1870年7月26日，两江总督马新贻去官署西侧的校场检阅士兵射箭，结束后步行回府衙。可是走到府衙门口时，突然有人从旁边冲出来。此人一边大喊冤枉，一边迅速向马新贻靠近，然后抽出早已准备好的利刃，直接捅到了马新贻腋下。
马新贻的随从人员这才反应过来，急忙把人救出，找医生来诊治。但是伤得太重，马新贻第二天医治无效去世。刺杀他的人也没有逃走，而是站在原地大喊，我叫张汶祥，人是我杀的。这件事后来被称为“刺马案”。
光天化日之下，两江总督在府衙门口被刺杀，刺客杀人后还不跑，站在原地等着被抓，看起来还一脸正气。这件事无论怎么想都透着诡异。慈禧知道后也大为震惊，说“此事甚奇”。
在慈禧心中，马新贻官声很好，是个能吏。后世对马新贻的评价也不错。
马新贻是山东菏泽人，考中进士后当了知县。当时已经是清朝末期了，外忧内乱，各地起义军风起云涌。马新贻不仅要管理好辖区内的大小事务，还得操练军队，领兵打仗。在一次次战斗中，他逐渐升为安徽布政使、浙江巡抚。
当时浙江早就被一场又一场的战争弄的民不聊生，马新贻看到百姓生活太苦了，就上书朝廷，希望可以减免赋税，废除漕运上的众多苛捐杂税。还主持疏通三江口，带兵剿匪。
在浙江做出政绩后，朝廷又任命他为两江总督。这时太平天国已经被打败了，朝廷大概是希望他能尽快带领当地百姓恢复生产。谁知他到任两年后被刺杀，虽说刺客当场被抓获，但是现在一百多年过去了，他依然死因成谜。
清朝给出的说法是，杀人凶手张汶祥曾经是太平军，还当过海盗。马新贻担任浙江巡抚时，带兵围剿过海盗，张汶祥的同伙大多被杀了，妻子还被人掳走。张汶祥怀恨在心，自己一个人策划了刺杀行动。
按照这种说法，马新贻被刺杀，张汶祥是唯一的凶手，不存在隐情，没有幕后指使。最终张汶祥被凌迟处死，剖腹挖心，孩子也牵连被杀。至此刺马案真相大白，可以归入档案了。
但是，这只是当时清政府给出的官方说法，小道消息还有很多。
流传比较广的一种说法是，马新贻在剿匪时能力不够被土匪俘获，为了保命和土匪的老大老二义结金兰，后来也是在土匪的配合下演了一出戏，这才能收复失地，有了所谓的剿匪成功。后来又凭借剿匪功劳一路高升，当了封疆大吏。
马新贻飞黄腾达了，当年一起拜把子的好兄弟还在当土匪，日子越来越难过，就跑来投奔。谁知道马新贻不仅不帮忙，还看上了老二的老婆。为了得到美人，他竟然把老二杀了。
这些事情让老三张汶祥义愤填膺，如今二哥也死了，二嫂被霸占，他也不想活了。可是在死之前，他得帮二哥报仇。于是他策划了这起刺杀案，并且在杀人后不逃走，站在那里自报家门等着被抓。
还有一种说法，涉及到了另一位封疆大吏曾国藩。
太平天国等起义军之所以能被镇压，曾国藩居功至伟，他一手创立的湘军也在战斗过程中出了很多力。可是现在太平军被打败了，不需要这么多湘军了，内讧就开始了。
有传言说，很多人都劝曾国藩拥兵自立，黄袍加身。还说湘军攻占太平天国的天京后，私吞了洪秀全的私库，得到数不清的军费。再加上曾国藩是汉人，清朝是满人的朝廷，对汉人天生就有戒备心理。所以太平军被打败后，清政府就开始提防曾国藩。
慈禧把曾国藩调到别处，这样他就管不到湘军了。又让马新贻担任两江总督，希望他能把湘军步步分化，让湘军对朝廷再无威胁。马新贻接到慈禧暗示后对湘军疯狂打压，这让湘军与马新贻的矛盾与日俱增，最终在他到任两年后彻底爆发。
最后，马新贻被刺杀，而曾国藩再次被任命为两江总督。慈禧分化湘军、削弱曾国藩的计划失败了。
当年，西方列强虎视眈眈，太平军刚刚被消灭，社会急需稳定。慈禧即便是为了自己能安心听戏，也不能直接与曾国藩撕破脸。于是，哪怕心知肚明，她也得把马新贻的真正死因按下来。
按照这种说法，马新贻被刺杀的幕后指使即便不是曾国藩，也与曾国藩有关系，至少他是最大的受益者。
但是，这也只是众多说法中的一个。此外还有什么马新贻通回卖国、丁日昌买凶刺马、反洋教者买凶刺马等等，众说纷纭。真相到底是什么，就看你相信哪个了。