實時熒光定量PCR（RT-PCR）和基因測序是用于診斷新的冠狀病毒感染的首批方法。目前，新型冠狀病毒的核酸檢測主要基于RT-PCR方法，而基因測序方法使用相對較少。那麼，作為新冠病毒的兩種診斷方法之一，檢測原理是什麼呢？識别新冠狀病毒的優勢和挑戰是什麼？
近日，上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心的陶躍、傅啟華、莫克西三位研究人員在《中國檢驗醫學雜志》上聯合發表了《病原體大基因組測序在新冠病毒檢測中的應用與挑戰》。
論文指出，病原菌大基因測序（mNGS）是臨床實踐中最常用的病原菌基因測序方法，是一種基于第二代測序技術的病原體檢測技術，可以一次性完成對細菌、真菌、病毒、寄生蟲等病原菌的檢測。
在這次疫情中，病原體基因組測序（mNGS）利用其技術優勢，在五天内鑒定和分析了新型冠狀病毒的基因組，而2003年SARS的鑒定耗時5個多月，2013年H7N9的鑒定耗時一個多月。是以，病原體大基因測序（mNGS）為本次疫情中傳染性病原體的進一步鑒定和防控以及後續臨床診斷、治療和藥物開發提供了時間。
此外，病原體大基因組測序（mNGS）可以同時對新冠病毒以外的病原體和混合感染進行綜合鑒定，進而實作病原體的"疲憊網"。
然而，另一方面，由于病原體巨基因基因組測序（mNGS）操作複雜，檢測時間相對較長（需要24-72小時），新型冠狀病毒的檢測無法達到廣泛推廣和快速診斷的目的。
是以，病原體巨基因基因組測序（mNGS）可以與實時熒光定量PCR（RT-PCR）技術結合使用，以互補彼此的優勢。
"RT-PCR更适合于大規模篩查，因為檢測速度快，操作程式簡單，成本低，以便快速獲得新冠病毒核酸是否陽性的初步證據，而對于RT-PCR檢測陰性但高度懷疑臨床現象的患者，用mNGS進一步确認可以有效提高檢測結果的可靠性，并獲得是否有其他病原體感染的資訊。研究人員說。
此外，上述研究人員建議，對于RT-PCR陽性樣品，mNGS可以進一步用于病毒全序列分析，進而有助于獲得有關病毒是否已經突變的資訊，對于疫苗、藥物開發等方面的可靠證據。