新中國成立後，一直沒有對國民黨戰犯進行審判，蔣介石集團雖然敗退台灣，解放軍準備武力解放台灣，解放戰争還沒有結束。 周恩來認為：“哪有一個國家戰争還沒有結束就處理戰犯的？” 其次，戰争給百姓造成嚴重損失，群衆對戰争罪犯的憤恨情緒沒有消除，如果對戰犯進行審判，一定會有人被判處死刑。是以，中央決定對這批人暫時不判不殺。
1956年初，随着“争取用和平方式解放台灣”戰略方針的出台，如何處理國内戰犯問題就被提上日程。經過幾年的關押與改造，大多數戰犯已經有不同程度的悔改，願意重新做人。 同時，百姓對于戰犯的憤恨已經逐漸淡薄。于是，1957年1月29日，公安部将一份《處理在押病殘戰犯》的報告，送到了中央和毛主席的手裡。毛主席提筆批示到： 不但這些人應當處理，其他戰犯凡犯罪較輕表現較好的，都應考慮判決釋放。請公安部将所有戰犯都審查一下，定一個處理方案送中央審閱。
公安部在報告中提到的戰犯，指的是解放戰争中被俘的國内戰犯，共有997名，分為三類：第一類是僞滿洲國戰争罪犯61人，以末代皇帝溥儀為首。 第二類是僞蒙政府和僞蒙軍戰争罪犯10名。 第三類是國民黨戰争罪犯，占比最多，共有926人，是在解放戰争中俘獲或在新中國成立後逮捕的犯有嚴重戰争罪行的國民戰犯，涉及到國民黨軍隊、政府、黨部和特務人員。
1957年1月30日，周恩來在政協工作報告中提出：“政協會後，可放十幾個戰犯看看”的意見。這是最早提出釋放戰犯的意見，中共中央非常重視，開專題讨論會，對各方面情況作了分析和研究，認為初步具備了釋放一批戰犯的條件。為慎重行事，征求各民主黨派和無黨派人士征求意見，3月14日，又在北京召開了政協擴大會議，會上，周恩來根據毛主席主張對國内戰犯“一個不殺”的原則，他說： 殺他們是容易的，殺了他們不能再起積極作用，隻能起消極作用，對台灣産生消極影響，使他們覺得戰犯的下場總是要殺的，增加了恐慌，這不符合我們的政策。 釋放戰犯的問題很快達成共識，同時，不能一次性全部都放了，要分批釋放。先放少數，試一試，看有沒有效果，循序漸進。” 放他們出去，允許他們來去自由，願意去台灣的可以去台灣，願意去香港的可以去香港，想回來，我們照樣歡迎，保證不跟他們絕交。
根據毛主席的訓示，公安部拟出了關于《處理在押蔣介石集團戰争罪犯》的方案，把國民黨戰犯分成四類，當時在押的國民黨戰犯是871名。
按首要戰犯、罪行較重和嚴重的戰犯、罪行輕微的戰犯、罪行較輕微的戰犯排列。第一、第二類中的部分，加上第三、第四類的全部，大約有500多人。分别在1957年底、1958年和1959年上半年寬大處理，予以釋放。首要戰犯由處理戰犯上司小組審查決定的，标準是國民黨中将師長、軍長、副軍長、兵團司令、省主席、省黨部書記長及特務中的重要分子。首要戰犯共65人：
方靖、孔慶桂、文強、王耀武、王陵基、王靖宇、王澤浚、王淩雲、王秉钺、米文和、劉嘉樹、劉鎮湘、孫渡、孫楚、宋希濂、宋瑞珂、宋清軒、杜聿明、李仙洲、李以劻、李漢章、李九思、李益智、李帆群、李佩青、李猷龍、範漢傑、羅曆戎、龐鏡塘、牟中珩、周振強、周養浩、胡臨聰、嚴翊、張文鴻、沈鵬、沈蘊存、陳金城、陳長捷、陳士章、鄭庭笈、盧浚泉、何文鼎、林偉俦、嶽燭遠、馬勵武、馬瑛、莫德宏、高建白、徐遠舉、郭旭、康澤、黃維、黃淑、梁培璜、曹天戈、曾擴情、章微寒、莊村夫、湯堯、楊文瑔、楊光钰、廖耀湘、廖宗澤、韓浚
1959年8月24日，毛主席緻信劉少奇，信中說： 今年是國慶十年紀念，是否可以赦免一批（不是“大赦”，而是古時所謂的“曲赦”，即局部的赦免）确實改惡從善的戰犯及一般正在服刑的刑事罪犯。如辦此事，離國慶隻有三十幾天時間，是否來得（及）審查清楚？或者不趕國慶，在秋天辦理即可，但仍用國慶十年的名義。此事是否可行，亦請召集有關同志商議一下。
1959年9月17日，劉少奇釋出特赦令，其中和戰犯有關的：蔣介石集團和僞滿洲國的戰争罪犯，關押已滿10年，确實改惡從善的，予以釋放；
“特赦令”一公布，在北京功德林關押的戰犯，欣喜若狂，無比激動。 這裡原來是一座叫功德林的廟宇。清朝末年，被改建成為一座監獄。新中國成立後，這座監獄被公安部接管，成為關押和改造國民黨戰犯的一座監獄。 1956年，200名原國民黨進階将領，全部集中到功德林戰犯管理所。
12月4日，在北京、撫順、濟南、西安等戰犯管理所召開特赦釋放大會，共有33名被戰犯被特赦，其中有30人屬于國民黨戰犯，他們是： 杜聿明、王耀武、曾擴情、鄭庭笈、宋希濂、陳長捷、周振強、盧浚泉、楊伯濤、邱行湘、趙金鵬、杜聚政、周震東、葉傑強、唐曦、白玉昆、賀敏、孟昭楹、廖緝清、楊懷豐、曹鐘麟、徐以智、鄭肇麟、劉化南、羅祖良、李寶善、陳啟銮、董世理、王中安、蔡射受。
1959年12月14日，中南海西花廳國務院總理周恩來的家中，迎來了11位身穿藍色制服的客人，他們是第一批特赦的戰犯代表，除了溥儀之外，其餘10人全部都是原國民黨進階将領。
國民黨東北保安長官司令部司令、徐州“剿總”中将副總司令杜聿明；
國民黨第二綏靖區中将司令兼山東省政府主席王耀武；
國民黨四川省黨部主任委員曾擴情；
國民黨第49軍中将軍長鄭庭笈；
國民黨川湘鄂邊區綏靖公署中将主任宋希濂；
國民黨浙西師管區中将司令兼金華城防指揮周振強；
國民黨第六兵團中将司令盧浚泉；
國民黨天津警備司令部中将司令陳長捷；
國民黨第18軍少将軍長楊伯濤；
國民黨青年軍第206師少将師長兼洛陽警備司令邱行湘；
在這10人中，隻有陳長捷、盧浚不是黃埔軍校畢業生，是以，他們對周恩來并不陌生。30多年後再次與老師見面，心情格外驚喜，也感到十分慚愧。周恩來在黃埔軍校擔任政治部主任時還不到30歲，而曾擴情那時已30開外，這個學生比老師還大幾歲。 鄭庭笈1948年被俘後，妻子馮莉娟準備去台灣，當聽到丈夫還活着的消息後，決定留下來， 1954年，她回到北京，因為是戰犯的妻子，不能安排工作，無法解決家庭生活問題，和鄭庭笈離婚。 周恩來得知這個情況之後，轉過頭對張治中說：“那你們應該動員他們複婚嘛！”
随着第一批國内戰犯的釋放，第二批、第三批也提到了國務院會議的議程上。
1960年11月28日，釋出《特赦釋放第二批改惡從善的戰犯通告》，對50名戰犯予以特赦。 原屬于國民黨首要戰犯9名，非首要戰犯36名，僞滿戰犯4名，僞蒙戰犯1名。
1961年12月25日，釋出《特赦釋放第三批改惡從善的戰犯通告》，對68名戰犯予以特赦。 原屬于國民黨首要戰犯的13名，非首要戰犯48名，僞滿戰犯7名。在這批特赦戰犯的同時，還有16名戰犯獲得減刑。準許國民黨重要戰犯、特務頭目康澤在監外就醫。
1963年4月9日，釋出《特赦釋放第四批改惡從善的戰犯通告》，對35名戰犯予以特赦。原屬于國民黨首要戰犯的5名，非首要戰犯25名，僞滿洲戰犯4名，僞蒙戰犯1名。
1964年12月28日，釋出《特赦釋放第五批改惡從善的戰犯通告》，對53名戰犯予以特赦。原屬于國民黨首要戰犯4名，非首要戰犯41名，屬于僞滿戰犯7名，僞蒙戰犯1名。
1966年4月16日，釋出《特赦釋放第六批改惡從善的戰犯通告》，對57名戰犯予以特赦。原屬于國民黨首要戰犯5名，非首要戰犯47名，屬于僞滿戰犯4名，僞蒙戰犯1名。
1966年第6批戰犯特赦之後，國内迎來“特殊的10年”。戰犯釋放工作也暫時停止，但是，周恩來對戰犯的處理工作從來沒有放松，要求一如既往地将戰犯患病和死亡情況上報，由于戰犯的死亡逐年增多。1971年，周恩來特地給有關部門做了批示：撫順戰犯管理所政治工作本有成績，改造日本戰犯尤為顯著。但是，由于有關部門沒有下達工作訓示，也不派人下去檢查，1966年-1970年間有42名戰犯病死，1971年兩個月死3人，證明工作水準日益下降。要給這些戰犯特赦的出路，否則人家會說，大戰犯特赦了，小戰犯關到死，外國戰犯釋放了，本國戰犯關起來，這是不符合毛主席給出路的政策的。
這個批示對有關部門造成了極大震動，立即召開會議讨論周總理的批示，并開始了相應的行動。還提出了五條具體改進措施，其中最重要的一條就是建議人大召開會議時，特赦一批戰犯。 經過一段時間的工作，1974年10月11日，中共中央向關押戰犯的省發出電話通知，近期将要召開人大會議，各地做好特赦的一切準備。
12月，有關部門向中央呈報了《關于第七批特赦問題的報告》，報告中的處理方案，按立即特赦、刑滿釋放、提前釋放、保外就醫和繼續關押等不同類别分别列出了名單，共計323人。其中，有13人要繼續關押改造，理由是“他們确實沒有改惡從善的表現”。 周恩來拿着報告飛到長沙，向毛主席彙報。毛主席說道：“錦州、大虎山、沈陽、長春還有戰犯，為什麼沒有放？釋放的時候要開一個歡送會，請他們吃頓飯，要多吃點魚肉。每人發100元零用錢。每人都有公民權，不要強迫改造。都放了算了！強迫人家改造也不好。你殺他幹什麼！是以，一個不殺。年老有病的要給他們治病，跟我們的幹部一樣治。人家放下武器25年啦！”
由此，有關部門準備的分類處理在押戰犯的材料全部廢棄，所有在押戰犯，不分有無“改惡從善的表現”一律特赦。特赦之後，也不管他們原來的表現和級别，全部都安排在城鎮工作。
有關部門在清查過程中，原來的323名戰犯，發現還有25名國民黨戰犯屬于起義的投誠人員，便将這25人提出按起義投誠的人員對待。發現有5人因為疾病死亡，在押戰犯就變成了最後293人。為此，周恩來特地批示：“在特赦令釋出前，千萬不能再死人了，尤其是黃維，要采取一切措施保證他的身體健康。”為了将25名起義投誠人員的處理與特赦戰犯區分開來，以落實黨的起義投誠政策，立即安排25人到達北京，由中央統戰部接待、安置。
1975年3月19日，撫順、西安、北京秦城、濟南和内蒙古等地同時舉行最後一批戰犯特赦大會。這次特赦，是自1959年以來的第七次特赦，一共293人，也是特赦人數最多的一次，也是最後一批。特赦大會剛一散會，各地戰犯管理所立即将當年關押戰犯時，暫時寄存的各種物件全部發還。 令戰犯們吃驚的是，将近30年過去，當年寄存的物件，大到皮大衣、蚊帳，小到膠鞋、剪刀甚至别針，全部都完好無損地發還。 同時，每人領到糧票40斤、零用錢100元，每人發一個大包：
棉被、褥子各1床，床單、枕頭、枕巾、毯子等各1件，旅行袋1隻。還有棉衣棉褲1套；府綢襯衫2件；棉膠鞋、單鞋各1雙；皮帽、單帽各1頂；尼龍褲1條；絨衣、牙具、肥皂香皂、茶杯、手絹、衛生紙以及精裝筆記本等各1件。
按照部署，第七批特赦人員在3月22日和23日，集中到北京接受黨和國家上司人的接見、宴請，并與前幾批特赦人員聚會。 22日，撫順、濟南、西安、北京等4個戰犯管理所的特赦戰犯，全部到達前門飯店，穿着清一色的藍色制服。23日下午，前門飯店在一級警衛規格的護送下，一輛輛小車向北京飯店方向急駛，馬路兩側的群衆好奇地駐足觀望。這些人雖然年事已高，但充滿軍人氣質，除了沒有佩戴帽徽、領章之外，與正規部隊沒有什麼差別。葉劍英在宴會上發表重要講話：“被特赦人員願意回台灣的可以回台灣，政府将給足路費，提供一切友善，去了後願意回來的，政府照樣歡迎……”
在最後一批的特赦戰犯中，有10人申請去台灣。1975年4月12日，中共中央統戰部在全聚德烤鴨店舉行酒會，為王秉钺等10人餞行，為了打消他們的思想顧慮顧慮，4月13日，王秉钺等10人啟程離開北京時，中央統戰部負責人童小鵬、喬連新以及前國民黨将領杜聿明、黃維、文強等到機場為他們送行。4月14日上午，10人由廣州乘特快到達深圳，每人領到路費港币2000元、新制服裝1套，及往返通行證1張。通行證有效期半年，半年内随時都可申請辦理入境簽證手續。10人進入了香港後，一大群記者蜂擁而至，把他們團團圍住，當日前來跟随采訪的報社、電台、電視台以及外國通訊社超過100家。
王秉钺，原國民黨第51軍中将軍長；
陳士章，原國民黨第25軍中将軍長；
蔡省三，原國民黨青年救國團贛東青年警務總隊少将總隊長；
周養浩，原國民黨軍統局西南特區少将副局長；
王雲沛，原國民黨浙江省保安司令部少将副司令；
段克文，原國民黨軍統局少将專員；
楊南邨，原國民黨150師上校團長；
趙一雪，原國民黨281師上校團長；
張鐵石，原國民黨68軍政工處上校處長；
張海商，原國民黨青年軍204師上校團長等。
而台灣的新聞僅有簡短報道，也沒有刊登獲釋人員名單，他們之是以對特赦戰犯消息視而不見，因台灣一直把有些在押戰犯當做“烈士”，并把他們的牌位供奉在台北的“忠烈祠”，如已“慷慨就義”的周養浩等人。 早在4月5日，準許10名特赦戰犯去台灣時，已經重病在身的蔣介石，聽到這個消息驚叫了一聲：“這是在要我的命！”便撒手西去。
台灣以這10人是“間諜”為由，拒絕了他們去台灣的申請。私下又偷偷的去接觸這10人，讓他們離開居住的酒店。張鐵石在他們的誘騙下，到國民黨特勞工員開設的富都酒店。 而後，路費全被騙走，在台灣的家屬受到特務的恐吓，不敢為他擔保，緻使張鐵石完全絕望，自缢身亡。
為了妥善地處理好獲釋人員的回台灣的事宜，張鐵石被逼自殺後的第三天，中央成立專案小組，對其餘9個人今後的去向開會研究。 滞留在香港的9個人可以自由選釋，願意回内地的歡迎，回來後，安排工作；願意去國外的，繼續給予協助，給予路費；願意留在香港的，國家長期照顧他們的生活。至于張鐵石的遺體，讓台灣派人領取。最後，張鐵石的兒子從台灣到香港，火化後把骨灰帶回了台灣。
台灣的态度，迫使滞留香港的9人不得不另尋出路，陳士章、王秉钺、周養浩3人在親屬的幫助下，投靠了在美國的親人。段克文沒有親屬在美國，經過向“國際救濟總會”申請，也去了美國紐約，靠給一家報社編寫《戰犯自述》糊口謀生。
張海南、楊南邨、趙一雪3人經過激烈的思想鬥争後，決定傳回大陸。根據來去自由的政策，1975年9月2日，張海南等3人傳回大陸，有關機關負責人親自到車站迎接。而後，統戰部在北京舉行座談會，歡迎3人回來。趙一雪因為妻子和子女都在上海，被安排在上海政協工作。張海商和楊南郵，在湖北和四川都有親人，根據本人的意願，被分别安排在湖北省和四川省政協工作。 王雲沛和蔡省三2人繼續留在香港定居。
國民黨戰犯共計有926人，從1959年第一批特赦開始，共釋放了7批554人，除了因病死亡、按投誠處理、另案處理等之外，所有戰犯全部都獲得特赦，一個不殺。釋放後的戰犯，都由各級統戰部門負責管理，全部安排了工作。有一些人還安排了重要職務，比如： 杜聿明、王耀武、宋希濂等等，先後擔任了全國政協委員和常委。