何为学院派？学院派中医一般都是理科出身，他们尊重科学，不愿意接受古代中医那一堆似是而非的理论，而是要将中医科学化。中医落到今天几近灭亡的地步，就和学院派中医有着密切的关系。因为他们代表着中医的形象，占据了国家主要的中医岗位，但他们却没有学会用中医理论治病，正是他们的无能让国民觉得中医不科学，是骗子，是可以被淘汰的东西，没有了国民的支持，中医的灭亡就是自然而然的事了！
有人可能会说，学院派立足现代，展望未来，不愿意追随古代，更不愿意象古代中医那样稀里糊涂的给人看病，难道不对吗？对不对，这就要看学院派中医和古代中医谁更接近真理！学院派自以为有了西方科学作后盾，是更接近真理的东西，可事实上真的是这样吗？
传统中医根源于哲学，有人总觉得哲学远不如科学，但事实上并不是如此，看看先贤们对哲学的评价就知道了，“哲学可以为所有自然科学之母”，“哲学是认识自然更锐利的武器”，“认识了自己，也就认识了自然”，“万物归一气，万物同一理，一通百通”。显然，哲学并不是空洞的设想，而是有着坚实的物质基础，它就是物质的统一性，在此基础上，我们就很容易认识到自然规律的本质，它并不是什么可观察的东西，因为万物分解到最后都是同一种叫不出名字的东西，它告诉我们不了任何答案，真正的自然规律只可能是一个物质的组织原理，或者说系统学规律。
中医表面上不科学，其实，它更接近了真理，原因很简单，先哲们很早就用统一的一种物质（气）有序（阴）和无序（阳）变换的规律解释了自然界的一切。这是一个什么样的规律呢？明眼人一看就知道，它就是一个标准的系统学规律，因为物质从无序向有序转化就是物质系统的产生，从有序向无序转化就是物质系统的灭亡，阴阳学说描述的就是物质系统产生、发展、壮大、衰退、灭亡的规律性。如果说揭示了自然最普遍规律的阴阳学说这不叫科学？那什么还叫科学？
可笑的是，学院派中医不仅认识不到中医内在的科学性，反而把西方科学奉为真理，并以此来试图改造中医，结果把中医的灵魂改没了，变成了“四不象”的东西，以并以教给下一代，长此以往，中医一代不如一代，最终将被国民所抛弃。
中医和西医的区别在哪？很多人并不清楚。其实，它们的区别本质上只有两点，一点是对人与自然关系的认识，一点是对整体与局部关系的认识。西医是靠精密仪器来认识人体，它一观察不到人与自然的关系，二观察不到整体与局部的关系，最终只观察到疾病和局部细胞病变的某种对应性，于是想当然地把疾病的原因归于局部的细胞病变。而中医呢？恰恰是建立对这两点关系的正确认识之上的。
中国先人根据万物在运动原理上的统一性，通过人体系统与地球系统之间的类比，不仅认识到了人与自然的关系，得出了疾病的外因是人与自然的矛盾激化，而且认识到了整体与局部的关系，得出了疾病的内因是不平衡引起的整体管理失控。
明白了中医的病因学，就知道中医本质上是一门恢复整体管理的学问，因为按照这个理论，只要恢复了整体的管理，病变细胞就会在整体力量的控制下改邪归正。
现在的学院派中医，一直站在西方科学基础上来认识中医，结果把中医的精髓弄丢了。比如，对阴阳学说的认识，站在西方科学原子说的基础上，阴阳就成了两种本质不同的东西，它们之间的关系就无从理解了。显然，中医和西医是两种完全不同的医学体系，它们认识人体的立足点就不一样，得出的结论当然就不一样。西医注重的是实体，而中医注重的是关系。而学院派中医恰恰更迷信精密仪器和实验，而忽视了精密仪器观察不到的关系，比如对经络学说的认识，按照中医学理论，它描述了人体以水为连续媒介的普遍联系，神经血管是其中的维束管道，它负责物质和能量的快速运输；十四经脉是其中半通透网路，它一面负责物质和能量的运输，一面向周围组织扩散；更深层的就是连续在全身的组织液，它负责着人体的普遍联系。这三者是一个密不可分的统一体。
可我们这些学院派中医呢？把神经和血管从经络系统中孤立出来，并试图去找什么经络的管子，其实，经络不过是人体组织液的循环通道，它隐藏在组织间隙当中，根本没有管子，找不到管子，使经络学说面临了危机。
现在的学院派中医，尤其是搞研究的那一帮教授、博士，一直用西医方法来研究中医，试图使中医科学化。可问题是，中医注重的是关系，而不是实体，用实体还原的方法就把关系弄丢了。
比如中药药理的研究，学院派中医一直是试图通过研究中药的化学成分来找到治病的原理，可他们不知道的是，中药的靶子不是西医学上的细胞，而是中医学上的经络，中医是通过药物对经络的疏堵来治病的，靶子都瞄错了，让他们再研究一百年，花上再多的经费，也认识不到中药的药理。