301年，由一位来自达尔马提亚北部拉布岛、名为马力诺的基督徒石匠，为逃避罗马帝国皇帝戴克里先对基督教徒的迫害而创立圣马力诺。当时，在法律上是罗马帝国的一部分，圣马力诺的创建不符合其法律实体。最初，圣马力诺实行族长管理。
1243年，圣马力诺确立了两个执政官联合执政的制度，成为世界上第一个共和国。1263年，圣马力诺制定共和法规，成文宪法。
1503年，圣马力诺被切萨雷·博吉亚占领了7个月。1739年，圣马力诺又被阿尔贝罗尼红衣主教所占领。1740年2月，，圣马力诺重新独立。
1797年，拿破仑统治时期的法国承认了圣马力诺的国家地位。1815年，在维也纳会议上，其他欧洲国家也承认了圣马力诺的国家地位。虽然是一个主权国家，但圣马力诺在各个方面仍旧依赖意大利。
1860年，意大利统一战争之时，加里波第曾在圣马力诺躲避敌人。在这里，他从圣马力诺公民和其领袖那里获得了帮助、金钱和补给以继续他统一意大利的战役。1862年起，圣马力诺与意大利签署了友好条约。19世纪末，意大利统一，圣马力诺被意大利完全包围起来。作为回报，加里波第保证圣马力诺可以始终保持为一个独立主权的国家。
两次世界大战期间，圣马力诺保持中立。1923年，法西斯政党上台执政。1944年6月26日，由于相信德军进入圣马力诺，英国空军对该国进行了“无差别轰炸”，造成至少35人遇难。圣马力诺政府随后重申了该国在战争中的中立立场，并称圣马力诺境内没有任何一方的军队。九月初，德国国防军突袭圣马力诺 ，圣马力诺因为敌我实力悬殊选择投降。19日，英军进入圣马力诺，并随即与德军交战，德军战败撤出圣。随着德军的撤退，圣马力诺开始了为期2个月的英国占领期。11月，圣马力诺政府与英国签署了和平协定，英军随即便撤出圣马力诺。战后，圣马力诺向英国政府索取战争赔偿，被英国拒绝。
圣马力诺国旗
圣马力诺国徽
圣马力诺行政区划图