前言
1943年，阿尔巴尼亚国内最主要的两股抵抗势力分别是共产党领导的“民族解放阵线”、由民族主义者和资产阶级等领导的“国民阵线”，此外还有阿巴斯库比领导的合法运动。
主要抵抗组织及其之间的分歧
民族解放阵线与国民阵线自成立起就存在尖锐矛盾。两个党派之间一个重要分歧是关于阿尔巴尼亚边界问题。首先是科索沃的归属问题。
共产党认为，当前国内人民的主要任务是赶走意大利侵略者，科索沃问题应该留在战后，等国内不存在其他外国势力时再进行解决，主张先将科索沃归还给南斯拉夫，因为此前英美苏三国都已公开发表宣言支持阿尔巴尼亚的自由和独立，届时，南斯拉夫共产党会迫于国际舆论压力和平地将科索沃归还给共产党领导下的新政权国家。
而国民阵线成员则呼吁人们应该为把科索沃纳入阿尔巴尼亚版图而战。因为南斯拉夫共产党曾派两名使者帮助建立了阿尔巴尼亚共产党，因此，后者一直被他的政敌认为是南斯拉夫共产党在国内的分部，其真正实权掌握在南斯拉夫人手里。
他们担心阿尔巴尼亚共产党会在战后将科索沃拱手让给南斯拉夫，指责共产党称为阿尔巴尼亚的叛徒，而共产党则指责国民阵线对战事的不作为甚至与轴心国勾结。其次是南部领土问题。
因曾经许诺希腊可以吞并阿尔巴尼亚南部的土地，英国外交大臣罗伯特安东尼·艾登在1942年12月颁布的关于国家战后独立的声明中表示“阿尔巴尼亚的战后问题是一个必须在和平协商中加以解决的问题:此外，在意大利法西斯的压力下，阿尔巴尼亚曾在1940年对希腊发起过战争。
希腊民族主义者以此指责阿尔巴尼亚关于南部领土的要求是不正义的。阿尔巴尼亚国内右翼民族主义者认为应通过武力来与希腊夺取领土而民族解放阵线则坚持应该将斗争对象锁定在意大利法西斯者身上，只有加入反法西斯阵营，阿尔巴尼亚战后的领土要求才会得到正视。
除此之外，双方在抵抗法西斯中的立场也有分歧。民族解放阵线的立场是无妥协地进行反法西斯斗争，而作为民族主义阵线建立的直接产物--国民阵线，是右翼民族主义者们担心共产党会在战后夺权而建立的组织，其主要的斗争对象是阿尔巴尼亚共产党而非意大利法西斯。
因此，在意大利法西斯占领期间，他们的抵抗活动并不积极。不仅如此，他们还期望待等民族解放阵线与意大利法西斯斗争两败俱伤时再采取行动，以求获得更多战果。一份美国关于阿尔巴尼亚抵抗活动的报道中称，国民阵线中的成员一直回避与意大利人或德国人作战。他们早期的主要政策是:“让盟军为我们战斗”。
无论战局如何，“绅士巴利斯塔”(民族解放阵线成员对其的称呼)都下决心不做真实抵抗。“他们可能会进行一些小型的狙击，或者是想象中的暗杀。这种状况被有些人称之为内战，但实际上，他们不会起来战斗。”“实际上，国民阵线的政策是等共产党势力与法西斯斗争两败俱伤时，自己坐收渔翁之利。
即“让我们现在组织起来，以后再打”，或者正如另一份报告所称，“当英国人登陆时，我们将在都拉斯采取行动”。而民族解放阵线的政策则是“让我们现在就组织起来，现在就战斗”以及“让我们继续战斗，只要阿尔巴尼亚领土上还有一名轴心国士兵”。
最后，双方的活动区域与形式也不同。民族解放阵线的游击队伍集中于城镇区域，他们行动迅速灵活，通常出其不意地破坏破坏敌方军事基础设施、并突袭意大利法西斯军官。但是，民族解放阵线的行动很少考虑其可能产生的后果。
意大利法西斯难以捕捉他们的行踪，便对平民实行报复，造成大量混乱与伤亡，结果是更多无家可归的人因痛恨意大利法西斯而加入游击队伍。相比之下，国民阵线的游击队，规模稍大于共产党游击队，活动采用传统农民起义运动模式。
相比前者，他们更注重于考虑特别军事行动对于伤害敌人的有效性，担心意大利有可能对他们的家庭和村庄展开报复行动，这使得他们在进行抵抗时十分谨慎。两者活动区域和斗争政治表现和组织方法的不同最终变得十分显著。
在 1943年意大利法西斯政权崩溃之前，两者关系虽然是敌对的，但仅仅限于开展一些宣传战。两者都有容易被对方利用的弱点:国民阵线攻击民族解放阵线的共产主义核心，指出其领导层中有不少外国人，因此如果共产党在战后掌权，那么阿尔巴尼亚很有可能被斯拉夫人所统治，失去其独立性，或者至少会损失科索沃。
民族解放阵线则反驳称，国民阵线不过是反对派的产物和法西斯的工具他们将自己伪装成爱国主义者，实则“脚踏两条船”，勾结占领者以图在战后掌握全部政权。
阿巴斯·库比领导的合法派在1943年成立，由阿尔巴尼亚保皇派和亲君主派组成，成员多分布于北部山区，特别是索古的故乡马蒂地区。他们主张战后恢复索古国王的统治。其领导人阿巴斯·库比是一名出色的游击队领袖，于1941年加入了民族解放阵线，但因与共产党在科索沃问题的上分歧，1943年《穆吉协定》被撕毁后，他离开民族解放阵线，并正式发起了旨在复辟索古国统治的“合法运动”
穆吉协定与两派的分裂
意大利投降后，其留在阿尔巴尼亚的军事和警察机构开始动摇。阿尔巴尼亚战士击溃了5个意大利师，意大利新兵纷纷加入游击队。以共产党为主的民族解放阵线控制了阿尔巴尼亚南部的除了发罗拉外的大部分城市。
1943年7月，民族解放阵线委员会要求国民阵线停止与意大利的合作，加入阿尔巴尼亚民族解放运动。8月1日至3日，双方在地拉那附近的穆吉村召开会议，并发表《穆吉协议》。
来自国民阵线的米哈尔·弗拉舍、哈桑·多斯蒂等以及来自民族解放阵线的穆斯塔法·吉尼什和于麦尔·迪什尼查以及阿巴斯·库比等参加了会议。经过协商，双方承诺走共同路线，建立名为阿尔巴尼亚救国委员会的革命政府，由国民阵线和民族解放阵线各派等数代表组成，由哈桑·多斯蒂领导，将发挥临时政府的作用。
同时，双方同意共同抵抗法西斯，直到阿尔巴尼亚获得自由。此外，代表们支持战后国家边界以“民族的阿尔巴尼亚”为基础，战后国家政权将由阿尔巴尼亚人民决定。但关于科索沃归属问题，双方的分歧最终未能解决。
《穆吉协定》引发了相当大的历史争议。这项会议及其协定未能维持太长的时间。按其规定，在战争结束后，应由阿尔巴尼亚公投来决定科索沃和察梅里亚的归属。这一条关于国家边界问题模糊不清的表述引起了南斯拉夫驻阿尔巴尼亚的代表斯托维扎尔·乌可马诺维奇·蒂普方的不满，他立即向民族解放阵线施压要求其拒绝该协议。
同时，该协议有将政权落入在抵抗运动中出力较少的国民阵线的手中。阿尔巴尼亚共产党认为代表团未能争取到其利益反而落入“敌人的圈套”，他们评价此协议为“违背了人民和祖国的利益......转移人民对反对占领者斗争的实现，造成一种建立在上层基础上讨价还价的假团结的印象”。
因此，3月17至22日，在拉比诺特举行的阿共第一次全国代表大会上，霍查正式谴责了这项协定。"贝恩德·费舍认为，这项协议对阿尔巴尼亚共产党不利，是因为该党的政策是通过破坏现有体制将抵抗与政治革命联系起来，而这一政策并非计划的一部分。
《穆吉协定》撕毁后，双方最后一次合作尝试也失败了。阿巴斯·库比放弃了建立统一战线的希望，决定离开民族解放运动，成立自己的政党--“合法派”。
1943年11月21日，库比发表了一项“合法性声明”，支持索古国王复辟，他声称这是大多数阿尔巴尼亚人的愿望。合法派发起了一场声势浩大的宣传运动，吹嘘阿尔巴尼亚君主的成就。此外，在还《阿特杜》报上发表索古和王室成员在伦敦海德公园散步的照片，以此怀念其统治的时代。