1870年7月26日，兩江總督馬新贻去官署西側的校場檢閱士兵射箭，結束後步行回府衙。可是走到府衙門口時，突然有人從旁邊沖出來。此人一邊大喊冤枉，一邊迅速向馬新贻靠近，然後抽出早已準備好的利刃，直接捅到了馬新贻腋下。
馬新贻的随從人員這才反應過來，急忙把人救出，找醫生來診治。但是傷得太重，馬新贻第二天醫治無效去世。刺殺他的人也沒有逃走，而是站在原地大喊，我叫張汶祥，人是我殺的。這件事後來被稱為“刺馬案”。
光天化日之下，兩江總督在府衙門口被刺殺，刺客殺人後還不跑，站在原地等着被抓，看起來還一臉正氣。這件事無論怎麼想都透着詭異。慈禧知道後也大為震驚，說“此事甚奇”。
在慈禧心中，馬新贻官聲很好，是個能吏。後世對馬新贻的評價也不錯。
馬新贻是山東菏澤人，考中進士後當了知縣。當時已經是清朝末期了，外憂内亂，各地起義軍風起雲湧。馬新贻不僅要管理好轄區内的大小事務，還得操練軍隊，領兵打仗。在一次次戰鬥中，他逐漸升為安徽布政使、浙江巡撫。
當時浙江早就被一場又一場的戰争弄的民不聊生，馬新贻看到百姓生活太苦了，就上書朝廷，希望可以減免賦稅，廢除漕運上的衆多苛捐雜稅。還主持疏通三江口，帶兵剿匪。
在浙江做出政績後，朝廷又任命他為兩江總督。這時太平天國已經被打敗了，朝廷大概是希望他能盡快帶領當地百姓恢複生産。誰知他到任兩年後被刺殺，雖說刺客當場被抓獲，但是現在一百多年過去了，他依然死因成謎。
清朝給出的說法是，殺人兇手張汶祥曾經是太平軍，還當過海盜。馬新贻擔任浙江巡撫時，帶兵圍剿過海盜，張汶祥的同夥大多被殺了，妻子還被人擄走。張汶祥懷恨在心，自己一個人策劃了刺殺行動。
按照這種說法，馬新贻被刺殺，張汶祥是唯一的兇手，不存在隐情，沒有幕後指使。最終張汶祥被淩遲處死，剖腹挖心，孩子也牽連被殺。至此刺馬案真相大白，可以歸入檔案了。
但是，這隻是當時清政府給出的官方說法，小道消息還有很多。
流傳比較廣的一種說法是，馬新贻在剿匪時能力不夠被土匪俘獲，為了保命和土匪的老大老二義結金蘭，後來也是在土匪的配合下演了一出戲，這才能收複失地，有了所謂的剿匪成功。後來又憑借剿匪功勞一路高升，當了封疆大吏。
馬新贻飛黃騰達了，當年一起拜把子的好兄弟還在當土匪，日子越來越難過，就跑來投奔。誰知道馬新贻不僅不幫忙，還看上了老二的老婆。為了得到美人，他竟然把老二殺了。
這些事情讓老三張汶祥義憤填膺，如今二哥也死了，二嫂被霸占，他也不想活了。可是在死之前，他得幫二哥報仇。于是他策劃了這起刺殺案，并且在殺人後不逃走，站在那裡自報家門等着被抓。
還有一種說法，涉及到了另一位封疆大吏曾國藩。
太平天國等起義軍之是以能被鎮壓，曾國藩居功至偉，他一手創立的湘軍也在戰鬥過程中出了很多力。可是現在太平軍被打敗了，不需要這麼多湘軍了，内讧就開始了。
有傳言說，很多人都勸曾國藩擁兵自立，黃袍加身。還說湘軍攻占太平天國的天京後，私吞了洪秀全的私庫，得到數不清的軍費。再加上曾國藩是漢人，清朝是滿人的朝廷，對漢人天生就有戒備心理。是以太平軍被打敗後，清政府就開始提防曾國藩。
慈禧把曾國藩調到别處，這樣他就管不到湘軍了。又讓馬新贻擔任兩江總督，希望他能把湘軍步步分化，讓湘軍對朝廷再無威脅。馬新贻接到慈禧暗示後對湘軍瘋狂打壓，這讓湘軍與馬新贻的沖突與日俱增，最終在他到任兩年後徹底爆發。
最後，馬新贻被刺殺，而曾國藩再次被任命為兩江總督。慈禧分化湘軍、削弱曾國藩的計劃失敗了。
當年，西方列強虎視眈眈，太平軍剛剛被消滅，社會急需穩定。慈禧即便是為了自己能安心聽戲，也不能直接與曾國藩撕破臉。于是，哪怕心知肚明，她也得把馬新贻的真正死因按下來。
按照這種說法，馬新贻被刺殺的幕後指使即便不是曾國藩，也與曾國藩有關系，至少他是最大的受益者。
但是，這也隻是衆多說法中的一個。此外還有什麼馬新贻通回賣國、丁日昌買兇刺馬、反洋教者買兇刺馬等等，衆說紛纭。真相到底是什麼，就看你相信哪個了。