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使用ambertool安裝gmx_mmpbsa

1. Ambertool安裝

使用的環境:module load

  1. compiler/devtoolset/7.3.1
  2. mpi/openmpi/4.1.1/gcc-7.3.1
  3. compiler/cmake/3.23.1

解壓,目錄内容:

使用ambertool安裝gmx_mmpbsa

進入amber22_src/build目錄,vim run_cmake,根據需要修改一些選項:打開mpi和使用conda

使用ambertool安裝gmx_mmpbsa

./run_cmake

make install -j 6

使用ambertool安裝gmx_mmpbsa

amber.python是我們安裝gmx_mmpbsa需要的工具,source amber.sh

2. 接下來安裝gmx_mmpbsa

./amber.python -m pip install PyQt5

./amber.python -m pip install gmx_mmpbsa

可執行程式路徑在:amber22/miniconda/bin裡:

使用ambertool安裝gmx_mmpbsa