HPC應用軟體安裝《hmmer》

一、簡介

HMMER通常與已建構好的HMM資料集一起使用，例如Pfam以及Interpro收納的一些資料庫。同時HMMER也可以像BLAST一樣使用查詢序列，對序列資料庫（非HMM資料庫）進行檢索。例如，您可以使用phmmer将一條蛋白質序列檢索序列資料庫（類似于BLASTP了），也可以用jackhmmer進行疊代檢索。

HMMER依靠其潛在機率模型的強度，旨在盡可能敏感地檢測遠端同源序列。在過去，這種能力需要消耗很大的計算資源，但是在新的HMMER3中，HMMER現在基本上和BLAST一樣快。

HMMER可以作為指令行工具進行本地下載下傳和安裝，現在也可以通過EBI的伺服器線上通路。

本地下載下傳位址：http://hmmer.org/

線上版本：http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/

作業系統環境：centos7.6

軟體下載下傳：

wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
           

軟體解壓：

tar -xf hmmer-3.3.tar.gz
           

編譯安裝：

cd hmmer-3.3
./configure --prefix=/seu_share/apps/hmmer-3.3
make
make install
           

HMMER包含下面幾個主要的程式:

phmmer： 與Blastp類似，使用一個蛋白質序列搜尋蛋白質序列庫；
jackhmmer： 與psiBlast類似，蛋白質序列疊代搜尋蛋白質序列庫；
hmmbuild： 用多重比對序列建構HMM模型；
hmmsearch： 使用HMM模型搜尋序列庫；
hmmscan： 使用序列搜尋HMM庫；
hmmalign： 使用HMM為線索，建構多重比對序列；
hmmconvert： 轉換HMM格式
hmmemit： 從HMM模型中，得到一個模式序列；
hmmfetch： 通過名字或者接受号從HMM庫中取回一個HMM模型；
hmmpress：格式化HMM資料庫，以便于hmmscan搜尋使用；
hmmstat： 顯示HMM資料庫的統計資訊；