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当他再次醒来时发现自己躺在手术台上。大卫告诉他，尽管他本来是不孕不育的，但他竟然怀孕了，而且已经有三个月了。然而他昨晚参与查理发生关系，这一切让萧博士感到困惑不已。众人纷纷察觉到孩子的异常，他们立即决定将萧博士冷冻起来，带回地球进行研究。
然而就在这关键时刻萧博士却突然发起了攻击，将所有人打倒在地。他忍受着剧痛艰难地逃到了医疗舱。现在他必须利用舱内的自动设备将自己体内的胎儿取出。随着手术的进行一个长着触手的畸形，怪物从他的腹中诞生了出来。看着怪物挣扎着，萧博士立即逃离了医疗舱，并启动了清除程序。他决心彻底消灭眼前的怪物。
与此同时之前被杀死的查理竟然复活了，他在飞船上展开了疯狂的杀戮。普通武器对他毫无效果，队友们很快遭受了惨重的伤亡。最后舰长及时出现挽救了局势，他们毫不犹豫的将查话德为了一堆灰飞烟灭。
逃离医疗室后肖博士匆忙的来到了一个隐秘的房间，在那里他意外的遇见了幕后老板，那个本应已经死去的人。随后他了解到了真相，原来老板的寿命已经所剩无几，因此他一直在飞船上休眠。直到不久前大卫发现了一个仍然存活的巨人。于是他决定寻找这个人类的创造者。
既然巨人能够创造人类，那么他们一定有办法拯救人类。老板渴望延续生命。为了实现他一直以来的梦想萧博士决定与他们一同前往。
就在萧博士准备出发时，舰长突然找到了他。原来舰长推测这颗星球只是巨人的一个军事基地，因为没有人会在自己的家门口进行危险实验。他分析巨人在制造铁罐时却意外的让里面的怪物逃了出来。于是双方最终都走向了毁灭的边缘，现在他们必须尽快离开这个地方。
肖博士无奈的向舰长透露了真相，只有找到那个仍然存活的巨人，他们才能揭开一切的谜团，然后顺利离开。于是肖博士和老板一起进入了遗迹，很快就找到了原型飞船。接下来大卫将唤醒最后一个存活的巨人，而巨人醒来后的第一反应竟然是呕吐，就像人类一样。老板立即让大卫询问如何才能继续生存。
而肖博士更想知道明明是他们创造了人类，为什么最终又要毁灭他们？
然而巨人没有回答这些问题，他只是轻轻地抚摸着大卫的脑袋。然而在下一秒巨人竟然直接杀死了大卫，接着老板也无法幸免于难，剩下的队员想要反击，然而手中的武器对巨人毫无效果，所有人最终都被轻松杀死。
只有萧博士察觉到危机提前逃离，巨人并未追赶他，而是直接启动了飞船的驾驶舱。在巨人的操控下一张宇宙星图立即显现出来，原来巨人计划启动飞船，带着62岁前往地球继续完成毁灭人类的任务。肖博士及时将巨人的意图告知舰厂，他们必须阻止这艘飞船，否则地球将面临彻底的毁灭。
艾娃意识到危险，立即命令舰长撤离。然而舰长经过一番思考后做出了另一个决定，他将伊娃的逃生舱弹射出去，然后下令启动推进器将整艘飞船变成一颗巨大的子弹。当巨人的飞船缓缓升空时，普罗米修斯号迅速释放了他的负载。紧接着两艘飞船在他们眼中迎头碰撞，造成了一场毁灭性的爆炸，普罗米修斯号瞬间化为乌有，而巨人的飞船也开始迅速坠落。
不幸的是逃离的时候艾娃被飞船压死，只有萧博士侥幸逃生，成为唯一的幸存者。他来到艾娃的逃生舱希望能利用那里的医疗设备治疗自己的伤势。然而他惊讶的发现之前的怪物并没有被消灭，而且他的身体已经变得巨大无比。这时他从耳麦中听到了大卫的声音。作为一个生化人，即使只有头颅，大卫仍然能够指引萧博士尽快离开。因为巨人正在追寻他们，然而一切都来不及了。
巨人已经破镜，萧博士毫不犹豫的打开了舱门准备面对未知的命运。怪物们突然涌出，这些专为杀戮而生的生物武器让巨人显得力不从心，最终被击倒在地。
当萧博士安全后，他从大卫口中得知这个星球上还有许多类似的飞船，可以带着萧博士一同返回地球。然而萧博士却拒绝了这个提议，他已经不想回到地球，而是决心寻找巨人的母亲。
揭开一切事情的真相。影片最后，博士和大卫驾驶着飞船离开，然而他们并不知道巨人体内竟然还有一只怪物苏醒了过来。
