1644年3月17日，闯王李自成率领的大顺农民军将北京城团团围住，并让投降的官员给崇祯皇帝带去消息：大明国运已尽，望崇祯能主动禅位于李自成，李自成保证崇祯帝生命安全，并保全朱家皇陵宗庙。
此时的崇祯还在等着吴三桂的关宁铁骑，如果吴三桂的关宁铁骑能够在十日内赶回北京勤王护驾，加上山西、山东、河北的军队，朝廷还是有希望把李自成剿灭在北京城下，再来一次于谦版的北京保卫战犹未可知。
而此时的吴三桂早已接到崇祯皇帝的圣旨，但是北京城已经被围，如果此时自己赶去北京，虽然有可能救出皇帝，但是自己的关宁铁骑也会受到损失，并且自己身后的八旗军虎视眈眈，一旦大军开拔，恐遭多尔衮偷袭，如若救驾不利，自己将失去根据地，于是吴三桂选择了作壁上观。
3月18日，崇祯皇帝得到锦衣卫密报，吴三桂按兵不动。
知道大势已去的崇祯皇帝立刻找来众大臣和自己的三个皇子，并昭告群臣，护送三个皇子去南京，由太子朱慈烺监国，自己留守北京等待各地勤王军队。
众大臣都知道这只是皇帝的说辞，北京被围，附近的军队主帅都持观望态度，如果李自成灭了崇祯，那么这些手握重兵的主帅可以向李自成讨一个好前程，朱家王朝覆灭已经是不可避免了。
安排完太子南渡后，崇祯帝携太监王承恩前往宗庙进行了最后的祭祀，崇祯一直想不明白，自己兢兢业业的工作，怎么就把在祖宗的江山社稷给弄丢了。
是夜，李自成没有得到崇祯帝的禅让承诺，怕夜长梦多，于是发起了总攻，崇祯帝自感无言面对列祖列宗，在煤山上吊殉国。
李自成进入北京后得知太子朱慈烺失踪，立刻派人寻找。
同时迅速派出使节，昭告吴三桂大明王朝结束，大顺政权建立，希望吴三桂归附大顺。
吴三桂也得知了崇祯皇帝自杀殉国的消息，同时也得知北京的文武官员对改朝换代没有太大的反应，于是决定改旗易帜，归附大顺，继续镇守山海关。
然而事与愿违，李自成竟然临幸了陈圆圆。要知道，陈圆圆可是吴三桂的挚爱。
本想接受李自成招安的吴三桂一时难以接受，当得知太子朱慈烺南渡后，决定与多尔衮合作，打着为崇祯皇帝报仇的旗号，带领八旗军队一路浩浩荡荡的杀向李自成。
李自成也组织了农民军与吴三桂和多尔衮决战，奈何农民军是一群乌合之众，根本不是关宁铁骑和八旗军的对手，只四十天，李自成便败退出北京。
而多尔衮见中原王朝群龙无首，朱明皇室成员被李自成杀戮殆尽，太子朱慈烺下落不明，于是便昭告天下，替崇祯皇帝报了仇，同时太子朱慈烺已死，不得已，继承大明衣钵，立福邻为帝，年号顺治。
南京方面在得到北京城破崇祯皇帝殉国的消息时，也倍感意外，一个小小的李自成竟然把大明朝给灭了，当得知吴三桂率领清军要为崇祯报仇时，并打败了李自成时，还觉得吴三桂是一个忠臣，然而当又得知多尔衮立福临为帝时，大家才发现事情已经超出了大家的想象。
一个异族竟然在中原大地上建立起王朝，这不就是亡国吗？如果李自成当了皇帝，顶多是换了一家人当皇帝，但皇帝还是汉人，但是现在满人当了皇帝，大家是万万不能接受的。
然而现在的情况是崇祯皇帝已死，太子朱慈烺下落不明，大明各地军队处于群龙无首的状态，并且清兵已经占领了北方，开始往长江以南进发。
国不可一日无主，太子既然失踪，那么只能从在江南的众多王爷中选出一位继任大统，带领大家抗清了。
史可法、卢象升等南京官员选取了福王、唐王、鲁王等三位王爷，准备从这三个王爷中选择一位继承大统，然后带领大家一起抗清。
然而这三位王爷都不是崇祯皇帝的嫡系子孙，在法统上三人地位一样，立谁为帝，都会招致另外两方的不满，围绕正统、法统之争，南明一直难以重立新君。
正在这时，太子朱慈烺经过一年的逃亡，终于到达了南京，而朱慈烺的两位弟弟为了掩护哥哥到达南京，纷纷被清军杀害，朱慈烺化装成乞丐，在贴身太监的帮助下，没有从北京直接南下，而是选择西去陕西，南下四川，顺着长江才来到的南京。
太子朱慈烺的出现，加上崇祯皇帝临终时命令太子监国，朱慈烺顺利登基，并且在史可法的协助下开始了抗清大业。
朱慈烺登基后的第一件事便是昭告全国，大明太子没有死，已经在南京继位，同时号召被大顺军和清军冲散的明军归附南京。
其次就是有感于崇祯皇帝没钱打仗，致使士兵粮饷不足，而李自成攻破北京时，从王公贵族手里搜出大笔银子，朱慈烺直接下令抄了已经投降清朝官员的南方的家，共得白银2亿两。
有了这两亿两白银，朱慈烺在史可法的帮助下重新组建了神机营和五军营，并且从盘踞台湾的荷兰那里购买了先进的红衣大炮。
清军打到长江，南明政权岌岌可危，在南明众将士舍生忘死的奋战下，终于将清兵阻挡在长江边，双方形成对峙之势。
长江战役的胜利，使得南明政权得以稳定下来。
由于清朝让汉人剃发，严重违背了汉族的意愿，之前造反的李自成残部、张献忠残部也看清了清朝的真正面目，纷纷接受南明改编。
在得到充分的休整之后，朱慈烺开始在江南招募新军，同时在江南大造战船，等待时机成熟后开启北伐。
于此同时，南明招降了郑芝龙的海盗船队，任命郑芝龙为水师提督，其子郑成功为水师招安使，前往越南、菲律宾招募雇佣军。
南明三年，朱慈烺接受史可法建议，派特使出使安南、吕宋、占婆、马六甲、朝鲜，以宗主国的身份要求派兵协助朝廷北伐，罗马的天主教廷也授权荷兰、葡萄牙、西班牙派兵帮助明朝北伐。
日本国更是答应明朝北伐是可以出动500条战船协助，明朝甚是感激，但婉拒了日本的请求。
对内，南明朝廷派出秘密特使，联络北方汉族将领，对他们在崇祯帝殉国时作壁上观的行为既往不咎，只要能在北伐时反正依旧可以保证原来的地位。
经过五年的等待，南明八年春，朱慈烺二十四岁，北伐正式开始。
明朝60万新军横渡长江，在向导的带领下，兵分三路，西路走四川，拿下陕西，进入山西，直逼北京，中路由武汉出发，拿下河南、进入河北，进逼北京，东路军则由安徽出发，下山东，进逼北京。
海上则有郑成功率领2000艘战船的庞大舰队，沿黄河、渤海从辽东半岛登陆，与朝鲜20万人马合兵一处，陈兵沈阳，阻断清军逃回老家的退路。
三路人马势如破竹，所过之地皆望风而降，犹如徐达北伐，只用了半年时间便打到了北京城下。
多尔衮想不到入住中原才八年就要退回老家，不甘心失败的多尔衮命令吴三桂、尚可喜、耿精忠与明军决一死战，自己则赶紧携带福临北逃。
吴三桂、尚可喜、耿精忠见大势已去，多尔衮又逃跑，只能命令手下放下武器投降。
多尔衮一路沿着山海关逃回关内，妄图依靠山海关与大明继续周旋，但是当他进入关内时，郑成功率领人马已恭候多时。
中朝联军在郑成功的指挥下，大战三天三夜，终于将多尔衮斩于马下。并生擒福临。
南明九年，朱慈烺还都北京，在天坛举行了盛大的祭天仪式，并将崇祯皇帝重新安葬。
并大封有功之臣，史可法任兵部尚书、郑成功接任父亲任大明水师提督。
吴三桂、尚可喜、耿精忠赐死，其余反正人员既往不咎。
而对于生擒的福临，朱慈烺则把他流放到大明藩属国缅甸。
之后数年，在史可法、郑成功的辅佐下，大明国力强盛，人民富足，大明宝船更是向东行驶，发现了一块美丽的大陆，朱慈烺特命名为美洲。