蒋氏对争夺党权是很有经验的。
1926年5月，他制造《整理党务案》，打击我党，借机窃取了一部分党权。
1927年4月，他提出“清党”，屠杀共产党人并从他控制的地区把我党员全部驱逐出国民党。
这次他故伎重演，又提出《整理各地党部案》，以达到夺取国民党全部党权为目的。不过他这次打击的对象不是共产党，而是国民党内的反对派。为了操纵国民党第三次代表大会，国民党中央第一八七次常务会通过决议，出席三大的代表不用选举办法产生，而一律采取固定与指派的方式。
蒋氏以上这些活动，引起国民党内其他派系的强烈不满。李宗仁躲在上海，冯玉祥不仅不到南京开会，反而于3月12日发表通电，辞去军政部长职务。国民党正面临一场更大的分裂。
虽然出现这样严重的不正常情况，蒋介石还是要坚持召开三大。蒋价石要充分地利用这暂短的形式上的统一时期，赶紧将最高的党权抓到手，以便用中央的名义去镇压反对派。
1929年3月15日，国民党三全大会开幕。主席团9人，即:蒋氏、胡汉民、谭延恺、孙科、朱永骅、古应芬、陈果夫、陈耀垣、于右任(实际未参加大会)。主席团组成说明，蒋、胡包办了大会。
国民党的三全大会，有两个主要的内容:
一、三全大会的宣言违背了国民党第一、第二次全国代表大会的纲领。公开指责孙中山先生的三大政策。把苏联称为“赤色帝国主义”。把孙中山先生称之为朋友，在北伐大革命中起先锋作用，把浴血奋战的中国共产党人，说成与军阀、帝国主义同样是北阀革命的对象。
二、三全大会不仅宣布开除国民党二大中央执监委员中的中国共产党人的国民党党籍，而且对真诚执行三大政策的国民党人士也分别予以开除或停止党籍的处分。如邓演达、彭泽如、路友于、徐谦、陈其援等人。相反，公然分裂国民党而被开除的西山会议派，却由大会作出决议，宣称:“因反共而开除党籍的同志，林森、张继、谢持、居正、邹鲁、沈定一等11人先行恢复党籍。大会于3月21日通过一项《奖慰蒋中正同志案》宣扬蒋介石的“功绩”。在国民党三全大会之前，国民党的公开文件中，没声称蒋介石是全党领袖。这是第一次把蒋介石树为全党的最高领袖。
在第三次全国代表大会上，蒋氏恩人的侄子、亲信陈果夫、陈立夫都被“选入”了国民党中央执行委员会。蒋介石自兼组织部长，陈果夫为副部长，陈立夫任秘书长。自此，国民党中央的党务大权，落在了陈果夫、陈立夫的手国。至此，“蒋家天下丁家党”变成了“蒋家天下陈家党”了，这就是所谓的“CC 派”的形成。
所谓CC，就是陈果夫、陈立夫的代词。因为英文拼陈字，是C字开头，所以就用两个C来代替二陈。也可以说这是二陈的绰号，显然是别人给起的，有不恭的味道，决非二陈自己的命名。”
国民党内追随蒋氏的基本队伍，是国民党右派。蒋氏的亲信，是出自同乡、同事、同族、同学、同门这5种人之中。蒋介石利用师生关系建立自己的黄埔军人嫡系，以控制军队;利用同乡、同门的关系，建立以陈果夫、陈立夫为首领的CC系，以控制党权。蒋氏依靠、指挥他这支基本队伍，开始了一系列扫除、打击反对派的活动。在整理各地党部时，派去建立党部的工作人员大多是CC系分子。在进行党员重新登记时，凡不是拥蒋分子，便以“共产党嫌疑”之名不给登记。凡愿跟随蒋介石，不问其是否有党籍或被开除党籍者，均接受他们到指定地点去登记。企图用这种办法，把国民党变为清一色的拥蒋派。
蒋介石的一系列动作，好似点燃了火药桶，国民党新军事集团的混战立即爆发了。
国民党新军事集团混战是以蒋、桂之间的战争拉开序幕的。
1929年2月22日，桂系的武汉政治分会发出决议，撤免鲁涤平的湖南省政府主席兼十八师师长职务。同时派叶琪的第九师，夏威的第七军向长沙进兵。
鲁涤平措手不及，慌忙乘外轮逃往南京。桂军控制了湖南，至此，桂系占据了两湖，接通了广西，势成能攻能守、可进可退，要与蒋介石较量一番。这就是所谓的“湘案”。
湘案发生在国民党三全大会前夕，蒋介石为了维持和平局面，把大会开成，夺取党权，不想立即动武，这是其一。其二，军事部署未就绪。其三，不知冯玉祥、阎锡山的态度。但是,蒋介石虽然忙于召开三全大会，也不会放松对付桂系。他与亲信精心策划了一个消灭桂系的计划。他们利用桂系的弱点，首先瓦解河北白崇禧部，然后拆散粤桂联盟。待这一套计谋得手后，待三全大会结束，再发兵征讨桂系主力，以求全胜。
蒋氏消灭白祟禧部的办法是，利用唐生智与桂系的矛盾，起用唐生智，驱逐白崇禧。
白崇禧带到河北的李品仙、廖磊两部原是唐生智的主力军，白崇禧既想长驻河北，又想向西北发展，这引起部下的不满。唐的部下都想早日回到湖南家乡，又都觉得当桂系的军官不光彩。蒋介石抓住这个矛盾，广泛传播唐生智将要复职的消息。唐生智在上海也活跃起来，派人向蒋介石表示竭诚拥护中央。蒋介石不但答应唐可重新指挥部队，还赏以巨款，并促其立即北上平、津，收回旧部。
此时蒋、桂之战已在弦上，白崇禧计划率部南下浦口，配合李宗仁部攻蒋。但此时部队已不听白的指挥，并到处张贴“打倒桂系!”“打倒白崇禧!”“欢迎唐总司令东山再起!”等标语。甚至把反桂迎唐的标语贴到北平、天津的火车车厢上。白崇禧在军中不能立足，化装由塘沽搭日轮逃走。说来也巧，这艘日轮刚刚把唐生智由上海载来，又把白崇禧载走了。
蒋桂战起，各实力派多为自己打算，3月29日，阎锡山发表通电，响应蒋介石的讨伐令。四川的刘湘为防止蒋介石以追击桂系为名进入四川，也声明讨桂。
冯玉祥在蒋桂战争中，采取两边应付的办法，桂系曾请冯协助反蒋，冯满口应允。蒋许给冯行政院长职位，冯为利所动，答应出兵14 万助蒋讨桂。但冯在兵下徐州时，印刷了大批讨逆布告，却不印所讨之逆为何人，只印“贪赃枉法，横征暴敛，屠杀民众，迫害青年”之类的罪名。他的用意是蒋、桂谁败，就在布告上填写谁的名字，并企图先于蒋介石占领武汉。冯玉祥的这种态度，不仅害了桂系，自己也遭到蒋氏的暗算，受到双方责难。
蒋氏于3月29日亲自担任总司令，到九江指挥作战，讨伐桂系。何应钦任总参谋长。共出动3个军:刘峙的第一军，朱绍良的第二军和朱培德的第三军，并有14艘舰艇配合作战。蒋氏在赴九江的前两天,即在3月27日,发出了邵力子主笔撰写的《讨逆昭告将士文》。在这篇檄文中写道:
“桂系军阀盘踞两广两湖之地盘，把持两广两湖之财政，劫持两广两湖之军队以自私，其割据行为已非一日，中央曲于优容，冀其悔悟，乃近复违背五中全会之规定，破坏编遣会议之决议，以肆行割据地盘之野心。五中全会规定政治分会不得以分会名又任免该特定区域内人员，而桂系军阀竟敢以武汉政治分会的名义把行任免湖南省政府主席及全部委员。编遣会议决议各部队应静候检阅，非得编委之命令不得擅自调动，而桂系军阀竟敢擅自调兵进攻湘赣。此种行为既超越中央所赋予政治分会之权利，复违背中央编遣会议之决议。其为破坏统一，已昭然若揭。(桂系军阀)在未参加革命以前,不仅徘徊观望，坐视成败，且阴谋阻止，肆意摧残。在参加革命以后，无时无地不投机取巧，以他人之牺牲，作自己之功绩，无时无地不挑拨离间，以消灭革命的武力，而扩充自己之地盘。总其过去行为，其阴谋狡诈恶毒险狠，实超出北洋军阀之上。中央以全国将士之努力，全国民众之后投，讨此叛逆，固不难一鼓而歼; 而桂系军阀反逆民主统一之潮流，肆行封建割据之暴行，更属自求死路，自取灭亡。”
蒋氏深知舆论能捣垮敌人的精神; 然而，蒋氏最拿手的办法是从对手内部收买叛将。蒋介石知道任何地方派系中都是派中有派，不可能没有矛盾。蒋介石采用以派制派的方针从内部分化瓦解，利用他手握中央大权的条件，许诺投靠者以高官厚禄，往往容易找到叛投者。这种办法瓦解对手能起到釜底抽薪的作用，见效甚快。
蒋氏进入武汉之后，封官犒赏，发给李明瑞部大批现金。电示湖南何键“肃清余孽，只问首恶，不问其他”。又在武汉召开的群众大会上，大骂叛逆。积武扬威，不可一世。蒋介石还在武汉单独召见了冯玉祥的部将韩复榘，蒋氏夫妇“盛情”款待。当面许韩任河南省主席职,并赠以数十万巨款，开始作瓦解冯部的工作。
从武汉败下来的桂系第四集团军的残部，在胡宗泽、陶钧、夏威的带领下，退到鄂西，想联络四川军阀杨森。蒋介石岂能容他们在鄂西立足，他命张发奎、朱绍良、夏斗寅部追击，同时发出招抚桂系的《告桂系军队书》，称:“官兵如带兵归来，各赏洋5元;官兵如为徒手来归的一律收容;如能杀了你叛逆长官来归的,必得重赏官级。杀了你连排长,赏银百元官升一级;杀了团营长赏银5百元，升2级;杀了师长总指挥来归的，赏银5千元，升3级。”顶不住蒋介石的武力与金钱双管齐下的手段，桂系第四集团军至此全部瓦解。”1929年始，蒋氏在形式上已完成了统一大业，国民党建立了全国性的政权。
1928年6月21 日，中央政治会议第154 次会议决议，已把北京市改名为北平市。这意思就是:全国只能是首都叫“京”，那就是南京市。