哥斯拉怪兽大战金刚。
酷嗤一下捅破了天空。这才明白自己一直被隔离在人类的生态圈中，而这一切都是为了防止哥斯拉感应到金刚的存在，毕竟一山不容二虎。但如今的金刚已经长大，无法继续在这里生活。而科学家经过多年研究也终于找到了金刚的老家地心空洞，里面还蕴藏着飞一般的能量。
科学家决定将金刚送回原本的家。只见金刚被铁锁绑住，躺在军舰甲板上，吃着人类提供的海鲜，多艘军舰与电视机一同互送。但事情真的这么简单吗？与此同时，多年未现世的哥斯拉突然从深海中冒了出来，在城市中大肆破坏。军方派出战斗机前往围攻，但都招架不住。
只见他朝阿派克斯公司跑去，发射出原有是阿派克斯公司里面的神秘激情，触发了哥斯拉神经导致。原来上榜他们一直在利用远古哥斯拉研制属于自己的机器哥斯拉，并由人类在里面进行操控他的行为，以此控制世界。其强烈悍的战斗力同样可以发出原材料能。
但就目前来说，由于缺乏哥斯拉世界的原子能物质结构不太稳定，所以丧彪策划利用将金刚送到地心世界的机会夺取其中的能源。而此时的金刚正在前往地心世界的海上，但由于两大泰坦的相互感应十分敏感，金刚很快感受到了老对手哥斯拉正在过来，开始暴怒起来，军舰见状也开始向哥斯拉发起攻击，试图击退他的前往。但这对于皮糙肉厚的哥斯拉来说也就挠挠痒，没多久就直接撞上了护送金刚的军舰，直传而过。
没多久哥斯拉就朝着金刚所在的军舰冲撞了。军舰瞬间发生倾斜，远处的军舰也开始向哥斯拉发起攻击，试图帮助金刚解除危险。
小熊灵机一动了金刚的铁索，随后两大泰坦怪兽互撕起来，水下显然不是金刚的领地，最后用他那铁头弓挣脱束缚，艰难的爬到船上。为了更好的打败哥斯拉，金刚跳到了另一艘更为庞大的军舰上，哥斯拉也随之追来。
哥斯拉与金刚在海上的每次对决谁强谁弱。飞机军舰也前来帮助金刚，随后金刚趁机一拳将哥斯拉打到水里。但怎么样，海水瞬间变黑，吓得金刚四处躲避。只见哥斯拉师展出他的终极绝招，释放出他那原子能直冲云霄，再次坠落到海里的金刚，再次与哥斯拉厮打一起。
显然金刚在水里不是他的对手，金刚猛踹一脚，试图逃跑，但再次被哥斯拉拽了回去。船上的人类很是担心，于是决定释放水弹，以转移哥斯拉的注意力。只见无数导弹射向水里，海面冒出雪花，没多久一只大手伸出水面，金刚刚逃出魔爪，瘫坐在军舰上。而哥斯拉则被远处的导弹吸引走了。为了摆脱哥斯拉的再次袭击，所有军舰关闭信号，假装自检自检，哥斯拉以为金刚已经挂掉了，才得以放手。这一战哥斯拉完胜。
眼看水流已经行不通，众人不得不采用空气将金刚用吊绳挂住，运送到了寒冷的南极，来到了地心入口处，但金刚迟迟不愿进去。好在他最信任的小女孩告诉他，那里可能有他的家人，金刚才飞速向地心方向跑去。随后女主小新带着女孩一同乘坐地心飞船前往。
没多久他们来到了传说中的地心世界，这也是金刚的老家，完全与人类的世界隔绝，拥有着完美的气候条件，天堂般的生态圈。就在这时，一只飞鸟突然张开大嘴巴向人类袭击而已。在金刚一手抓了过去将它猛烈地摔在地上，然后又利用他猛打另一只袭击而来的飞鸟，但这彻底击落他。一口下去咬住了金刚牢牢的缠绕住身体，然后又利用他强大的武力将金刚蒙住试图憋死他。好在人类战机向飞鸟发起了攻击，金刚刚得可以解脱，将他撕得稀巴烂以解心头之恨。最后还不忘保持一点，似乎很好吃的江米。
男人继续前行没多久来到一个山洞前，金刚将手放入石门上的手掌上，推开大门。映入眼前的是一个古老宏伟的宫殿，就连金刚站在这里都显得渺小，他向里面走去。地上到处都是上古残骸，可见曾经的金刚与哥斯拉也经历过一场恶战，而他的同类早已经不在了。
随后他发现了一把巨大的战斧形状如同哥斯拉背部，好奇的拿起他继续向前走去，发现了一个凹下去的地面，外形与战斧咬合，他将战斧放了进去。随后周围散发出原子能蓝色光芒，阿派克斯公司的人见状也派出机器人盗取其中的能量波，准备将原子能结构上传到总部，以制造造出一样的能量供给自己的机器哥斯拉。
与此同时远在地球表面的哥斯拉也感受到了原子能的存在。只见他扬起头来一喷而下，体内的原子能直射地面，穿透了半个地球直达地形。两个巨无霸相视而望。只见金刚拿起战斧爬向地心通道，准备与哥斯拉决一死战。此事宫殿也开始晃动起来，女主小心和小女孩也趁机逃了出去。很快哥斯拉大战金刚的好戏即将在香港上演。似乎怪兽打架总会在香港上演。只见金刚一锤子下去砸向哥斯拉，哥斯拉一个躲闪战锤砸到了大楼上。随后哥斯拉又趁机掐住金刚挣脱束缚后的金刚一个下垂，试图阻止哥斯拉再次喷射出原图，紧捏住他的大嘴巴。
随后金刚又猛烈暴打哥斯拉，使他没有反击的机会再来一脚踹到一边。站起来的哥斯拉试图喷射远跑不了被金刚捅了嗓子，但很快被哥斯拉挣脱了束缚，然后哥斯拉再次喷射出原子弹，金刚刚用战斧抵挡，但不料被哥斯拉用蛮力将金刚推倒在海边。
