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當他再次醒來時發現自己躺在手術台上。大衛告訴他，盡管他本來是不孕不育的，但他竟然懷孕了，而且已經有三個月了。然而他昨晚參與查理發生關系，這一切讓蕭博士感到困惑不已。衆人紛紛察覺到孩子的異常，他們立即決定将蕭博士冷凍起來，帶回地球進行研究。
然而就在這關鍵時刻蕭博士卻突然發起了攻擊，将所有人打倒在地。他忍受着劇痛艱難地逃到了醫療艙。現在他必須利用艙内的自動裝置将自己體内的胎兒取出。随着手術的進行一個長着觸手的畸形，怪物從他的腹中誕生了出來。看着怪物掙紮着，蕭博士立即逃離了醫療艙，并啟動了清除程式。他決心徹底消滅眼前的怪物。
與此同時之前被殺死的查理竟然複活了，他在飛船上展開了瘋狂的殺戮。普通武器對他毫無效果，隊友們很快遭受了慘重的傷亡。最後艦長及時出現挽救了局勢，他們毫不猶豫的将查話德為了一堆灰飛煙滅。
逃離醫療室後肖博士匆忙的來到了一個隐秘的房間，在那裡他意外的遇見了幕後老闆，那個本應已經死去的人。随後他了解到了真相，原來老闆的壽命已經所剩無幾，是以他一直在飛船上休眠。直到不久前大衛發現了一個仍然存活的巨人。于是他決定尋找這個人類的創造者。
既然巨人能夠創造人類，那麼他們一定有辦法拯救人類。老闆渴望延續生命。為了實作他一直以來的夢想蕭博士決定與他們一同前往。
就在蕭博士準備出發時，艦長突然找到了他。原來艦長推測這顆星球隻是巨人的一個軍事基地，因為沒有人會在自己的家門口進行危險實驗。他分析巨人在制造鐵罐時卻意外的讓裡面的怪物逃了出來。于是雙方最終都走向了毀滅的邊緣，現在他們必須盡快離開這個地方。
肖博士無奈的向艦長透露了真相，隻有找到那個仍然存活的巨人，他們才能揭開一切的謎團，然後順利離開。于是肖博士和老闆一起進入了遺迹，很快就找到了原型飛船。接下來大衛将喚醒最後一個存活的巨人，而巨人醒來後的第一反應竟然是嘔吐，就像人類一樣。老闆立即讓大衛詢問如何才能繼續生存。
而肖博士更想知道明明是他們創造了人類，為什麼最終又要毀滅他們？
然而巨人沒有回答這些問題，他隻是輕輕地撫摸着大衛的腦袋。然而在下一秒巨人竟然直接殺死了大衛，接着老闆也無法幸免于難，剩下的隊員想要反擊，然而手中的武器對巨人毫無效果，所有人最終都被輕松殺死。
隻有蕭博士察覺到危機提前逃離，巨人并未追趕他，而是直接啟動了飛船的駕駛艙。在巨人的操控下一張宇宙星圖立即顯現出來，原來巨人計劃啟動飛船，帶着62歲前往地球繼續完成毀滅人類的任務。肖博士及時将巨人的意圖告知艦廠，他們必須阻止這艘飛船，否則地球将面臨徹底的毀滅。
艾娃意識到危險，立即指令艦長撤離。然而艦長經過一番思考後做出了另一個決定，他将伊娃的逃生艙彈射出去，然後下令啟動推進器将整艘飛船變成一顆巨大的子彈。當巨人的飛船緩緩升空時，普羅米修斯号迅速釋放了他的負載。緊接着兩艘飛船在他們眼中迎頭碰撞，造成了一場毀滅性的爆炸，普羅米修斯号瞬間化為烏有，而巨人的飛船也開始迅速墜落。
不幸的是逃離的時候艾娃被飛船壓死，隻有蕭博士僥幸逃生，成為唯一的幸存者。他來到艾娃的逃生艙希望能利用那裡的醫療裝置治療自己的傷勢。然而他驚訝的發現之前的怪物并沒有被消滅，而且他的身體已經變得巨大無比。這時他從耳麥中聽到了大衛的聲音。作為一個生化人，即使隻有頭顱，大衛仍然能夠指引蕭博士盡快離開。因為巨人正在追尋他們，然而一切都來不及了。
巨人已經破鏡，蕭博士毫不猶豫的打開了艙門準備面對未知的命運。怪物們突然湧出，這些專為殺戮而生的生物武器讓巨人顯得力不從心，最終被擊倒在地。
當蕭博士安全後，他從大衛口中得知這個星球上還有許多類似的飛船，可以帶着蕭博士一同傳回地球。然而蕭博士卻拒絕了這個提議，他已經不想回到地球，而是決心尋找巨人的母親。
揭開一切事情的真相。影片最後，博士和大衛駕駛着飛船離開，然而他們并不知道巨人體内竟然還有一隻怪物蘇醒了過來。
