GenMine軟體揭示獨特基因密碼，南韓青黴菌物種序列背後的科技應用
青黴菌是在生物學、工業和分類學等領域廣泛研究的一類微生物，由于青黴菌具有不同的特性，科研人員常常使用不同特性的青黴菌進行研究。
準确鑒定青黴菌的物種級别，比較難以實作，這主要是因為青黴菌物種内部存在着變異，并且不同物種之間的形态特征相似，是以，對青黴菌物種進行正确鑒定，對于科學交流和驗證來說非常關鍵。
研究人員引入了DNA序列鑒定方法，極大地推進了青黴菌的分類學，在真菌分類學中，内轉錄間隔區rDNA區域，被用作真菌界的通用DNA條形碼标記，盡管ITS序列可以用于鑒定青黴菌的分類，但其對于近緣青黴菌物種的精确鑒定，仍顯得分辨率不足。
由于易于擴增，在近緣物種之間，又具有足夠的分辨能力，并且已在青黴菌物種中廣泛應用，人們推薦使用β-微管蛋白，作為青黴菌物種鑒定的輔助标記，已提出使用ITS、BenA、鈣調蛋白和RNA聚合酶II資料集等方式，進行聯合系統描述新物種。
在分類學中，序列資料庫，是分子物種鑒定的重要資源，GenBank是目前由美國國家生物技術資訊中心提供的，最大、最廣泛使用的公共序列庫，也是美國國家醫學圖書館的一個部門，其中存儲了超過170,000個青黴菌核苷酸序列。
使用GenBank作為分子分類學研究的參考資料庫，它的優勢，在于能使樣本資料與世界各地的綜合序列進行比較，由于其易于擷取和快速生成結果。
由于GenBank的開放通路送出系統，其中可能包含一些無效的青黴菌序列，如果這些序列被錯誤辨別和編輯，就會在使用BLAST進行分類學研究時導緻錯誤的鑒定結果。
為了解決這個問題，需要建立一個準确篩選青黴菌序列資料庫，這樣的資料庫将確定在研究和鑒定青黴菌時，能夠獲得可靠和準确的結果。
近年來，南韓對青黴菌物種進行了許多研究，從海洋和陸地環境中，不斷報告了大量新的未記錄物種，南韓已報道了117種青黴菌物種，在先前的南韓青黴菌清單中，一些物種僅基于形态學或ITS序列進行了鑒定。
由于僅依賴ITS序列，GenBank中的許多南韓青黴菌記錄被錯誤識别，先前的南韓青黴菌清單需要修訂以進行精确鑒定。
通過網絡爬蟲方法，從GenBank核苷酸資料庫中，收集了南韓青黴菌序列的GenBank記錄，并通過基因名稱在序列描述中進行篩選，通過自動詞比對收集到的非南韓記錄，或非真菌記錄，通過GenMine軟體提供的作者和出版資訊，進行手動檢查和排除。
分析南韓青黴菌記錄中，每個基因的組成和年度增量的中繼資料，避免來自同一标本的重複序列，收集到的記錄，使用菌株名稱進行了合并，以進行系統發育分析。
它可以穩定地從GenBank中抓取資料，對原始xml格式的GenBank記錄資料，進行術語搜尋，按基因名稱進行排序，并将原始記錄轉化為表格資料。
使用青黴菌的模式物種序列，作為鑒定的參考資料集，與相關的蛋白編碼基因互相印證的ITS序列，被用作額外的參考資料集，從GenBank中擷取的南韓青黴菌菌株的ITS、BenA、CaM和RPB2序列，與參考序列使用MAFFT 7.453軟體進行比對。
基于比對和修剪後的序列，建構最佳得分的最大似然樹，采用GTRGAMMA模型和1000個引導重複樣本選項，根據最大似然樹的分支長度和引導值，重新鑒定南韓青黴菌序列，具有超過70%引導值支援，和分支長度超過0.002，0.01的支系通常被視為明顯不同的支線。
對于比一般标準更窄或更廣的青黴菌物種，應用對應物種的原始出版物進行鑒定解釋，最終的重新鑒定結果組織成南韓青黴菌清單。
通過對南韓青黴菌序列與參考資料集進行比對，能夠更準确地識别每個序列的物種身份，發現在先前的鑒定中，部分南韓青黴菌物種，基于形态學或ITS序列的鑒定存在錯誤，通過重新鑒定，能夠糾正這些錯誤，并為這些物種提供正确的分類。
對南韓青黴菌序列與參考序列，進行了比對和分析，使用了MAFFT軟體進行序列比對，并使用RAxML軟體建構了最大似然樹，通過分析這些樹的分支長度和引導值，能夠确定南韓青黴菌序列的物種分類和進化關系。
預計約有超過70%引導值支援和特定分支長度的分支，将被視為明顯不同的物種，根據這些标準，能夠精确地鑒定南韓青黴菌序列中的不同物種，并将其與已知物種進行比較，發現此前的南韓青黴菌清單，需要進行修訂和更新完善。
經過重新鑒定，能夠更全面地了解南韓青黴菌物種的多樣性和分布情況，并為其正确分類和命名提供基礎。
這些重新鑒定結果，不僅有助于增加對南韓青黴菌物種的了解，還可以為進一步的研究提供準确的分類和參考資訊，通過使用GenMine軟體，能夠提供可靠和準确的物種資訊，促進相關領域的科學研究和應用效率。
