实时荧光定量PCR（RT-PCR）和基因测序是用于诊断新的冠状病毒感染的首批方法。目前，新型冠状病毒的核酸检测主要基于RT-PCR方法，而基因测序方法使用相对较少。那么，作为新冠病毒的两种诊断方法之一，检测原理是什么呢？识别新冠状病毒的优势和挑战是什么？
近日，上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心的陶跃、傅启华、莫克西三位研究人员在《中国检验医学杂志》上联合发表了《病原体大基因组测序在新冠病毒检测中的应用与挑战》。
论文指出，病原菌大基因测序（mNGS）是临床实践中最常用的病原菌基因测序方法，是一种基于第二代测序技术的病原体检测技术，可以一次性完成对细菌、真菌、病毒、寄生虫等病原菌的检测。
在这次疫情中，病原体基因组测序（mNGS）利用其技术优势，在五天内鉴定和分析了新型冠状病毒的基因组，而2003年SARS的鉴定耗时5个多月，2013年H7N9的鉴定耗时一个多月。因此，病原体大基因测序（mNGS）为本次疫情中传染性病原体的进一步鉴定和防控以及后续临床诊断、治疗和药物开发提供了时间。
此外，病原体大基因组测序（mNGS）可以同时对新冠病毒以外的病原体和混合感染进行综合鉴定，从而实现病原体的"疲惫网"。
然而，另一方面，由于病原体巨基因基因组测序（mNGS）操作复杂，检测时间相对较长（需要24-72小时），新型冠状病毒的检测无法达到广泛推广和快速诊断的目的。
因此，病原体巨基因基因组测序（mNGS）可以与实时荧光定量PCR（RT-PCR）技术结合使用，以互补彼此的优势。
"RT-PCR更适合于大规模筛查，因为检测速度快，操作程序简单，成本低，以便快速获得新冠病毒核酸是否阳性的初步证据，而对于RT-PCR检测阴性但高度怀疑临床现象的患者，用mNGS进一步确认可以有效提高检测结果的可靠性，并获得是否有其他病原体感染的信息。研究人员说。
此外，上述研究人员建议，对于RT-PCR阳性样品，mNGS可以进一步用于病毒全序列分析，从而有助于获得有关病毒是否已经突变的信息，对于疫苗、药物开发等方面的可靠证据。