天天看点

使用ambertool安装gmx_mmpbsa

1. Ambertool安装

使用的环境:module load

  1. compiler/devtoolset/7.3.1
  2. mpi/openmpi/4.1.1/gcc-7.3.1
  3. compiler/cmake/3.23.1

解压,目录内容:

使用ambertool安装gmx_mmpbsa

进入amber22_src/build目录,vim run_cmake,根据需要修改一些选项:打开mpi和使用conda

使用ambertool安装gmx_mmpbsa

./run_cmake

make install -j 6

使用ambertool安装gmx_mmpbsa

amber.python是我们安装gmx_mmpbsa需要的工具,source amber.sh

2. 接下来安装gmx_mmpbsa

./amber.python -m pip install PyQt5

./amber.python -m pip install gmx_mmpbsa

可执行程序路径在:amber22/miniconda/bin里:

使用ambertool安装gmx_mmpbsa