大运河被用于军事
有战略、战术两种
运输军事物资
基本属于战略上
而利用河水和地形
基本属于战术
清军平定太平天国北伐军于连镇采用的就是河水灌城的战术。
连镇地处东光县城南，始建于明朝初年，因横跨南运河、由分处两岸六个村庄连在一起而得名，亦名连窝镇。连镇水陆交通方便，商业发达，人口繁盛，蓄积丰足，有“商贾云集，八方通衢”之称。
太平军占据连镇后，迅速征集粮草，构筑工事。又在附近村庄列小营5座，以为犄角之势。为了便于相互支援，他们用船只和木料架起两座浮桥，把东、西连镇连为一体，林凤祥、李开芳分驻西、东连镇，欲凭借有利地势长期坚守待援。
不久，清军2万余人马云集连镇并将其包围。僧格林沁亲自指挥清军同时进攻东、西连镇。林、李指挥太平军全力抵敌。后得到援军已至山东的讯息，林凤祥决定派李开芳带精锐骑兵南下迎接援军。在林凤祥的掩护下，李开芳突围。
李开芳走后，僧格林沁频繁发动进攻。太平军依托坚固工事给清军造成了重大杀伤。后僧格林沁改变战术，转而“以围为攻”，下令将运河西岸长壕收紧1000余丈，缩短战线，逼近太平军营垒。又咨调山东巡抚派人将连镇上游的四女寺引河挖深，宣泄运河水，设法引水淹灌连镇，并下令征调连镇相邻各乡乡民分段砌筑土墙长围。这道长围夹运河、环连镇，四周合抱，周长70余里，高1至2丈，上宽几人可同步巡逻，每三里处筑一炮台，外有壕沟三道，既能作为工事防敌冲出，又能作为蓄水围堰。林凤祥则乘清军调整部署之时，在营垒外挖掘数道长壕、逐步构筑了长约三十华里的“木城”以加固防线，且屡次主动出击，不断骚扰清军。
7月，雨水骤增，南运河水暴涨，清军趁机掘断运河河堤，引水淹灌连镇。连镇周围的一些小村庄被水淹没，太平军只得向连镇聚集，清军趁机收紧包围圈。8月，清军所筑的两岸长围全部竣工，太平军丧失了突围的最后机会。僧格林沁下令开始引水淹灌连镇。东连镇内水深二三尺至四五尺，大部房屋倒塌，惟河西地势较高，未遭浸灌。太平军粮草物资均告短缺。入冬，太平军粮米已绝，甚至出现了人食人，士气低迷，军中不坚定分子纷纷投敌。
次年2月，僧格林沁督兵两路同时进攻东、西连镇。庆祺进攻东连镇，因墙垣坚厚、防守严密未能攻克。员外郎瑞禧进攻西连镇得手，林凤祥与2000余官兵转守东连镇，抵死据守。3月，清军从四面向东连镇发起总攻，林凤祥兵败被俘，解送北京。5月，李开芳在山东茌平冯官屯被俘。至此，太平天国北伐宣告失败。
清廷平定太平军利用的是大运河河水灌城的战术，而平定捻军则是利用了地形围剿。
1868年3月，张宗禹率领的西捻军进入山东境内作战，清廷令钦差大臣李鸿章总统山东各路清军，围堵北上捻军。时捻军欲由东光西渡未果，继续循运河北上，陷南皮。4月，捻军攻静海，进逼天津，企图夺取。在清军的阻击下，西捻北上作战的计划失败，只好沿海滨南下，由盐山进入山东阳信、海丰。
清廷命李鸿章、左宗棠、丁宝桢等督军于运河东、西两岸分别防堵。同治帝下谕旨“贼股现窜海隅，正可乘此机会，三面围蹙，就地殄除。著李鸿章迅督前敌诸军，步步圈偪，合力同心，认真剿办，限于一月内，将此股贼匪全数歼灭”。
为协调清军各路行动，左宗棠与李鸿章在德州会商，二人都主张利用地形围困西捻军，左宗棠认为“以现在局势言之，贼自天津入东境，东阻大海，南阻黄河，西则运河一水萦纡，足陷戎马之足”。根据过去围歼东捻军“先堵后截”的经验，李鸿章认为“当以守运河为正，战为奇，捐海滨数百里之地以饵贼，我军负海带河，食东、豫之粟，独据运河一面以制其命，灭贼必矣”，“就运河一线设防，蹙之海东一隅，较得地势”，提出消灭西捻军于黄河以北、运河以东和天津减河以南的直东战场的计划。
具体如下：北面以减河为防线，沿北岸修筑长墙，由天津洋枪队、潘鼎新与提督杨鼎勋等所部淮军和团练驻防阻遏西捻军再次北上威胁京津地区；西面以运河为防线，在张秋一带引黄河之水灌入运河，且在西岸连筑长墙，由直隶、山东、安徽等省清军分段驻扎，附近州县团练出动协助，又调总兵丁长春所部水师炮船进驻德州，巡逻水面，加强防守；南面以黄河为防线，封锁各处渡口，将船只一律调至南岸，由山东地方官吏领军把守；东面是大海，严禁渔船下海，防止捻军渡海而去。至于长墙的修筑，除命军队从事外，还以许诺封号、免税等办法动员地主、士绅等参加。同时，抽调实力较强的淮军和湘军作为游击之师，闯入滨海地区，进行围追堵击，图谋在这一带消灭西捻军。
五六月间，清军各部遮击，叠次获胜。不久，李鸿章派刘铭传新到生力马军助战，军势大振，圈捻军在徒骇、黄、运之间。刘铭传调集马步迎击，追剿数里；值郭松林东来，马步全军遮住去路，又兼河道纷歧、水溜泥泞，捻军无所掠食，部党解散，数万众不知所踪。刘、郭两军马队五六千人纵横合击，擒斩无数；张宗禹赴水死（实际逃往那南大港孔家庄隐姓埋名二十余年后去世），西捻平。
在平定西捻军的过程中，沧州地区的地方官、士绅、平民做出了很大贡献，其事迹载于地方志中。
民国《交河县志》卷十《杂稽志•事略》：“同治七年四月，捻匪张总愚犯临境，窜至御河以东，知县朱绍谷令阖邑团练，在御河西岸筑墙防守。县中得安。”卷七《人物志•义行·李光晋传》：“同治七年，捻匪……南窜宁、吴、景、沧等处，又防运河西岸。贼东逼大海，南阻黄河，北迫捷地，西遏运墙，以故大兵剿之，克奏肤功。”民国《沧县志》卷八《人物•孝义·刘奉璋传》：“同治七年，捻逆北窜，奉璋练义勇，立乡团，与官军互为接应，并于运河西岸修筑长墙，昼夜巡防，捻匪闻风不敢越运河西岸一步，河西一带百余村免遭蹂躏。”
参考书籍：民国《交河县志》；民国《沧县志》。