人工智能的崛起。
如果有一天人类成为了机器的奴隶，自然繁殖的特征被完全剥夺，每个人都只能让一群机器把人类养殖到动物园中。一旦胚胎发育到合适的时间，他们将被专门负责收集的机器人逐一收集。经过机器筛选，被贴上合格标签的人将在这个超大矩阵中度过一生。
矩阵将收集人类产生的生物电能作为机器功能，其中所有被机器淘汰或即将死亡的人都会被机器无情的抛弃。然后像充排泄物一样直接将人类视为垃圾。
随着下水道废弃的人类将进入回收中心，然后通过机器碾压合成转化为黑色液体，最终成为促进下一代生长的营养物质。为了更好的控制和研究人类，这些机器专门创造了一个虚拟世界，让人们认为这个世界是一个真实的世界，男主就是其中之一。他白天在公司工作，晚上翻墙查资料。
作为黑客，这一天他在国家安全网上发现了一个奇怪的人。这个女人不仅可以一个人对付两组警卫队，还可以跳过移动。面对卡车的追击他不得不冲进卡车撞击的电话厅。但是当追踪的IBI下车搜索时他突然消失了。
然而有一天男主人独自去了酒吧，原来消失的女人突然出现了，并主动告诉男主人世界被举证控制，一切都是假的，但没有告诉男主人举证什么。等到第二天男主再去上班时候就被一群警察盯上，他们把男主带到了一个秘密基地。
警卫队长拿出一堆记录男主多年来作为黑客记忆的文件，男主人刚想反驳，却发现自己的嘴已经被封住了。在恐惧中他没有时间做出反应，被警卫压在桌子上。然后一个警卫拿出一个药丸，药丸在很短的时间内变成了昆虫。当面无表情的警卫放下昆虫时他的触须很快锁定了肚脐的位置，不顾男主人的痛苦，他完全消失在男主人身上。
在恐慌中男人突然从睡梦中醒来，当他怀疑刚才的一切是否是梦时，电话铃突然响起。一个忐忑不安的男人接起了电话，一个自称墨菲斯的男人说他可以帮助他，怀疑中他还是来到了约定的地方。还是以前的女人来迎接他，只是他一上车就被一把枪抵住了。
然后女人拿起一根巨大的吸管，瞄准男人的肚脐，启动了仪器。看到皮肉立刻快速移动，在剧烈的疼痛传导下，男人甚至无法控制咆哮。女人抓住机会按下按钮，平静的把昆虫吸出去，闪烁红光的药丸也完全失效。女人想带她去见她，就是墨菲斯之前打电话给她的那个人，她是反抗军的统领。
她告诉男主，虽然世界表面上是1999年，但实际时间应该在2099年附近。由于21世纪人工智能的不断发展，最终机器人集体觉醒。在那场战争中，人类彻底失败最终沦为机器的傀儡。但他们中的一些人提前意识到，这个世界是一个由机器控制的虚拟世界。而现在男主尼奥就是那个至关重要的人物。
为了尊重尼奥的选择，她拿出两个药丸，选择绿色意味着忘记一切继续生活。选择红色意味着把尼奥带入现实世界。尼奥毫不犹豫的选择了红色。随着疗效开始发挥作用，原来破碎的镜子慢慢恢复，变成不知名的营业包裹着她，恐惧在传播之前就侵入了她的全身。
血色培养敏赤裸的身体突然醒来，在透明的粘液中，人影立刻坐了起来。但她终于拔出了嘴里的气体，落入她眼中的是不可思议的。看到她周围挤满了像她这样的人。
