蔣氏對争奪黨權是很有經驗的。
1926年5月，他制造《整理黨務案》，打擊我黨，借機竊取了一部分黨權。
1927年4月，他提出“清黨”，屠殺共産黨人并從他控制的地區把我黨員全部驅逐出國民黨。
這次他故伎重演，又提出《整理各地黨部案》，以達到奪取國民黨全部黨權為目的。不過他這次打擊的對象不是共産黨，而是國民黨内的反對派。為了操縱國民黨第三次代表大會，國民黨中央第一八七次常務會通過決議，出席三大的代表不用選舉辦法産生，而一律采取固定與指派的方式。
蔣氏以上這些活動，引起國民黨内其他派系的強烈不滿。李宗仁躲在上海，馮玉祥不僅不到南京開會，反而于3月12日發表通電，辭去軍政部長職務。國民黨正面臨一場更大的分裂。
雖然出現這樣嚴重的不正常情況，蔣介石還是要堅持召開三大。蔣價石要充分地利用這暫短的形式上的統一時期，趕緊将最高的黨權抓到手，以便用中央的名義去鎮壓反對派。
1929年3月15日，國民黨三全大會開幕。主席團9人，即:蔣氏、胡漢民、譚延恺、孫科、朱永骅、古應芬、陳果夫、陳耀垣、于右任(實際未參加大會)。主席團組成說明，蔣、胡包辦了大會。
國民黨的三全大會，有兩個主要的内容:
一、三全大會的宣言違背了國民黨第一、第二次全國代表大會的綱領。公開指責孫中山先生的三大政策。把蘇聯稱為“赤色帝國主義”。把孫中山先生稱之為朋友，在北伐大革命中起先鋒作用，把浴血奮戰的中國共産黨人，說成與軍閥、帝國主義同樣是北閥革命的對象。
二、三全大會不僅宣布開除國民黨二大中央執監委員中的中國共産黨人的國民黨黨籍，而且對真誠執行三大政策的國民黨人士也分别予以開除或停止黨籍的處分。如鄧演達、彭澤如、路友于、徐謙、陳其援等人。相反，公然分裂國民黨而被開除的西山會議派，卻由大會作出決議，宣稱:“因反共而開除黨籍的同志，林森、張繼、謝持、居正、鄒魯、沈定一等11人先行恢複黨籍。大會于3月21日通過一項《獎慰蔣中正同志案》宣揚蔣介石的“功績”。在國民黨三全大會之前，國民黨的公開檔案中，沒聲稱蔣介石是全黨領袖。這是第一次把蔣介石樹為全黨的最高領袖。
在第三次全國代表大會上，蔣氏恩人的侄子、親信陳果夫、陳立夫都被“選入”了國民黨中央執行委員會。蔣介石自兼組織部長，陳果夫為副部長，陳立夫任秘書長。自此，國民黨中央的黨務大權，落在了陳果夫、陳立夫的手國。至此，“蔣家天下丁家黨”變成了“蔣家天下陳家黨”了，這就是所謂的“CC 派”的形成。
所謂CC，就是陳果夫、陳立夫的代詞。因為英文拼陳字，是C字開頭，是以就用兩個C來代替二陳。也可以說這是二陳的綽号，顯然是别人給起的，有不恭的味道，決非二陳自己的命名。”
國民黨内追随蔣氏的基本隊伍，是國民黨右派。蔣氏的親信，是出自同鄉、同僚、同族、同學、同門這5種人之中。蔣介石利用師生關系建立自己的黃埔軍人嫡系，以控制軍隊;利用同鄉、同門的關系，建立以陳果夫、陳立夫為首領的CC系，以控制黨權。蔣氏依靠、指揮他這支基本隊伍，開始了一系列掃除、打擊反對派的活動。在整理各地黨部時，派去建立黨部的從業人員大多是CC系分子。在進行黨員重新登記時，凡不是擁蔣分子，便以“共産黨嫌疑”之名不給登記。凡願跟随蔣介石，不問其是否有黨籍或被開除黨籍者，均接受他們到指定地點去登記。企圖用這種辦法，把國民黨變為清一色的擁蔣派。
蔣介石的一系列動作，好似點燃了火藥桶，國民黨新軍事集團的混戰立即爆發了。
國民黨新軍事集團混戰是以蔣、桂之間的戰争拉開序幕的。
1929年2月22日，桂系的武漢政治分會發出決議，撤免魯滌平的湖南省政府主席兼十八師師長職務。同時派葉琪的第九師，夏威的第七軍向長沙進兵。
魯滌平措手不及，慌忙乘外輪逃往南京。桂軍控制了湖南，至此，桂系占據了兩湖，接通了廣西，勢成能攻能守、可進可退，要與蔣介石較量一番。這就是所謂的“湘案”。
湘案發生在國民黨三全大會前夕，蔣介石為了維持和平局面，把大會開成，奪取黨權，不想立即動武，這是其一。其二，軍事部署未就緒。其三，不知馮玉祥、閻錫山的态度。但是,蔣介石雖然忙于召開三全大會，也不會放松對付桂系。他與親信精心策劃了一個消滅桂系的計劃。他們利用桂系的弱點，首先瓦解河北白崇禧部，然後拆散粵桂聯盟。待這一套計謀得手後，待三全大會結束，再發兵征讨桂系主力，以求全勝。
蔣氏消滅白祟禧部的辦法是，利用唐生智與桂系的沖突，起用唐生智，驅逐白崇禧。
白崇禧帶到河北的李品仙、廖磊兩部原是唐生智的主力軍，白崇禧既想長駐河北，又想向西北發展，這引起部下的不滿。唐的部下都想早日回到湖南家鄉，又都覺得當桂系的軍官不光彩。蔣介石抓住這個沖突，廣泛傳播唐生智将要複職的消息。唐生智在上海也活躍起來，派人向蔣介石表示竭誠擁護中央。蔣介石不但答應唐可重新指揮部隊，還賞以巨款，并促其立即北上平、津，收回舊部。
此時蔣、桂之戰已在弦上，白崇禧計劃率部南下浦口，配合李宗仁部攻蔣。但此時部隊已不聽白的指揮，并到處張貼“打倒桂系!”“打倒白崇禧!”“歡迎唐總司令東山再起!”等智語。甚至把反桂迎唐的智語貼到北平、天津的火車車廂上。白崇禧在軍中不能立足，化裝由塘沽搭日輪逃走。說來也巧，這艘日輪剛剛把唐生智由上海載來，又把白崇禧載走了。
蔣桂戰起，各實力派多為自己打算，3月29日，閻錫山發表通電，響應蔣介石的讨伐令。四川的劉湘為防止蔣介石以追擊桂系為名進入四川，也聲明讨桂。
馮玉祥在蔣桂戰争中，采取兩邊應付的辦法，桂系曾請馮協助反蔣，馮滿口應允。蔣許給馮行政院長職位，馮為利所動，答應出兵14 萬助蔣讨桂。但馮在兵下徐州時，印刷了大批讨逆布告，卻不印所讨之逆為何人，隻印“貪贓枉法，橫征暴斂，屠殺群眾，迫害青年”之類的罪名。他的用意是蔣、桂誰敗，就在布告上填寫誰的名字，并企圖先于蔣介石占領武漢。馮玉祥的這種态度，不僅害了桂系，自己也遭到蔣氏的暗算，受到雙方責難。
蔣氏于3月29日親自擔任總司令，到九江指揮作戰，讨伐桂系。何應欽任總參謀長。共出動3個軍:劉峙的第一軍，朱紹良的第二軍和朱培德的第三軍，并有14艘艦艇配合作戰。蔣氏在赴九江的前兩天,即在3月27日,發出了邵力子主筆撰寫的《讨逆昭告将士文》。在這篇檄文中寫道:
“桂系軍閥盤踞兩廣兩湖之地盤，把持兩廣兩湖之财政，劫持兩廣兩湖之軍隊以自私，其割據行為已非一日，中央曲于優容，冀其悔悟，乃近複違背五中全會之規定，破壞編遣會議之決議，以肆行割據地盤之野心。五中全會規定政治分會不得以分會名又任免該特定區域内人員，而桂系軍閥竟敢以武漢政治分會的名義把行任免湖南省政府主席及全部委員。編遣會議決議各部隊應靜候檢閱，非得編委之指令不得擅自調動，而桂系軍閥竟敢擅自調兵進攻湘贛。此種行為既超越中央所賦予政治分會之權利，複違背中央編遣會議之決議。其為破壞統一，已昭然若揭。(桂系軍閥)在未參加革命以前,不僅徘徊觀望，坐視成敗，且陰謀阻止，肆意摧殘。在參加革命以後，無時無地不投機取巧，以他人之犧牲，作自己之功績，無時無地不挑撥離間，以消滅革命的武力，而擴充自己之地盤。總其過去行為，其陰謀狡詐惡毒險狠，實超出北洋軍閥之上。中央以全國将士之努力，全國群眾之後投，讨此叛逆，固不難一鼓而殲; 而桂系軍閥反逆民主統一之潮流，肆行封建割據之暴行，更屬自求死路，自取滅亡。”
蔣氏深知輿論能搗垮敵人的精神; 然而，蔣氏最拿手的辦法是從對手内部收買叛将。蔣介石知道任何地方派系中都是派中有派，不可能沒有沖突。蔣介石采用以派制派的方針從内部分化瓦解，利用他手握中央大權的條件，許諾投靠者以高官厚祿，往往容易找到叛投者。這種辦法瓦解對手能起到釜底抽薪的作用，見效甚快。
蔣氏進入武漢之後，封官犒賞，發給李明瑞部大批現金。電示湖南何鍵“肅清餘孽，隻問首惡，不問其他”。又在武漢召開的群衆大會上，大罵叛逆。積武揚威，不可一世。蔣介石還在武漢單獨召見了馮玉祥的部将韓複榘，蔣氏夫婦“盛情”款待。當面許韓任河南省主席職,并贈以數十萬巨款，開始作瓦解馮部的工作。
從武漢敗下來的桂系第四集團軍的殘部，在胡宗澤、陶鈞、夏威的帶領下，退到鄂西，想聯絡四川軍閥楊森。蔣介石豈能容他們在鄂西立足，他命張發奎、朱紹良、夏鬥寅部追擊，同時發出招撫桂系的《告桂系軍隊書》，稱:“官兵如帶兵歸來，各賞洋5元;官兵如為徒手來歸的一律收容;如能殺了你叛逆長官來歸的,必得重賞官級。殺了你連排長,賞銀百元官升一級;殺了團營長賞銀5百元，升2級;殺了師長總指揮來歸的，賞銀5千元，升3級。”頂不住蔣介石的武力與金錢雙管齊下的手段，桂系第四集團軍至此全部瓦解。”1929年始，蔣氏在形式上已完成了統一大業，國民黨建立了全國性的政權。
1928年6月21 日，中央政治會議第154 次會議決議，已把北京市改名為北平市。這意思就是:全國隻能是首都叫“京”，那就是南京市。