GenMine软件揭示独特基因密码，韩国青霉菌物种序列背后的科技应用
青霉菌是在生物学、工业和分类学等领域广泛研究的一类微生物，由于青霉菌具有不同的特性，科研人员常常使用不同特性的青霉菌进行研究。
准确鉴定青霉菌的物种级别，比较难以实现，这主要是因为青霉菌物种内部存在着变异，并且不同物种之间的形态特征相似，因此，对青霉菌物种进行正确鉴定，对于科学交流和验证来说非常关键。
研究人员引入了DNA序列鉴定方法，极大地推进了青霉菌的分类学，在真菌分类学中，内转录间隔区rDNA区域，被用作真菌界的通用DNA条形码标记，尽管ITS序列可以用于鉴定青霉菌的分类，但其对于近缘青霉菌物种的精确鉴定，仍显得分辨率不足。
由于易于扩增，在近缘物种之间，又具有足够的分辨能力，并且已在青霉菌物种中广泛应用，人们推荐使用β-微管蛋白，作为青霉菌物种鉴定的辅助标记，已提出使用ITS、BenA、钙调蛋白和RNA聚合酶II数据集等方式，进行联合系统描述新物种。
在分类学中，序列数据库，是分子物种鉴定的重要资源，GenBank是目前由美国国家生物技术信息中心提供的，最大、最广泛使用的公共序列库，也是美国国家医学图书馆的一个部门，其中存储了超过170,000个青霉菌核苷酸序列。
使用GenBank作为分子分类学研究的参考数据库，它的优势，在于能使样本数据与世界各地的综合序列进行比较，由于其易于获取和快速生成结果。
由于GenBank的开放访问提交系统，其中可能包含一些无效的青霉菌序列，如果这些序列被错误标识和编辑，就会在使用BLAST进行分类学研究时导致错误的鉴定结果。
为了解决这个问题，需要建立一个准确筛选青霉菌序列数据库，这样的数据库将确保在研究和鉴定青霉菌时，能够获得可靠和准确的结果。
近年来，韩国对青霉菌物种进行了许多研究，从海洋和陆地环境中，不断报告了大量新的未记录物种，韩国已报道了117种青霉菌物种，在先前的韩国青霉菌清单中，一些物种仅基于形态学或ITS序列进行了鉴定。
由于仅依赖ITS序列，GenBank中的许多韩国青霉菌记录被错误识别，先前的韩国青霉菌清单需要修订以进行精确鉴定。
通过网络爬虫方法，从GenBank核苷酸数据库中，收集了韩国青霉菌序列的GenBank记录，并通过基因名称在序列描述中进行筛选，通过自动词匹配收集到的非韩国记录，或非真菌记录，通过GenMine软件提供的作者和出版信息，进行手动检查和排除。
分析韩国青霉菌记录中，每个基因的组成和年度增量的元数据，避免来自同一标本的重复序列，收集到的记录，使用菌株名称进行了合并，以进行系统发育分析。
它可以稳定地从GenBank中抓取数据，对原始xml格式的GenBank记录数据，进行术语搜索，按基因名称进行排序，并将原始记录转化为表格数据。
使用青霉菌的模式物种序列，作为鉴定的参考数据集，与相关的蛋白编码基因相互印证的ITS序列，被用作额外的参考数据集，从GenBank中获取的韩国青霉菌菌株的ITS、BenA、CaM和RPB2序列，与参考序列使用MAFFT 7.453软件进行比对。
基于比对和修剪后的序列，构建最佳得分的最大似然树，采用GTRGAMMA模型和1000个引导重复样本选项，根据最大似然树的分支长度和引导值，重新鉴定韩国青霉菌序列，具有超过70%引导值支持，和分支长度超过0.002，0.01的支系通常被视为明显不同的支线。
对于比一般标准更窄或更广的青霉菌物种，应用对应物种的原始出版物进行鉴定解释，最终的重新鉴定结果组织成韩国青霉菌清单。
通过对韩国青霉菌序列与参考数据集进行比对，能够更准确地识别每个序列的物种身份，发现在先前的鉴定中，部分韩国青霉菌物种，基于形态学或ITS序列的鉴定存在错误，通过重新鉴定，能够纠正这些错误，并为这些物种提供正确的分类。
对韩国青霉菌序列与参考序列，进行了比对和分析，使用了MAFFT软件进行序列比对，并使用RAxML软件构建了最大似然树，通过分析这些树的分支长度和引导值，能够确定韩国青霉菌序列的物种分类和进化关系。
预计约有超过70%引导值支持和特定分支长度的分支，将被视为明显不同的物种，根据这些标准，能够精确地鉴定韩国青霉菌序列中的不同物种，并将其与已知物种进行比较，发现此前的韩国青霉菌清单，需要进行修订和更新完善。
经过重新鉴定，能够更全面地了解韩国青霉菌物种的多样性和分布情况，并为其正确分类和命名提供基础。
这些重新鉴定结果，不仅有助于增加对韩国青霉菌物种的了解，还可以为进一步的研究提供准确的分类和参考信息，通过使用GenMine软件，能够提供可靠和准确的物种信息，促进相关领域的科学研究和应用效率。
