司令、徐州“剿总”中将副总司令杜聿明；
国民党第二绥靖区中将司令兼山东省政府主席王耀武；
国民党四川省党部主任委员曾扩情；
国民党第49军中将军长郑庭笈；
国民党川湘鄂边区绥靖公署中将主任宋希濂；
国民党浙西师管区中将司令兼金华城防指挥周振强；
国民党第六兵团中将司令卢浚泉；
国民党天津警备司令部中将司令陈长捷；
国民党第18军少将军长杨伯涛；
国民党青年军第206师少将师长兼洛阳警备司令邱行湘；
在这10人中，只有陈长捷、卢浚不是黄埔军校毕业生，因此，他们对周恩来并不陌生。30多年后再次与老师见面，心情格外惊喜，也感到十分惭愧。周恩来在黄埔军校担任政治部主任时还不到30岁，而曾扩情那时已30开外，这个学生比老师还大几岁。 郑庭笈1948年被俘后，妻子冯莉娟准备去台湾，当听到丈夫还活着的消息后，决定留下来， 1954年，她回到北京，因为是战犯的妻子，不能安排工作，无法解决家庭生活问题，和郑庭笈离婚。 周恩来得知这个情况之后，转过头对张治中说：“那你们应该动员他们复婚嘛！”
随着第一批国内战犯的释放，第二批、第三批也提到了国务院会议的议程上。
1960年11月28日，发布《特赦释放第二批改恶从善的战犯通告》，对50名战犯予以特赦。 原属于国民党首要战犯9名，非首要战犯36名，伪满战犯4名，伪蒙战犯1名。
1961年12月25日，发布《特赦释放第三批改恶从善的战犯通告》，对68名战犯予以特赦。 原属于国民党首要战犯的13名，非首要战犯48名，伪满战犯7名。在这批特赦战犯的同时，还有16名战犯获得减刑。批准国民党重要战犯、特务头目康泽在监外就医。
1963年4月9日，发布《特赦释放第四批改恶从善的战犯通告》，对35名战犯予以特赦。原属于国民党首要战犯的5名，非首要战犯25名，伪满洲战犯4名，伪蒙战犯1名。
1964年12月28日，发布《特赦释放第五批改恶从善的战犯通告》，对53名战犯予以特赦。原属于国民党首要战犯4名，非首要战犯41名，属于伪满战犯7名，伪蒙战犯1名。
1966年4月16日，发布《特赦释放第六批改恶从善的战犯通告》，对57名战犯予以特赦。原属于国民党首要战犯5名，非首要战犯47名，属于伪满战犯4名，伪蒙战犯1名。
1966年第6批战犯特赦之后，国内迎来“特殊的10年”。战犯释放工作也暂时停止，但是，周恩来对战犯的处理工作从来没有放松，要求一如既往地将战犯患病和死亡情况上报，由于战犯的死亡逐年增多。1971年，周恩来特地给有关部门做了批示：抚顺战犯管理所政治工作本有成绩，改造日本战犯尤为显著。但是，由于有关部门没有下达工作指示，也不派人下去检查，1966年-1970年间有42名战犯病死，1971年两个月死3人，证明工作水平日益下降。要给这些战犯特赦的出路，否则人家会说，大战犯特赦了，小战犯关到死，外国战犯释放了，本国战犯关起来，这是不符合毛主席给出路的政策的。
这个批示对有关部门造成了极大震动，立即召开会议讨论周总理的批示，并开始了相应的行动。还提出了五条具体改进措施，其中最重要的一条就是建议人大召开会议时，特赦一批战犯。 经过一段时间的工作，1974年10月11日，中共中央向关押战犯的省发出电话通知，近期将要召开人大会议，各地做好特赦的一切准备。
12月，有关部门向中央呈报了《关于第七批特赦问题的报告》，报告中的处理方案，按立即特赦、刑满释放、提前释放、保外就医和继续关押等不同类别分别列出了名单，共计323人。其中，有13人要继续关押改造，理由是“他们确实没有改恶从善的表现”。 周恩来拿着报告飞到长沙，向毛主席汇报。毛主席说道：“锦州、大虎山、沈阳、长春还有战犯，为什么没有放？释放的时候要开一个欢送会，请他们吃顿饭，要多吃点鱼肉。每人发100元零用钱。每人都有公民权，不要强迫改造。都放了算了！强迫人家改造也不好。你杀他干什么！所以，一个不杀。年老有病的要给他们治病，跟我们的干部一样治。人家放下武器25年啦！”
由此，有关部门准备的分类处理在押战犯的材料全部作废，所有在押战犯，不分有无“改恶从善的表现”一律特赦。特赦之后，也不管他们原来的表现和级别，全部都安排在城镇工作。
有关部门在清查过程中，原来的323名战犯，发现还有25名国民党战犯属于起义的投诚人员，便将这25人提出按起义投诚的人员对待。发现有5人因为疾病死亡，在押战犯就变成了最后293人。为此，周恩来特地批示：“在特赦令发布前，千万不能再死人了，尤其是黄维，要采取一切措施保证他的身体健康。”为了将25名起义投诚人员的处理与特赦战犯区分开来，以落实党的起义投诚政策，立即安排25人到达北京，由中央统战部接待、安置。
1975年3月19日，抚顺、西安、北京秦城、济南和内蒙古等地同时举行最后一批战犯特赦大会。这次特赦，是自1959年以来的第七次特赦，一共293人，也是特赦人数最多的一次，也是最后一批。特赦大会刚一散会，各地战犯管理所立即将当年关押战犯时，暂时寄存的各种物件全部发还。 令战犯们吃惊的是，将近30年过去，当年寄存的物件，大到皮大衣、蚊帐，小到胶鞋、剪刀甚至别针，全部都完好无损地发还。 同时，每人领到粮票40斤、零用钱100元，每人发一个大包：
棉被、褥子各1床，床单、枕头、枕巾、毯子等各1件，旅行袋1只。还有棉衣棉裤1套；府绸衬衫2件；棉胶鞋、单鞋各1双；皮帽、单帽各1顶；尼龙裤1条；绒衣、牙具、肥皂香皂、茶杯、手绢、卫生纸以及精装笔记本等各1件。
按照部署，第七批特赦人员在3月22日和23日，集中到北京接受党和国家领导人的接见、宴请，并与前几批特赦人员聚会。 22日，抚顺、济南、西安、北京等4个战犯管理所的特赦战犯，全部到达前门饭店，穿着清一色的蓝色制服。23日下午，前门饭店在一级警卫规格的护送下，一辆辆小车向北京饭店方向急驶，马路两侧的群众好奇地驻足观望。这些人虽然年事已高，但充满军人气质，除了没有佩戴帽徽、领章之外，与正规部队没有什么区别。叶剑英在宴会上发表重要讲话：“被特赦人员愿意回台湾的可以回台湾，政府将给足路费，提供一切方便，去了后愿意回来的，政府照样欢迎……”
在最后一批的特赦战犯中，有10人申请去台湾。1975年4月12日，中共中央统战部在全聚德烤鸭店举行酒会，为王秉钺等10人饯行，为了打消他们的思想顾虑顾虑，4月13日，王秉钺等10人启程离开北京时，中央统战部负责人童小鹏、乔连新以及前国民党将领杜聿明、黄维、文强等到机场为他们送行。4月14日上午，10人由广州乘特快到达深圳，每人领到路费港币2000元、新制服装1套，及往返通行证1张。通行证有效期半年，半年内随时都可申请办理入境签证手续。10人进入了香港后，一大群记者蜂拥而至，把他们团团围住，当日前来跟随采访的报社、电台、电视台以及外国通讯社超过100家。
王秉钺，原国民党第51军中将军长；
陈士章，原国民党第25军中将军长；
蔡省三，原国民党青年救国团赣东青年警务总队少将总队长；
周养浩，原国民党军统局西南特区少将副局长；
王云沛，原国民党浙江省保安司令部少将副司令；
段克文，原国民党军统局少将专员；
杨南邨，原国民党150师上校团长；
赵一雪，原国民党281师上校团长；
张铁石，原国民党68军政工处上校处长；
张海商，原国民党青年军204师上校团长等。
而台湾的新闻仅有简短报道，也没有刊登获释人员名单，他们之所以对特赦战犯消息视而不见，因台湾一直把有些在押战犯当做“烈士”，并把他们的牌位供奉在台北的“忠烈祠”，如已“慷慨就义”的周养浩等人。 早在4月5日，批准10名特赦战犯去台湾时，已经重病在身的蒋介石，听到这个消息惊叫了一声：“这是在要我的命！”便撒手西去。
台湾以这10人是“间谍”为由，拒绝了他们去台湾的申请。私下又偷偷的去接触这10人，让他们离开居住的酒店。张铁石在他们的诱骗下，到国民党特工人员开设的富都酒店。 而后，路费全被骗走，在台湾的家属受到特务的恐吓，不敢为他担保，致使张铁石完全绝望，自缢身亡。
为了妥善地处理好获释人员的回台湾的事宜，张铁石被逼自杀后的第三天，中央成立专案小组，对其余9个人今后的去向开会研究。 滞留在香港的9个人可以自由选释，愿意回内地的欢迎，回来后，安排工作；愿意去国外的，继续给予协助，给予路费；愿意留在香港的，国家长期照顾他们的生活。至于张铁石的遗体，让台湾派人领取。最后，张铁石的儿子从台湾到香港，火化后把骨灰带回了台湾。
台湾的态度，迫使滞留香港的9人不得不另寻出路，陈士章、王秉钺、周养浩3人在亲属的帮助下，投靠了在美国的亲人。段克文没有亲属在美国，经过向“国际救济总会”申请，也去了美国纽约，靠给一家报社编写《战犯自述》糊口谋生。
张海南、杨南邨、赵一雪3人经过激烈的思想斗争后，决定返回大陆。根据来去自由的政策，1975年9月2日，张海南等3人返回大陆，有关单位负责人亲自到车站迎接。而后，统战部在北京举行座谈会，欢迎3人回来。赵一雪因为妻子和子女都在上海，被安排在上海政协工作。张海商和杨南邮，在湖北和四川都有亲人，根据本人的意愿，被分别安排在湖北省和四川省政协工作。 王云沛和蔡省三2人继续留在香港定居。
国民党战犯共计有926人，从1959年第一批特赦开始，共释放了7批554人，除了因病死亡、按投诚处理、另案处理等之外，所有战犯全部都获得特赦，一个不杀。释放后的战犯，都由各级统战部门负责管理，全部安排了工作。有一些人还安排了重要职务，比如： 杜聿明、王耀武、宋希濂等等，先后担任了全国政协委员和常委。