1644年3月17日，闖王李自成率領的大順農民軍将北京城團團圍住，并讓投降的官員給崇祯皇帝帶去消息：大明國運已盡，望崇祯能主動禅位于李自成，李自成保證崇祯帝生命安全，并保全朱家皇陵宗廟。
此時的崇祯還在等着吳三桂的關甯鐵騎，如果吳三桂的關甯鐵騎能夠在十日内趕回北京勤王護駕，加上山西、山東、河北的軍隊，朝廷還是有希望把李自成剿滅在北京城下，再來一次于謙版的北京保衛戰猶未可知。
而此時的吳三桂早已接到崇祯皇帝的聖旨，但是北京城已經被圍，如果此時自己趕去北京，雖然有可能救出皇帝，但是自己的關甯鐵騎也會受到損失，并且自己身後的八旗軍虎視眈眈，一旦大軍開拔，恐遭多爾衮偷襲，如若救駕不利，自己将失去根據地，于是吳三桂選擇了作壁上觀。
3月18日，崇祯皇帝得到錦衣衛密報，吳三桂按兵不動。
知道大勢已去的崇祯皇帝立刻找來衆大臣和自己的三個皇子，并昭告群臣，護送三個皇子去南京，由太子朱慈烺監國，自己留守北京等待各地勤王軍隊。
衆大臣都知道這隻是皇帝的說辭，北京被圍，附近的軍隊主帥都持觀望态度，如果李自成滅了崇祯，那麼這些手握重兵的主帥可以向李自成讨一個好前程，朱家王朝覆滅已經是不可避免了。
安排完太子南渡後，崇祯帝攜太監王承恩前往宗廟進行了最後的祭祀，崇祯一直想不明白，自己兢兢業業的工作，怎麼就把在祖宗的江山社稷給弄丢了。
是夜，李自成沒有得到崇祯帝的禅讓承諾，怕夜長夢多，于是發起了總攻，崇祯帝自感無言面對列祖列宗，在煤山上吊殉國。
李自成進入北京後得知太子朱慈烺失蹤，立刻派人尋找。
同時迅速派出使節，昭告吳三桂大明王朝結束，大順政權建立，希望吳三桂歸附大順。
吳三桂也得知了崇祯皇帝自殺殉國的消息，同時也得知北京的文武官員對改朝換代沒有太大的反應，于是決定改旗易幟，歸附大順，繼續鎮守山海關。
然而事與願違，李自成竟然臨幸了陳圓圓。要知道，陳圓圓可是吳三桂的摯愛。
本想接受李自成招安的吳三桂一時難以接受，當得知太子朱慈烺南渡後，決定與多爾衮合作，打着為崇祯皇帝報仇的旗号，帶領八旗軍隊一路浩浩蕩蕩的殺向李自成。
李自成也組織了農民軍與吳三桂和多爾衮決戰，奈何農民軍是一群烏合之衆，根本不是關甯鐵騎和八旗軍的對手，隻四十天，李自成便敗退出北京。
而多爾衮見中原王朝群龍無首，朱明皇室成員被李自成殺戮殆盡，太子朱慈烺下落不明，于是便昭告天下，替崇祯皇帝報了仇，同時太子朱慈烺已死，不得已，繼承大明衣缽，立福鄰為帝，年号順治。
南京方面在得到北京城破崇祯皇帝殉國的消息時，也倍感意外，一個小小的李自成竟然把大明朝給滅了，當得知吳三桂率領清軍要為崇祯報仇時，并打敗了李自成時，還覺得吳三桂是一個忠臣，然而當又得知多爾衮立福臨為帝時，大家才發現事情已經超出了大家的想象。
一個異族竟然在中原大地上建立起王朝，這不就是亡國嗎？如果李自成當了皇帝，頂多是換了一家人當皇帝，但皇帝還是漢人，但是現在滿人當了皇帝，大家是萬萬不能接受的。
然而現在的情況是崇祯皇帝已死，太子朱慈烺下落不明，大明各地軍隊處于群龍無首的狀态，并且清兵已經占領了北方，開始往長江以南進發。
國不可一日無主，太子既然失蹤，那麼隻能從在江南的衆多王爺中選出一位繼任大統，帶領大家抗清了。
史可法、盧象升等南京官員選取了福王、唐王、魯王等三位王爺，準備從這三個王爺中選擇一位繼承大統，然後帶領大家一起抗清。
然而這三位王爺都不是崇祯皇帝的嫡系子孫，在法統上三人地位一樣，立誰為帝，都會招緻另外兩方的不滿，圍繞正統、法統之争，南明一直難以重立新君。
正在這時，太子朱慈烺經過一年的逃亡，終于到達了南京，而朱慈烺的兩位弟弟為了掩護哥哥到達南京，紛紛被清軍殺害，朱慈烺化裝成乞丐，在貼身太監的幫助下，沒有從北京直接南下，而是選擇西去陝西，南下四川，順着長江才來到的南京。
太子朱慈烺的出現，加上崇祯皇帝臨終時指令太子監國，朱慈烺順利登基，并且在史可法的協助下開始了抗清大業。
朱慈烺登基後的第一件事便是昭告全國，大明太子沒有死，已經在南京繼位，同時号召被大順軍和清軍沖散的明軍歸附南京。
其次就是有感于崇祯皇帝沒錢打仗，緻使士兵糧饷不足，而李自成攻破北京時，從王公貴族手裡搜出大筆銀子，朱慈烺直接下令抄了已經投降清朝官員的南方的家，共得白銀2億兩。
有了這兩億兩白銀，朱慈烺在史可法的幫助下重新組建了神機營和五軍營，并且從盤踞台灣的荷蘭那裡購買了先進的紅衣大炮。
清軍打到長江，南明政權岌岌可危，在南明衆将士舍生忘死的奮戰下，終于将清兵阻擋在長江邊，雙方形成對峙之勢。
長江戰役的勝利，使得南明政權得以穩定下來。
由于清朝讓漢人剃發，嚴重違背了漢族的意願，之前造反的李自成殘部、張獻忠殘部也看清了清朝的真正面目，紛紛接受南明改編。
在得到充分的休整之後，朱慈烺開始在江南招募新軍，同時在江南大造戰船，等待時機成熟後開啟北伐。
于此同時，南明招降了鄭芝龍的海盜船隊，任命鄭芝龍為水師提督，其子鄭成功為水師招安使，前往越南、菲律賓招募雇傭軍。
南明三年，朱慈烺接受史可法建議，派特使出使安南、呂宋、占婆、馬六甲、北韓，以宗主國的身份要求派兵協助朝廷北伐，羅馬的天主教廷也授權荷蘭、葡萄牙、西班牙派兵幫助明朝北伐。
日本國更是答應明朝北伐是可以出動500條戰船協助，明朝甚是感激，但婉拒了日本的請求。
對内，南明朝廷派出秘密特使，聯絡北方漢族将領，對他們在崇祯帝殉國時作壁上觀的行為既往不咎，隻要能在北伐時反正依舊可以保證原來的地位。
經過五年的等待，南明八年春，朱慈烺二十四歲，北伐正式開始。
明朝60萬新軍橫渡長江，在向導的帶領下，兵分三路，西路走四川，拿下陝西，進入山西，直逼北京，中路由武漢出發，拿下河南、進入河北，進逼北京，東路軍則由安徽出發，下山東，進逼北京。
海上則有鄭成功率領2000艘戰船的龐大艦隊，沿黃河、渤海從遼東半島登陸，與北韓20萬人馬合兵一處，陳兵沈陽，阻斷清軍逃回老家的退路。
三路人馬勢如破竹，所過之地皆望風而降，猶如徐達北伐，隻用了半年時間便打到了北京城下。
多爾衮想不到入住中原才八年就要退回老家，不甘心失敗的多爾衮指令吳三桂、尚可喜、耿精忠與明軍決一死戰，自己則趕緊攜帶福臨北逃。
吳三桂、尚可喜、耿精忠見大勢已去，多爾衮又逃跑，隻能指令手下放下武器投降。
多爾衮一路沿着山海關逃回關内，妄圖依靠山海關與大明繼續周旋，但是當他進入關内時，鄭成功率領人馬已恭候多時。
中朝聯軍在鄭成功的指揮下，大戰三天三夜，終于将多爾衮斬于馬下。并生擒福臨。
南明九年，朱慈烺還都北京，在天壇舉行了盛大的祭天儀式，并将崇祯皇帝重新安葬。
并大封有功之臣，史可法任兵部尚書、鄭成功接任父親任大明水師提督。
吳三桂、尚可喜、耿精忠賜死，其餘反正人員既往不咎。
而對于生擒的福臨，朱慈烺則把他流放到大明藩屬國緬甸。
之後數年，在史可法、鄭成功的輔佐下，大明國力強盛，人民富足，大明寶船更是向東行駛，發現了一塊美麗的大陸，朱慈烺特命名為美洲。