HPC应用软件安装《hmmer》

一、简介

HMMER通常与已构建好的HMM数据集一起使用，例如Pfam以及Interpro收纳的一些数据库。同时HMMER也可以像BLAST一样使用查询序列，对序列数据库（非HMM数据库）进行检索。例如，您可以使用phmmer将一条蛋白质序列检索序列数据库（类似于BLASTP了），也可以用jackhmmer进行迭代检索。

HMMER依靠其潜在概率模型的强度，旨在尽可能敏感地检测远程同源序列。在过去，这种能力需要消耗很大的计算资源，但是在新的HMMER3中，HMMER现在基本上和BLAST一样快。

HMMER可以作为命令行工具进行本地下载和安装，现在也可以通过EBI的服务器在线访问。

本地下载地址：http://hmmer.org/

在线版本：http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/

操作系统环境：centos7.6

软件下载：

wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
           

软件解压：

tar -xf hmmer-3.3.tar.gz
           

编译安装：

cd hmmer-3.3
./configure --prefix=/seu_share/apps/hmmer-3.3
make
make install
           

HMMER包含下面几个主要的程序:

phmmer： 与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；
jackhmmer： 与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；
hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；
hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；
hmmscan： 使用序列搜索HMM库；
hmmalign： 使用HMM为线索，构建多重比对序列；
hmmconvert： 转换HMM格式
hmmemit： 从HMM模型中，得到一个模式序列；
hmmfetch： 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；
hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；
hmmstat： 显示HMM数据库的统计信息；