301年，由一位來自達爾馬提亞北部拉布島、名為馬力諾的基督徒石匠，為逃避羅馬帝國皇帝戴克裡先對基督教徒的迫害而創立聖馬力諾。當時，在法律上是羅馬帝國的一部分，聖馬力諾的建立不符合其法律實體。最初，聖馬力諾實行族長管理。
1243年，聖馬力諾确立了兩個執政官聯合執政的制度，成為世界上第一個共和國。1263年，聖馬力諾制定共和法規，成文憲法。
1503年，聖馬力諾被切薩雷·博吉亞占領了7個月。1739年，聖馬力諾又被阿爾貝羅尼紅衣主教所占領。1740年2月，，聖馬力諾重新獨立。
1797年，拿破侖統治時期的法國承認了聖馬力諾的國家地位。1815年，在維也納會議上，其他歐洲國家也承認了聖馬力諾的國家地位。雖然是一個主權國家，但聖馬力諾在各個方面仍舊依賴意大利。
1860年，意大利統一戰争之時，加裡波第曾在聖馬力諾躲避敵人。在這裡，他從聖馬力諾公民和其領袖那裡獲得了幫助、金錢和補給以繼續他統一意大利的戰役。1862年起，聖馬力諾與意大利簽署了友好條約。19世紀末，意大利統一，聖馬力諾被意大利完全包圍起來。作為回報，加裡波第保證聖馬力諾可以始終保持為一個獨立主權的國家。
兩次世界大戰期間，聖馬力諾保持中立。1923年，法西斯政黨上台執政。1944年6月26日，由于相信德軍進入聖馬力諾，英國空軍對該國進行了“無差别轟炸”，造成至少35人遇難。聖馬力諾政府随後重申了該國在戰争中的中立立場，并稱聖馬力諾境内沒有任何一方的軍隊。九月初，德國國防軍突襲聖馬力諾 ，聖馬力諾因為敵我實力懸殊選擇投降。19日，英軍進入聖馬力諾，并随即與德軍交戰，德軍戰敗撤出聖。随着德軍的撤退，聖馬力諾開始了為期2個月的英國占領期。11月，聖馬力諾政府與英國簽署了和平協定，英軍随即便撤出聖馬力諾。戰後，聖馬力諾向英國政府索取戰争賠償，被英國拒絕。
聖馬力諾國旗
聖馬力諾國徽
聖馬力諾行政區劃圖