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高分生信必备的TCGA数据库一站式分析神器!你必须了解一下!

癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)早已在全世界广为知晓,这项计划包含了人类全部癌症的基因组变异图谱,通过数据挖掘能够很好地了解癌症发生和发展的机制,是肿瘤研究中重要的数据库。然而,因为其数据集规模较大,复杂度较高,下载数据进行分析困难较多,很多小伙伴在下载TCGA数据时就因为诸多因素而无从下手。于是,GEPIA等基于TCGA数据库的可视化网络平台给我们带了极大的便利,能够简单快速的预测或分析绘图。今天我又为大家带来一款2020年最新的基于TCGA数据库的网络分析工具——KRAB ZNF explorer(地址见文末)。
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这款工具是发表于今年2月的生信老牌期刊Bioinformatics,2019年最新影响因子5.61。题名为“KRAB ZNF explorer(KRAB ZNF explorer – the online tool for the exploration of the tranomic profiles of KRAB-ZNF factors in The Cancer Genome Atlas)”。作者是波兰首都华沙大学的Cylwa,Biecek等人。

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背景知识

KRAB-ZNFs(Krüppel-associated box domain zinc finger proteins):是最大的锌指蛋白家族,也是最大的表观遗传抑制剂。这些蛋白在细胞信号转导、细胞生长、分化中起到重要作用。KRAB-ZNFs家族中的一些成员也参与癌症的发生发展。然而,大多数krabb - znf因子的功能仍不清楚或缺乏特征。KRAB-ZNFs参与癌症发展,因此可能支持未来探索krabi - znf作为生物标志物或抗癌靶点在患者管理机制中的功能和潜在效用的研究。

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